Foi confirmado que a Pandemia de COVID-19 se espalhou da China para o Japão em 23 de janeiro de 2020.
Em 27 de fevereiro de 2020, o primeiro-ministro Shinzō Abe solicitou que todas as escolas japonesas de ensino fundamental e médio fechassem até o início de abril para ajudar a conter o vírus. A pandemia tem sido motivo de preocupação para os Jogos Olímpicos de Verão de 2020, que estão programados para ocorrer em Tóquio a partir do final de julho. O governo japonês está tomando precauções extras para ajudar a minimizar o impacto da pandemia.
Um cidadão chinês de 30 anos de idade que já havia viajado para Wuhan apresentou febre em 3 de janeiro e depois retornou ao Japão em 6 de janeiro. Foi diagnosticado durante uma internação hospitalar entre 10 e 15 de janeiro. Ele não havia visitado o Mercado Atacadista de Frutos do Mar de Huanan, mas possivelmente teve contato próximo com uma pessoa afetada em Wuhan. Em 24 de janeiro, um segundo caso foi confirmado com um cidadão chinês que visitou Wuhan. Em 25 de janeiro, o terceiro caso foi confirmado com uma mulher de Wuhan.
Posteriormente, o Japão tomou precauções extras, devido à realização dos Jogos Olímpicos de Verão de 2020 em Tóquio. Apesar disso, em 28 de janeiro, o quinto, sexto e sétimo casos foram confirmados no Japão, incluindo um homem que não havia visitado Wuhan. O homem era um motorista de ônibus de turismo que havia conduzido um grupo de Wuhan no início de janeiro. O guia de turismo do grupo também foi diagnosticado com SARS-CoV-2. Em 29 de janeiro, um homem e uma mulher chineses na faixa dos 40 anos foram testados em Aichi e em Hokkaido.
Em 30 de janeiro, três japoneses que chegaram a Haneda após serem evacuados de Wuhan foram diagnosticados. Três outros casos foram confirmados mais tarde naquele dia. O primeiro-ministro Shinzō Abe anunciou que os dois japoneses que voltaram via Haneda recusaram mais testes e disseram que as autoridades não poderiam legalmente forçá-los a fazê-lo. Foi anunciado em 31 de janeiro que os dois haviam cedido.
A partir de 3 de fevereiro, o Japão não admitiria ninguém que tivesse histórico de viagens de e para a província de Hubei ou que tivesse um passaporte chinês emitido oficialmente de Hubei. Além disso, os viajantes não japoneses foram obrigados a preencher questionários de declaração de saúde sobre se haviam (ou teriam) viajado para Hubei nos próximos 14 dias.
Em 11 de fevereiro, dois evacuados de Wuhan foram diagnosticados com a doença depois que um teste anterior deu negativo. Outros três casos foram confirmados nos próximos dois dias, elevando a contagem total para 31 infectados.
Em 12 de fevereiro, o Japão anunciou restrições de entrada para quem viajasse de e para Zhejiang ou tinha um passaporte chinês emitido a partir de Zhejiang.
Em 13 de fevereiro, uma mulher de 80 anos morreu na província de Kanagawa, ao lado de Tóquio, marcando a primeira morte do COVID-19 no Japão. Ela era a sogra de um motorista de táxi que trabalha em Tóquio e também foi diagnosticado com o vírus.
Em 14 de fevereiro, um casal, ambos na faixa dos 60 anos, foram diagnosticados após retornar de dez dias de férias no Havaí, durante os quais o homem começou a mostrar sintomas. Em 16 de fevereiro, foi relatado que eles usaram a Delta Airlines para retornar a Tóquio de Oahu e permanecer no Grand Waikikian. O rastreamento de contatos foi iniciado pela companhia aérea para confirmar se alguém estava infectado.
Em 18 de fevereiro, a Prefeitura de Wakayama anunciou que três pessoas foram confirmadas e uma delas foi internada no Hospital Saisekai Arida. Os outros dois eram um médico com resultado positivo e uma enfermeira de 30 anos que trabalhava como membro da Equipe de Assistência Médica em Desastres após ser enviada para a Diamond Princess.
Em 20 de fevereiro, a Prefeitura de Fukuoka anunciou seu primeiro caso de vírus, um japonês de sessenta anos sem histórico de viagens no exterior.
Em 21 de fevereiro, dois meninos da escola primária de Hokkaido e um menino da escola pré-escolar foram confirmados com o SARS-CoV-2; este último voltou de um transporte aéreo de Wuhan com o pai, que também passou por testes.
Em 22 de fevereiro, um professor do ensino médio que trabalha na província de Chiba foi diagnosticado com o vírus.
Em 23 de fevereiro, o Departamento de Estado dos EUA aconselhou os visitantes americanos no Japão a serem cautelosos devido à disseminação da comunidade pelo vírus. No mesmo dia em que a Nagoya Expressway Public Corporation anunciou planos de fechar temporariamente alguns pedágios e permitir que os funcionários trabalhassem em suas casas depois que um funcionário que ocupava o pedágio foi diagnosticado com SARS-CoV-2. Devido à falta de funcionários, seis portagens na via expressa Tokai e Manba foram fechadas no fim de semana.
Em 27 de fevereiro, Shinzō Abe solicitou o fechamento de todas as escolas de ensino fundamental, médio e médio para coibir a disseminação das infecções de 2 de março ao final das férias de primavera, que geralmente terminam no início de abril.
Em 4 de março, a região de Chugoku relatou seu primeiro caso na Prefeitura de Tokushima.
Em 5 de março, o Japão anunciou a entrada de novos visitantes em quarentena para todos os visitantes vindos da China e Coreia do Sul. A prefeitura de Shiga também anunciou seu primeiro caso.