Ugolino de Segni, quien pasaría a la historia con el nombre de Gregorio IX, nació en Anagni hacia el año 1170 en el seno de una familia de la nobleza italiana, y llegó a ocupar el solio pontificio en uno de los momentos más convulsos de las relaciones entre el papado y el Sacro Imperio Romano Germánico.
Su acceso a los más altos cargos de la Iglesia fue progresivo y estuvo estrechamente vinculado a la figura de su tío, el papa Inocencio III. Por intermediación de este, Ugolino fue designado capellán papal, luego arcipreste de San Pedro, cardenal diácono de San Eustaquio en 1198 y, finalmente, cardenal obispo de Ostia y Velletri en 1206. Esta carrera ascendente dentro de la curia romana lo preparó para asumir misiones diplomáticas de la mayor importancia, como la que le fue encomendada en 1207, cuando Inocencio III lo envió como legado papal al Sacro Imperio Romano Germánico con el objetivo de mediar en la disputa sucesoria surgida tras la muerte del emperador Enrique VI.
Bajo el pontificado de Honorio III, en 1217, ejerció como delegado plenipotenciario para Lombardía y Toscana, región desde la cual predicó activamente la Sexta Cruzada, mostrando una energía y determinación que caracterizarían también su posterior pontificado.
El 19 de marzo de 1227, tras la renuncia del cardenal Conrado de Urach, que había sido la primera opción del cónclave, Ugolino de Segni fue elegido papa y adoptó el nombre de Gregorio IX. En ese momento contaba con unos cincuenta y siete años de edad, y su pontificado se extendería durante catorce años, hasta su muerte a los setenta y uno.
La primera medida de envergadura de su pontificado fue la excomunión del emperador Federico II, motivada por las continuas demoras de este en cumplir su prometida participación en la Sexta Cruzada. Esta decisión desencadenó una cascada de consecuencias: los partidarios del emperador se levantaron contra Gregorio IX, obligándolo a abandonar Roma y refugiarse primero en Viterbo y después en Perugia. Federico II, en una jugada política de gran habilidad, decidió demostrar la injusticia de la excomunión poniendo en práctica precisamente la cruzada de la que se le acusaba de huir. En 1228 partió hacia Tierra Santa al frente de un ejército relativamente reducido, y sin la bendición papal, pero logró primero conquistar la isla de Chipre y luego, en 1229, mediante un tratado diplomático, hacerse con el control de Jerusalén, Belén y Nazaret.
La respuesta de Gregorio IX no fue la absolución del emperador, sino la declaración de que sus acciones en Tierra Santa no podían ser consideradas una verdadera guerra santa, dado que Federico seguía excomulgado. Además, el papa liberó a los cruzados de su juramento de obediencia al emperador e, incurriendo en una escalada de hostilidades sin precedentes, invadió junto a la Liga Lombarda el reino siciliano de Federico. Este, al conocer la invasión, se vio obligado a regresar, y tras desembarcar en Brindisi derrotó a las fuerzas pontificias y lombardas, expulsándolas de los territorios imperiales. El episodio culminó en 1230 con la firma de la Paz de San Germano, por la que el papa revocó la excomunión a cambio de que el emperador garantizara a la Iglesia sus posesiones territoriales.
La paz, sin embargo, resultó efímera. Las profundas divergencias entre Gregorio IX y Federico II sobre la naturaleza del poder papal y la soberanía imperial hacían inevitable un nuevo enfrentamiento. Este llegó en 1237, cuando las tropas imperiales derrotaron a la Liga Lombarda en la Batalla de Cortenuova. El papa aprovechó la ocasión para volver a excomulgar a Federico II en 1239, ordenó una cruzada contra el propio emperador, intentó sin éxito que los príncipes alemanes eligieran un nuevo rey y convocó un concilio en Roma para el año 1241.
Federico II se opuso frontalmente a la celebración de ese concilio, convencido de que su único propósito era proceder a su deposición. Ordenó a sus tropas que capturaran a todos aquellos que viajaran a Roma con intención de participar en el encuentro. La detención y encarcelamiento de más de cien clérigos impidió que el concilio llegara a celebrarse.
Poco después, el 22 de agosto de 1241, Gregorio IX fallecía en Roma a los setenta y un años de edad, sin haber podido resolver el conflicto que había dominado gran parte de su pontificado.
Más allá de sus disputas con el Imperio, el pontificado de Gregorio IX dejó una huella duradera en la historia de la Iglesia a través de la publicación, en 1231, de la bula Excommunicamus, por la que formalizó y sistematizó el proceso inquisitorial. Mediante esta bula estableció un procedimiento específico para la investigación y castigo de los herejes, lo hizo depender directamente del pontífice, designó a los dominicos como inquisidores y determinó que los herejes fueran entregados al poder secular para su castigo, estableciendo así los fundamentos institucionales de la Inquisición medieval.
Previamente, Gregorio IX había contribuido también a la vida universitaria al negociar una solución para la huelga estudiantil que paralizó la Universidad de París en 1229, mostrando así una capacidad de intervención que iba más allá de los asuntos puramente eclesiásticos.
