D. Sebastião (Lisboa, 20 de janeiro de 1554 – data da morte em estudo ), foi Rei de Portugal e dos Algarves de 1557 até sua morte. Era o único filho legítimo de João Manuel, Príncipe Herdeiro de Portugal, e de sua esposa, filha do Imperador Carlos V, Joana da Áustria.
Ascendeu ao trono aos três anos de idade, após a morte de seu avô, o rei João III, sendo instaurada uma regência durante a sua menoridade, primeiro por sua avó, a rainha Catarina e, depois, por seu tio-avô, o cardeal Henrique. Foi o primeiro e último Grão-Mestre da Ordem de Cristo a herdar o título perpetuamente, segundo a Bula Proclara Claerissima de 1551, dada a seu avô D. João III, três anos antes do seu nascimento.
Novos estudos rodeiam a morte de D. Sebastião, com documentos inéditos a demonstrar que não morreu durante a batalha, tendo sido feito cativo.[carece de fontes?] Outros estudos a decorrer baseados nas cartas trocadas entre Filipe II e o seu braço direito Alonso de Guzmán, 7o Duque de Medina Sidónia datadas de 9 de Agosto de 1578, demonstram que havia um pedido de resgate por D. Sebastião, a decorrer por parte do alcaide de Tetuão em Marrocos. Simultâneamente havia também um pedido de ajuda por mão do próprio rei cativo. Está terá sido a razão pela qual Filipe de Espanha pediu ajuda ao Cardeal. Juntos enviariam um salvo-conduto a Marrocos, a fim de fazer sair o rei vivo rumo a Itália, ainda que sem força politica. De momento desenvolvem-se linhas de investigação acerca do destino que foi dado a D. Sebastião, uma vez chegado a Itália.
D. Sebastião assumiu o governo aos catorze anos de idade, no ano de 1568, manifestando grande fervor religioso e militar. A pedido do Papa Gregório XIII iniciou em 1572 esforços para travar os planos turcos de obter controlo sob a Cristandade. Começou por defender os interesses portugueses no Norte de África, nomeadamente planeando a tomada do porto de Larache, cuja cobiça turca significaria o cerco comercial do Império Português pelo Índico e pelo Atlântico, pois era em Larache que os corsários atacavam as naus portuguesas que mantinham o comércio transatlântico. Larache dista apenas 15 quilómetros de Arzila, pelo que o seu controlo significava, por extensão, o ataque a Arzila, Tânger e Ceuta, principais possessões portuguesas.
A derrota na Batalha de Alcácer-Quibir, em 1578 nunca foi provada a não ser por fontes estrangeiras, quer marroquinas quer espanholas. Não foi enviada qualquer missão de reconhecimento do corpo encontrado por um criado, e nenhum dos fidalgos assinou documentos, com excepção do Auto de Entrega, em troca do seu próprio resgate, não tendo por isso valor jurídico imparcial e tratando-se de mera construção política.
Documentação recente aponta para uma vitoria portuguesa e subsequente ataque das forças marroquinas que teriam chacinado o exército português fora de combate, após se aperceberem da derrota e morte do sultão Mulay Maluco, algo que até hoje Marrocos não soube explicar. Também não está explicado como a frota portuguesa atracou em Arzila aguardando 46 galés prometidas por Filipe de Espanha aquando da Conferência de Guadalupe em 1576, mas que nunca foram enviadas. Isto obrigou D. Sebastião a marchar por terra, culminando na armadilha e batalha. O canhão fundido em Janeiro de 1578 que levou consigo, terá regressado a Lisboa na armada de D. Diogo de Sousa a 18 de Agosto de 1578, sem ser usado. Repousa hoje no Museu Militar de Lisboa, com as armas de D. Sebastião e inscrição do Papa Gregório XIII a abençoar a expedição de 1578. Foi utilizado em Moçambique no tempo dos Filipes para defesa dos ataques contra os holandeses, tendo regressado finalmente a Lisboa em 1866.
O desaparecimento de D. Sebastião na batalha levou Filipe a pedir a intervenção da Igreja Católica que o declarou sucessor legítimo, iniciando a crise dinástica de 1580. Espanha chamou-lhe União Ibérica, contudo tal não corresponde à realidade pois não houve qualquer união de Coroas nem monarquia dualista, sendo apenas Filipe o sucessor declarado. Por se saber que D. Sebastião estava vivo, o povo não baixou os braços, obrigando Filipe a invadir. Daqui deriva a lenda de que, numa manhã de nevoeiro, D. Sebastião voltaria à pátria.
Foi o último rei da Monarquia portuguesa a ser canonicamente legitimado pela Igreja.
D. Sebastião era filho de D. João Manuel, Príncipe de Portugal e de Joana de Áustria. Os seus avós paternos eram o rei de Portugal João III e a rainha D. Catarina. Seus avós maternos eram o imperador Carlos V e a sua esposa Isabel de Portugal. Isabel era irmã de D. João III, e Carlos V era irmão de Catarina.
D. João Manuel morreu em 2 de janeiro de 1554, deixando todo o reino em sobressalto, pois Sebastião ainda estava no ventre da sua mãe. D. João Manuel foi o único filho sobrevivente dos nove que João III havia tido, e a sucessão do reino passou a depender do sucesso do parto.
O problema que ocorria em Portugal não era a falta de herdeiros, mas por causa do contrato de casamento de D. Maria Manuela, irmã do príncipe defunto, com Filipe II de Espanha, pelo qual, caso não houvesse sucessores, o reino passaria ao filho desta união, Carlos, ocorrendo a união com Castela, que os portugueses sempre abominaram.
O arcebispo de Lisboa, D. Fernando de Meneses Coutinho e Vasconcelos, ordenou que, assim que começassem as dores de parto, avisassem a Sé, para que fosse feita uma procissão de fé. Dezoito dias depois da morte do príncipe, a princesa começou a sentir as dores, na noite do dia 19 para o dia 20 de janeiro. De madrugada chegou o aviso, e o povo que afluiu à Igreja de São Domingos foi tamanho que várias pessoas ficaram de fora, indo padres a pregar do lado de dentro e outros a pregar do lado de fora.
Na manhã do sábado, dia 20 de janeiro de 1554, nasceu o príncipe, e foi dada a notícia do nascimento, recebida com orações de agradecimento a Deus.
Em 27 de janeiro, ao oitavo dia, ele foi batizado pelo Cardeal D. Henrique, irmão do rei D. João III, e recebeu o nome de Sebastião por causa de ter nascido no dia de São Sebastião, sendo seus padrinhos o rei e a rainha, seus avós. Em virtude de ser um herdeiro tão esperado para dar continuidade à Dinastia de Avis, ficou conhecido como O Desejado; alternativamente, é também memorado como "O Encoberto" ou "O Adormecido", devido à lenda que se refere ao seu regresso numa manhã de nevoeiro, para salvar a nação.
Com dois anos de idade, seu avô, o rei, enfermo, chamou-o à sua presença, para brincar. Quando o rei pediu água, trouxeram dois copos, um, fechado, para o rei e outro aberto para D. Sebastião. Vendo isto, o menino começou a chorar, querendo um copo como o do avô, que comentou "Cedo quereis reinar". No ano seguinte, a 11 de junho de 1557, morre D. João III. e D. Sebastião tornou-se Rei com três anos, quatro meses e vinte e dois dias de idade.
Durante a sua menoridade, a regência foi assegurada primeiro pela sua avó, a rainha D. Catarina, viúva de D. João III, e depois pelo tio-avô, o cardeal D. Henrique, (23 de dezembro de 1562-1568). Neste período, depois da aquisição de Macau no ano de 1557 e Damão em 1559, a expansão colonial foi interrompida. A premência era a conjugação de esforços para preservar, fortalecer e defender os territórios conquistados.
Durante a regência de D. Catarina e do cardeal D. Henrique e o curto reinado de D. Sebastião, a Igreja continuou a sua ascensão ao poder. A actividade legislativa centrou-se em assuntos do foro religioso, como, por exemplo, a consolidação da Inquisição e sua expansão até à Índia, a criação de novos bispados na metrópole e nas colónias. A única realização cultural importante foi o estabelecimento de uma nova universidade em Évora — e também aqui a influência religiosa na corte se fez sentir, pois foi entregue aos Jesuítas.
Investiu-se muito na defesa militar dos territórios. Na rota para o Brasil e a Índia, os ataques dos piratas eram constantes e os muçulmanos ameaçavam as possessões em Marrocos, atacando, por exemplo, Mazagão em 1562. Procurou-se assim proteger a marinha mercante e construir ou restaurar fortalezas ao longo do litoral.