Rafael Marques Pinto, mais conhecido apenas como Rafael Marques (Rio de Janeiro, 21 de setembro de 1983), é um ex-futebolista brasileiro que atuava como zagueiro.
Revelado pelo Botafogo, Rafael Marques estreou pela equipe principal com vinte anos, em 20 de junho de 2004, na derrota por 1–0 para a Ponte Preta no Caio Martins, válida pelo Brasileirão; o jogador entrou no segundo tempo, quando a sua equipe estava com um jogador a menos. Apesar da derrota, o zagueiro foi elogiado pelo ex-zagueiro e treinador Mauro Galvão, que o manteve no time titular a partir de então.
Em 2005, o defensor marcou o seu primeiro gol como profissional, na vitória por 2–0 sobre o Atlético Paranaense no Luso-Brasileiro, válida pelo Brasileirão. Formou ao lado de Scheidt, a quarta defesa menos vazada da competição.
Em abril de 2006, foi campeão carioca, sendo esse o seu primeiro título como profissional. No mês seguinte, o zagueiro completou 100 jogos pelo Botafogo e ganhou uma placa comemorativa do clube.
Em 2007, sob o comando de Cuca, o jogador perdeu espaço na zaga alvinegra. Com o término da temporada, o defensor foi negociado com o Goiás.
Ao todo, foram 139 jogos pelo Glorioso, tendo marcado 8 gols.
Em janeiro de 2008, o jogador acertou com o Goiás. Estreou na vitória por 2–1 sobre o Atlético Goianiense, válida pela primeira rodada do Goianão. Em seu quarto jogo pelo clube da capital goiana, o zagueiro sofreu uma séria lesão, com previsão de retorno em cinco meses.
O zagueiro retornou ao longo do Campeonato Brasileiro e ganhou a confiança do treinador Hélio dos Anjos, sendo titular absoluto e conquistando também a torcida esmeraldina. Marcou o seu primeiro e único gol pelo clube goiano, na goleada por 4–1 sobre o Santos no Serra Dourada.
Em 22 de dezembro de 2008, o Grêmio anunciou o acerto com o jogador para a temporada de 2009.
O zagueiro estreou pelo Grêmio, em partida válida pelo Campeonato Gaúcho, diante do Inter de Santa Maria, no Estádio Presidente Vargas. O jogo terminou empatado em 1–1 e Rafael não marcou nenhum gol. Segundo o jornal Zero Hora, o defensor "mostrou ter qualidade para ser o titular no time de Celso Roth". Seu primeiro gol aconteceu no seu terceiro jogo pelo Grêmio, no Campeonato Gaúcho, contra o Novo Hamburgo, no Estádio do Vale, abrindo o placar da goleada de 5–1 para o Grêmio. Marcou seu primeiro gol em Copas Libertadores, diante do Aurora-BOL, no Estádio Olímpico, na vitória por 3–1. No Campeonato Brasileiro, Rafael Marques mostrou virtudes de um verdadeiro zagueiro-artilheiro, marcando 5 gols, sendo dois deles na vitória de 3–2 sobre o Santo André no Estádio Olímpico.
Em 2010, sob o comando de Silas, após a saída de Paulo Autuori, o defensor permaneceu como titular absoluto da zaga tricolor, sendo porém um ano de menos gols marcados, apenas dois. O primeiro deles novamente contra o Inter de Santa Maria, desta vez no Estádio Olímpico, e o segundo deles em um jogo muito brigado, válido pela semifinal da Copa do Brasil, diante do Santos de Neymar, Ganso e Robinho, na Vila Belmiro. O gol de Rafael Marques no entanto, não conseguiu evitar a eliminação tricolor, após a derrota por 3–1 - tendo o time gaúcho vencido por 4–3 no jogo de ida - sendo o zagueiro também expulso, após entrada dura em Marcel, já nos acréscimos da segunda etapa.
No ano de 2011, sob o comando de Renato Portaluppi, o zagueiro-artilheiro permaneceu como titular na zaga do Imortal, tendo marcado 5 gols em 13 jogos no Campeonato Gaúcho - uma média impressionante para um zagueiro - sendo o último deles, o gol da classificação na semifinal da competição, diante do Cruzeiro-RS na vitória por 3–2. O tricolor gaúcho, porém veio a perder a final para o seu grande rival, o Internacional, após derrota nos pênaltis no Estádio Beira-Rio. No Campeonato Brasileiro, o zagueiro ainda marcou quatro gols, um deles na derrota por 2–1 contra o Botafogo no Engenhão, tendo o zagueiro não comemorado o gol, em respeito ao clube que o formou.
No Tricolor Gaúcho, Rafael viveu a melhor fase de sua carreira, sendo titular por três anos e disputando duas Copas Libertadores no período. Além disso, foi o maior zagueiro-artilheiro da história do clube até a chegada de Werley. Ao todo, foram 143 jogos pelo Grêmio, tendo marcado 18 gols.
Em janeiro de 2012, o jogador foi anunciado como novo reforço do Atlético Mineiro, assinando um contrato de 2 anos com o clube. Estreou na vitória por 2–0 sobre o Boa Esporte na Arena do Jacaré, válida pelo Campeonato Mineiro. Em seu terceiro jogo pelo clube, o zagueiro marcou seu primeiro gol com a camisa do Galo, na vitória por 2–0 sobre a Caldense na Arena do Jacaré, válida pelo Campeonato Mineiro. No primeiro semestre de 2012, o zagueiro foi titular absoluto da equipe e peça fundamental na conquista do Campeonato Mineiro. Com o retorno de Leonardo Silva após sofrer uma lesão, o jogador ficou como primeira opção no banco de reservas, atuando em vinte partidas pelo Brasileirão.
Em 17 de outubro, no empate em 2–2 contra o Santos na Vila Belmiro, válido pelo Brasileirão, Rafael Marques bateu cabeça com Leonardo Silva e ficou desacordado. Depois de onze minutos, o jogador foi retirado por uma maca, já que a ambulância não conseguiu entrar no gramado da Vila Belmiro por conta de um degrau que impedia a passagem do veículo. O zagueiro ficou hospitalizado e foi reavaliado na manhã do dia seguinte, quando recebeu alta de um neurologista. Rafael passou por tomografia no crânio ainda na quarta-feira, dia do jogo, e não teve nenhum problema grave constatado.
Para 2013, a diretoria contratou o experiente Gilberto Silva, que chegou ao clube com o intuito de ser o zagueiro reserva imediato do elenco. Desta forma, Rafael Marques praticamente não figurou nos jogos. Seu grande momento pelo Galo em 2013 foi na partida contra o Newell's Old Boys no Marcelo Bielsa, pela Copa Libertadores da América. Com a zaga titular suspensa, o técnico Cuca não tinha outra opção a não ser escalar Gilberto Silva e Rafael Marques. Mesmo com a derrota por 2–0, os dois fizeram uma excelente partida e Rafael salvou um gol em cima da linha. Ao final do torneio, sua equipe foi campeã, sendo esse, o título mais importante de sua carreira até então.
Em 29 agosto de 2013, poucas semanas após a conquista da Copa Libertadores, Rafael Marques anunciou que rescindiu o contrato com o Atlético Mineiro e assinou com o Hellas Verona, da Itália, por duas temporadas. Estreou na goleada por 4–1 sobre o Bologna no Renato Dall’Ara, válida pelo Campeonato Italiano.
Em duas temporadas na equipe italiana, o zagueiro alternou entre o time titular e a equipe reserva, e não marcou nenhum gol.