Nascida em Bruxelas no dia 10 de janeiro de 1480, Margarida de Áustria chegou ao mundo em um dos lares mais poderosos da Europa. Era filha de Maximiliano I do Sacro Império Romano-Germânico e de Maria, Duquesa da Borgonha, co-soberanos dos Países Baixos. Recebeu o nome de sua madrinha, Margarida de Iorque, Duquesa da Borgonha, mulher de laços afetivos profundos com sua mãe. Tragicamente, a duquesa Maria morreu ainda em 1482, quando Margarida tinha apenas dois anos, deixando o irmão mais velho, Filipe, com três anos, como soberano nominal dos Países Baixos, sob a regência do pai Maximiliano.
Ainda criança, Margarida foi usada como peça fundamental na diplomacia europeia. Em 1482, o rei Luís XI de França assinou o Tratado de Arras, pelo qual prometia o casamento de seu filho Carlos com Margarida. O noivado foi formalizado em 1483, e a menina foi transferida para a tutela da corte francesa, levando consigo Franco-Condado e Artésia como dote. Educada sob a supervisão de Ana de França, irmã e regente do noivo, Margarida cresceu entre crianças nobres como Luísa de Saboia, com quem anos mais tarde travaria uma das negociações diplomáticas mais celebradas da época. A jovem princesa desenvolveu genuína afeição por Carlos e se preparou para ser rainha da França.
O destino, porém, teve outros planos. No outono de 1491, Carlos rompeu unilateralmente o tratado e casou-se com Ana, Duquesa da Bretanha, por conveniência política. Margarida foi humilhada: a corte francesa cessou de tratá-la como rainha ainda no início de 1491, e ela só foi devolvida à família no continente em junho de 1493, após a assinatura do Tratado de Senlis em maio daquele ano. O episódio deixou marcas permanentes. Margarida carregou durante toda a vida um ressentimento profundo em relação à França e àqueles que a descartaram como se fosse uma simples mercadoria diplomática.
De volta aos domínios dos Habsburgo, foi negociado um novo casamento para ela. A fim de selar uma aliança com os Reis Católicos de Espanha, seu pai Maximiliano combinou a união de Margarida com João, Príncipe das Astúrias, herdeiro do trono espanhol, enquanto sua irmã Joana se casaria com Filipe. No final de 1496, Margarida partiu da Holanda rumo à Espanha. O casamento com João ocorreu em 1497. A união parecia promissora, mas durou apenas meses: João morreu em 4 de outubro do mesmo ano. Margarida, grávida, sobreviveu ao marido, mas em 8 de dezembro de 1497 deu à luz uma filha prematura, que nasceu morta. Viúva e devastada, retornou à Holanda no início de 1500, quando o irmão e a cunhada a convidaram para ser madrinha do recém-nascido sobrinho Carlos.
Em 1501, novamente por razões políticas, Margarida contraiu um terceiro casamento, desta vez com Felisberto II, Duque de Saboia. A união tampouco gerou filhos, e Felisberto morreu poucos anos depois. O luto que se abateu sobre Margarida desta vez foi devastador: conta-se que ela tentou se jogar pela janela, sendo salva por pessoas próximas. Persuadida a dar ao marido um enterro digno, pediu que o coração de Felisberto fosse embalsamado para que pudesse guardá-lo consigo para sempre. Jurou publicamente que jamais voltaria a casar. O historiador e poeta de sua corte, Jean Lemaire de Belges, imortalizou esse voto chamando-a de "Senhora do Luto", título que ela mesma abraçou como identidade.
A tragédia pessoal, porém, não extinguiu a capacidade política de Margarida — ao contrário, foi como se a dor a tivesse forjado para o governo. Quando seu irmão Filipe, o Belo, morreu prematuramente em novembro de 1506, o vácuo de poder nos Países Baixos era imediato e perigoso. A assembleia representativa de Franche-Condado elegeu Margarida como governante — ela foi a única mulher jamais escolhida por esse processo, e o título foi confirmado em 1509. Logo em seguida, em 1507, o pai Maximiliano a nomeou governadora dos Países Baixos e guardiã do jovem sobrinho Carlos, o futuro Carlos V do Sacro Império Romano-Germânico.
De seu palácio recém-construído em Mechelen, Margarida governou com habilidade rara. Atuou como intermediária cuidadosa entre as ambições de seu pai e os interesses dos territórios sob sua administração. Negociou a restauração de tratados comerciais com a Inglaterra e foi peça central na formação da Liga de Cambrai em 1508, coalizão que visava conter o avanço veneziano na Itália. Quando Carlos atingiu a maioridade em 1515, o jovem soberano rebelou-se contra a influência da tia e a dispensou do cargo — mas não tardou a reconhecer que havia cometido um equívoco. Margarida era, na avaliação de Carlos, uma de suas conselheiras mais sábias. Em 1519, ela foi reempossada como governadora dos Países Baixos e jamais voltou a ser afastada. A história registra que ela é a única regente a ter sido reconduzida indefinidamente pelo mesmo soberano que a havia demitido.
Durante seu longo reinado, os Países Baixos viveram período de relativa paz e prosperidade, embora as sementes da Reforma Protestante começassem a germinar, especialmente nas províncias do norte. Em 1523, os primeiros mártires protestantes foram queimados em fogueira pública, sinal dos tempos turbulentos que se aproximavam. Margarida também enfrentou as constantes provocações de Carlos II, Duque de Gueldres, cuja resistência ao poder Habsburg exigia atenção permanente. Conseguiu que ele assinasse o Tratado de Gorinchem em 1528, embora o problema não tenha sido inteiramente resolvido durante seu governo.
Sua maior realização diplomática ocorreu em 1529. Ao lado de Luísa de Saboia — justamente aquela companheira de infância da corte francesa — Margarida negociou o Tratado de Cambrai, acordo que pôs fim à Guerra da Liga de Cognac. O tratado ficou conhecido para a posteridade como a "Paz das Damas", em homenagem às duas mulheres que o conduziram. Era um reconhecimento implícito de que, em um mundo governado por homens, foram duas mulheres que encontraram a saída diplomática para um conflito devastador.
O fim de Margarida chegou de forma bizarra e cruel. Em novembro de 1530, uma criada quebrou uma taça de vidro em seus aposentos. Um caco penetrou no pé de Margarida, e a ferida infectou-se gravemente, evoluindo para gangrena. Os médicos recomendaram com urgência a amputação. Ela concordou com a operação, recebeu os sacramentos e revisou seu testamento. Antes que o procedimento pudesse ser realizado, porém, morreu, aparentemente em consequência de uma overdose do ópio que lhe fora administrado como preparação para a cirurgia. Tinha cinquenta anos.
Margarida morreu em Mechelen no dia 1 de dezembro de 1530, nomeando o sobrinho Carlos V como herdeiro universal. Ela foi sepultada em Bourg-en-Bresse, em um magnífico mausoléu no Mosteiro Real de Brou que ela mesma havia encomendado para honrar a memória de seu segundo marido — e a de si própria. Até hoje, uma estátua ao lado da catedral de Mechelen guarda sua memória. Três vezes prometida, três vezes golpeada pelo destino, ela transformou o sofrimento em poder e governou com uma firmeza que poucos homens de sua época ousaram questionar.
