Günther Prien nació el 16 de enero de 1908 en Osterfeld, ciudad ubicada en la región de Sajonia-Anhalt, en Alemania. Su vida estaría marcada desde joven por la atracción hacia el mar y la navegación. En 1923, con apenas quince años, ingresó en la academia naval de Hamburgo, donde se graduó en náutica. Sus prácticas navales las realizó a bordo del buque escuela de vela Hamburg, una formación que le inculcó el respeto por las condiciones climáticas adversas y la disciplina que exige la vida marinera.
Al completar su formación, comenzó a trabajar en la marina mercante, donde fue adquiriendo experiencia en las rutas marítimas de la época. En 1929 superó el examen de piloto naval, y tres años después obtuvo el diploma de capitán de buque, uno de los títulos más exigentes de la profesión marítima civil. Sin embargo, los años de la Gran Depresión arrasaron con muchas certezas: la crisis económica obligó a Prien a abandonar la marina mercante, y en enero de 1931 ingresó en la Reichsmarine como simple marinero, sirviendo durante un año en el crucero ligero Königsberg. Ese reinicio desde abajo en la carrera militar reveló en él una tenacidad que lo acompañaría durante toda su vida.
El ascenso fue gradual pero sostenido. En marzo de 1933 fue ascendido a alférez de fragata, y en octubre de 1935 fue transferido a la nueva fuerza submarina alemana, la U-Bootwaffe, que comenzaba a reconstruirse de manera sigilosa bajo las restricciones impuestas por el Tratado de Versalles. El 1 de enero de 1937 fue promovido al empleo de alférez de navío mientras servía en el U 26, bajo el mando del comandante Hartmann. Ese mismo sumergible patrulló las aguas españolas durante la guerra civil española en 1938, un conflicto que sirvió de laboratorio para las tácticas navales que se desplegarían en la guerra que se avecinaba.
El 17 de diciembre de 1938, Prien tomó el mando del U 47, un submarino del tipo VII B. El 1 de febrero de 1939 fue ascendido a teniente de navío, grado con el que afrontaría la acción que lo haría célebre. El 25 de septiembre de 1939, pocas semanas después del inicio de la Segunda Guerra Mundial, recibió la Cruz de Hierro de Segunda Clase, una de las condecoraciones más preciadas del ejército alemán.
El comandante de submarinos Karl Dönitz había estado diseñando un plan audaz: infiltrarse en Scapa Flow, el principal fondeadero de la Home Fleet británica, situado en las islas Orcadas, en el norte de Escocia. El objetivo tenía una doble dimensión. Tácticamente, alejar la flota inglesa de ese puerto podría aflojar el bloqueo marítimo que los británicos ejercían en el Mar del Norte, facilitando las operaciones de los buques alemanes en el Atlántico. Simbólicamente, atacar Scapa Flow sería un acto de venganza histórica: fue precisamente en ese lugar donde, el 21 de junio de 1919, la rendida Flota de Alta Mar alemana fue echada a pique por sus propios marineros tras la Primera Guerra Mundial. Dönitz eligió a Prien para esa misión arriesgada, y la programó para la noche del 13 al 14 de octubre de 1939, cuando la marea estaría alta y no habría luna.
El plan se apoyó en fotografías de alta calidad obtenidas durante un reciente reconocimiento aéreo, que revelaban las debilidades de las defensas y la abundancia de objetivos potenciales. Dönitz instruyó a Prien para que ingresara en Scapa Flow desde el este, a través del estrecho Kirk, pasando al norte de Lamb Holm, una pequeña isleta entre las islas Burray y Mainland. La operación comenzó con un tropiezo: inicialmente Prien confundió el estrecho Skerry, más al sur, como la ruta correcta, y la comprensión súbita de que el U 47 se dirigía hacia un paso bloqueado lo obligó a virar con rapidez hacia el noreste.
Navegando en superficie, iluminado por el resplandor de la aurora boreal, el submarino pasó entre los barcos hundidos colocados como obstáculos de bloqueo, el Seriano y el Numidian, enredándose momentáneamente en los cables del primero. En un momento de extrema tensión, los faros de un taxi que pasaba iluminaron el casco del U 47, pero el conductor no dio alarma. A las 00:27 del 14 de octubre, Prien había logrado infiltrarse en el puerto y anotó en su cuaderno de bitácora la histórica frase: ¡Wir sind in Scapa Flow! (¡Estamos en Scapa Flow!).
Para su sorpresa, el fondeadero aparecía casi vacío: desconocía que el almirante Charles Forbes había ordenado a los buques dispersarse hacia puertos más seguros. Sin embargo, encontró al acorazado HMS Royal Oak y lo atacó. El buque se hundió en pocos minutos, llevándose consigo a 833 de sus tripulantes. Prien logró salir de Scapa Flow y regresar a Alemania, donde fue recibido como héroe. Se convirtió en el primer comandante de submarino en ganar la Cruz de Caballero de la Cruz de Hierro, la condecoración más alta de la Wehrmacht.
A lo largo de la guerra, el U 47 bajo su mando torpedeó y hundió alrededor de treinta barcos aliados con un tonelaje total de aproximadamente doscientas mil toneladas. Günther Prien murió presumiblemente el 7 de marzo de 1941 en el Atlántico Norte, cuando el U 47 fue destruido durante un ataque de los destructores británicos HMS Wolverine y HMS Verity. Tenía treinta y tres años. Su desaparición fue mantenida en secreto por el mando alemán durante semanas, temeroso del impacto moral que la noticia podría tener. El "Toro de Scapa Flow", como era conocido, se había convertido en un símbolo tan poderoso que su muerte parecía imposible.
