Al-Mustansir Billah accède au trône fatimide en 1035, à l'âge de sept ans seulement, après la mort de son père le calife al-Zahir. Ce règne qui commence dans l'enfance est appelé à durer cinquante-neuf ans, devenant ainsi le plus long de l'histoire du califat fatimide et l'un des plus longs de toute l'histoire islamique médiévale. Huitième calife de la dynastie fatimide et dix-huitième imam de la tradition ismaélienne, Al-Mustansir naît le 5 juillet 1029 et mourra le 24 décembre 1094, après avoir été le témoin impuissant d'un délitement progressif de l'empire que ses prédécesseurs avaient bâti.
Les premières années du règne sont placées sous la tutelle effective de sa mère, une esclave d'origine soudanaise qui exerce la régence avec une autorité réelle. Cette femme de caractère, dont le nom précis n'a pas été retenu par les chroniques avec certitude, puise dans son réseau personnel pour renforcer sa position : elle fait venir d'Afrique subsaharienne une grande quantité d'esclaves noirs qui entrent rapidement en compétition directe avec les soldats mamelouks d'origine turque, eux-mêmes soutenus par des contingents d'origine maghrébine. Cette rivalité entre factions militaires aux origines ethniques différentes empoisonne la cour cairote et affaiblit dangereusement l'État.
Les tensions culminent en une guerre ouverte entre ces groupes rivaux. Les esclaves noirs en rébellion sont défaits une première fois en 1062 lors d'affrontements aux portes du Caire, puis définitivement expulsés d'Égypte en 1067. Ces conflits internes dévastateurs laissent l'Égypte dans un état de faiblesse extrême, les ressources de l'État épuisées par les combats fratricides et la production agricole perturbée par l'insécurité qui règne dans les campagnes.
C'est dans ce contexte de déliquescence institutionnelle que survient l'un des épisodes les plus douloureux du règne : la dispersion du trésor des Fatimides, légendaire par la magnificence et la richesse des objets qu'il contenait. Entre 1061 et 1069, une grande partie de ce patrimoine accumulé par des générations de califes est vendue et dispersée pour faire face aux difficultés financières de l'État. Parmi les pièces les plus précieuses figuraient de nombreux objets en cristal de roche d'une qualité et d'une beauté exceptionnelles, dont la vente marque la fin d'un monde artistique et symbolique que le Caire fatimide avait cultivé avec soin. Ce désastre patrimonial est rapporté dans le Kitab al-Hadaya wal-tuhaf, qui en dresse un tableau saisissant.
La situation se redresse partiellement en 1073 grâce à l'intervention d'un personnage exceptionnel : Badr al-Jamali, général arménien et gouverneur d'Acre, que le calife appelle à son secours. Badr al-Jamali entre au Caire avec ses propres troupes, fait exécuter les chefs des factions rivales, et restaure l'ordre avec une brutalité efficace. Il prend le titre de vizir et concentre entre ses mains la réalité du pouvoir militaire et civil, réduisant Al-Mustansir à un rôle essentiellement symbolique et religieux. Cette période marque la naissance d'un vizirat militaire héréditaire qui va progressivement vider le califat fatimide de sa substance politique.
Sur le plan extérieur, les menaces se multiplient. Les Seldjoukides, puissance turque en pleine expansion, s'emparent de la Syrie et de certaines parties de l'Arabie, réduisant considérablement l'influence fatimide dans ces régions. En 1077, les Qarmates, mouvement hétérodoxe ismaélien qui avait longtemps constitué une force politique autonome dans la péninsule arabique, sont vaincus par des tribus arabes et leur entité politique disparaît. En 1090-1091, Malte et la Sicile tombent aux mains des Normands, achevant d'effacer la présence fatimide en Méditerranée occidentale.
Paradoxalement, c'est précisément pendant ce règne difficile que l'ismaélisme connaît des développements importants hors d'Égypte. La foi ismaélienne progresse au Yémen et en Inde, où des communautés fidèles à l'imamat cairote maintiennent des liens durables avec le Caire. C'est également sous Al-Mustansir que se produisent les premières tensions avec le mouvement nizarite, qui conduiront après sa mort à une scission durable au sein de l'ismaélisme, entre les partisans de son fils aîné Nizar et ceux qui reconnaîtront son cadet al-Musta'li comme successeur légitime.
Al-Mustansir Billah meurt le 24 décembre 1094, laissant derrière lui un empire profondément affaibli par rapport à son apogée du siècle précédent. Son règne de cinquante-neuf ans, le plus long de la dynastie fatimide, est marqué par la contradiction entre une légitimité spirituelle toujours affirmée et une réalité politique de plus en plus précaire. Il demeure dans l'histoire comme un personnage de la décadence, victime autant des circonstances de sa minorité que des forces qui dépassaient sa capacité personnelle à les maîtriser, mais aussi comme l'imam sous le règne duquel l'ismaélisme, malgré tout, continue de rayonner vers de nouveaux horizons.
