Complexo do Pantanal, ou simplesmente Pantanal, é um bioma constituído principalmente por uma savana estépica, alagada em sua maior parte, com 250 000 quilômetros quadrados de extensão e uma altitude média de 100 m. Devido às dificuldades de mensurar o tamanho do Pantanal, é possível encontrar referências de sua área em 210 000 km².
Está situado no sul do estado do Mato Grosso, e no noroeste de Mato Grosso do Sul, além de partes do norte do Paraguai e do leste da Bolívia (onde é chamado de chaco boliviano). O Pantanal é considerado a maior planície alagada contínua do mundo, com 140 000 km² em território brasileiro. De acordo com o Instituto SOS Pantanal, do total de 195 000 km² considerados do Pantanal, 151 000 km² se encontram no Brasil e os restantes 44 000 km² estão divididos entre Bolívia e Paraguai. O Pantanal Boliviano possui 31 898 km².
A região considerada pela UNESCO como Patrimônio Natural Mundial e Reserva da Biosfera localiza-se na região do Parque Nacional do Pantanal. Em que pese o nome, há um reduzido número de áreas pantanosas na região pantaneira.
O Pantanal é uma das maiores extensões alagadas contínuas do planeta e está localizado no centro da América do Sul, na bacia hidrográfica do Alto Paraguai. Sua área é de 210 000 km², com 65% de seu território no estado de Mato Grosso do Sul e 35% no Mato Grosso. A região se encontra dividida entre duas subdivisões: Microrregião do Alto Pantanal (em Mato Grosso) e Microrregião do Baixo Pantanal e Microrregião de Aquidauana (em Mato Grosso do Sul).
Do ponto de vista da fisiografia e geomorfologia, o Pantanal é definido como uma "grande e relativamente complexa planície de coalescência detrítico-aluvial". Silva & Abdon (1998), usando como critério a inundação e o relevo, dividem a área em onze sub-regiões (Cáceres, Poconé, Barão de Melgaço, Paraguai, Paiaguás, Nhecolândia, Abobral, Aquidauana, Miranda, Nabileque, Porto Murtinho).
A origem do Pantanal não é, como se pensava, resultado da separação do oceano há milhões de anos. Todos os geólogos concordam que não há ali indícios da presença do mar, e um dos que melhor conhecem a região, Fernando Flavio Marques de Almeida, diz que ele representa uma área que se abateu por falhamentos de blocos durante o período Terciário.
O rio Paraguai passa pela cidade de Cáceres, Mato Grosso, onde é conhecida como "Princesinha do Rio Paraguai" e seus afluentes percorrem o Pantanal, formando extensas áreas inundadas que servem de abrigo para muitos peixes, como o pintado, o dourado, o pacu, e também para outros animais, como os jacarés, as capivaras e ariranhas, entre outras espécies. Muitos animais ameaçados de extinção em outras partes do Brasil ainda possuem populações vigorosas na região pantaneira, como o cervo-do-pantanal, a capivara, o tuiuiú e o jacaré.
Devido a baixa declividade desta planície no sentido norte-sul e leste-oeste, a água que cai nas cabeceiras do rio Paraguai chega a gastar quatro meses ou mais para atravessar todo o Pantanal. Os ecossistemas são caracterizados por cerrados e cerradões sem alagamento periódico, campos inundáveis e ambientes aquáticos, como lagoas de água doce ou salobra, rios, vazantes e corixos.
Animais que estão presentes no mar também existem no pantanal, formando o que se pode chamar de mar interior. A área alagada do pantanal se deve a lentidão de drenagem das águas que fluem lentamente, pela região do médio Paraguai, num local chamado de Fecho dos Morros do Sul.
O clima do Pantanal é quente e úmido, no verão, e embora seja relativamente mais frio no inverno, continua apresentando grande umidade do ar devido à evapotranspiração associada à água acumulada no solo no horizonte das raízes durante o período de cheia. A maior parte dos solos do Pantanal é arenosa e suporta pastagens nativas utilizadas pelos herbívoros nativos e pelo gado bovino, introduzido pelos colonizadores da região. Uma parcela pequena da pastagem original foi substituída por forrageiras exóticas, como a Braquiária (4,5% em 2006).
A vegetação do Pantanal conta com um mosaico de matas, cerradões e savanas, isto por que, tem influência direta de outros três importantes biomas brasileiros: Amazônia, Cerrado e Mata Atlântica — com espécies como cambará-lixeira, canjiqueira e carandá, que são plantas que se estabelecem em campos inundáveis de diversos tipos.[carece de fontes?]
O balanço de energia superficial (i.e., a troca de energia entre a superfície e a atmosfera) é muito influenciada pela presença de lâminas de água, que cobrem parcialmente o terreno a cada verão, e as características particulares dos balanços hídrico e de energia acabam por influir no desenvolvimento da Camada Limite Atmosférica regional.
A Planície do Pantanal possui aproximadamente, no Brasil, 150 000 km², medida estimada pelos estudiosos que explicam que dificilmente pode ser estabelecido um cálculo exato de suas dimensões, pois a cada fechamento de ciclo de estações de seca e de águas o Pantanal se modifica. Sua área total é de 210 000 km², esta área inclui partes do Brasil, Bolívia e Paraguai, com a maior parte situada no Brasil. Na Bolívia é conhecido também como Pantanal Boliviano ou ainda Gran Pantanal.
O Pantanal vive sob o desígnio das águas: ali, a chuva divide a vida em dois períodos bem distintos. Durante os meses da seca — de maio a setembro, aproximadamente —, a paisagem sofre mudanças radicais: no baixar das águas, são descobertos campos, bancos de areia, ilhas e os rios retomam seus leitos naturais, mas nem sempre seguindo o curso do período anterior. As águas escorrem pelas depressões do terreno, formando os corixos (canais que ligam as águas de baías, lagoas, alagados etc. com os rios próximos).
Nos campos extensos cobertos predominantemente por gramíneas e vegetação de cerrado, a água de superfície chega a escassear, restringindo-se aos rios perenes, com leito definido, a grandes lagoas próximas a esses rios, chamadas de baías, e a algumas lagoas menores e banhados em áreas mais baixas da planície. Em muitos locais, torna-se necessário recorrer a águas subterrâneas, do lençol freático ou aquíferos, utilizando as bombas manuais e ou tocadas por moinhos de vento para garantir o fornecimento às moradias e bebedouros de animais domésticos.
As primeiras chuvas da estação caem sobre um solo seco e poroso e são facilmente absorvidas. De outubro a abril as chuvas caem torrenciais nas cabeceiras dos rios da Bacia do Paraguai, ao norte. Com o constante umedecimento da terra, a planície rapidamente se torna verde devido à rebrotação de inúmeras espécies resistentes à falta d'água dos meses precedentes. Esse grande aumento periódico da rede hídrica no Pantanal, a baixa declividade da planície e a dificuldade de escoamento das águas pelo alagamento do solo, são responsáveis por inundações nas áreas mais baixas, formando baías de centenas de quilômetros quadrados, o que confere à região um aspecto de imenso mar interior.
O aguaceiro eleva o nível das baías permanentes, cria outras, transborda os rios e alaga os campos no entorno, e morros isolados sobressaem como verdadeiras ilhas cobertas de vegetação — agrupamentos dessas ilhas são chamados de cordilheiras pelos pantaneiros — nas ilhas e cordilheiras os animais se refugiam à procura de abrigo contra a subida das águas.
Com a subida das águas, grande quantidade de matéria orgânica é carregada pela correnteza e transportada a distâncias consideráveis. Representados, principalmente, por massas de vegetação flutuante e marginal e por animais mortos na enchente, esses restos, durante a vazante, são depositados nas margens e praias dos rios, lagoas e banhados e, após rápida decomposição, passam a constituir o elemento fertilizador do solo, capaz de garantir a enorme diversidade de tipos vegetais lá existentes.