Martim Afonso de Sousa (Vila Viçosa, c. 1500 – Lisboa, 21 de julho de 1564) foi um nobre, militar e administrador colonial português que foi, de 1533 até a sua morte, o primeiro donatário da Capitania de São Vicente e, de 1542 a 1545, governador da Índia portuguesa.
Martim Afonso era filho primogênito de Lopo de Sousa, alcaide-mor de Bragança. Passou ao serviço do rei Manuel I em 1516 e, em 1530, foi incumbido pelo seu filho João III de comandar a armada que haveria de expulsar os franceses da costa da América portuguesa, e iniciar a colonização efetiva do território. Nessa expedição fundou a Capitania de São Vicente e seu irmão, Pero Lopes de Sousa, recebeu as donatarias das Capitania de Santana, Santo Amaro e Itamaracá. Partiu para Portugal em 1533 e, após isso, não retornou mais à América.
Algum tempo depois foi nomeado pelo rei como capitão-mor da Armada do Reino, posto que exerceu até 1539. Em 1542 retornou à Índia onde foi governador até 1545. Após isso retornou a Portugal, tendo sido conselheiro de estado até à data da sua morte. Faleceu em Lisboa no dia 21 de julho de 1564 e foi sepultado no Convento de São Francisco da Cidade.
Martim Afonso de Sousa descendia dos Sousa Chichorro, cujo varão da geração inicial foi Martim Afonso Chichorro, filho bastardo de D. Afonso III, o qual foi elevado a altas posições sociais, políticas e económicas, no reinado de seu meio-irmão D. Dinis. O mesmo Martim Afonso Chichorro teve um filho homónimo com Inês Lourenço de Valadares. Este último teve um filho chamado Vasco Martins de Sousa Chichorro que já em avançada idade (naquele tempo) participou nas Cortes de Coimbra, e contribuiu para aclamação de D. João I. Seu filho, chamado, Martim Afonso de Sousa, combateu na Batalha de Aljubarrota na qual integrou a Ala dos Namorados, composta por cavaleiros que juraram que, se escapassem com vida da batalha, correriam imediatamente para os braços das suas namoradas.
Martim Afonso de Sousa escapou com vida à batalha e correu imediatamente para os braços de sua namorada que, por sinal, era abadessa de um mosteiro beneditino. Desta ligação nasceu um filho sacrílego (isto é, concebido em violação de votos públicos e solenes), ao qual puseram o mesmo nome do pai: Martim Afonso de Sousa.
Este último casou-se com Violante Lopes de Távora e teve um filho, Pero de Sousa, que se casou com Maria Pinheiro.
Deste casamento nasceu Lopo de Sousa, Senhor do povoado do Prado, Alcaide-mor de Bragança, que se casou com Brites de Albuquerque. Deste casamento nasceu Martim Afonso de Sousa, Senhor do Prado e Alcoentre, capitão-mor da Armada que veio ao Brasil em 1530. Martim Afonso teve quatro irmãos: Catarina de Albuquerque, Isabel de Albuquerque, João Rodrigues de Sousa (Capitão na Armada do Estado Português da Índia) e Pero Lopes de Sousa (capitão na armada comandada pelo irmão mais velho, que chegou ao Brasil em 1530).
Ao deixar o serviço do duque de Bragança, em 1516, para ficar na corte da Casa Real, passou a ter aulas de matemática, cosmografia e geografia com o cosmógrafo-mor Pedro Nunes (1527-1530).«Como era de um espírito elevado e queria esfera onde se dilatasse em coisas grandes, largou a alcaidaria-mor de Bragança e outras mercês que tinha do duque, para servir ao Príncipe D. João, filho de El-Rei D. Manuel. Depois foi a Castela e esteve algum tempo em Salamanca; voltando a Portugal, El-Rei D. João III, que já então reinava, o recebeu com muita estimação e honra porque Martim Afonso de Sousa foi um fidalgo em quem concorreram muitas partes, porque era valoroso, dotado de entendimento e talento grande». Justificou a decisão dizendo: "O duque pode fazer-me alcaide-mor, mas o rei pode fazer-me duque", porém isso nunca aconteceu.
Acompanhou a rainha viúva D. Leonor de Áustria a Castela, onde se casou com Ana Pimentel, de ilustre família espanhola, cerca de junho de 1523. Ana Pimentel era filha de Arias Maldonado, comendador de Estriana e regedor de Salamanca e Talavera e de D. Joana Pimentel, filha de D. Pedro Pimentel, senhor de Távara e irmã de D. Bernardino Pimentel, 1.º Marquês de Távara [es]. A mãe da mulher de Martim Afonso de Sousa era assim descendente, pelo lado paterno, dos Pimentéis condes de Benavente [es], uma linhagem de origem portuguesa que passara para Espanha no século XIV; e, pelo lado materno, descendia dos condes de Alba de Liste [es]. Isso quer dizer que, pelo seu casamento, Martim Afonso de Sousa passou a ficar ligado a algumas das principais linhagens de Espanha. Na época, não era usual para fidalgos portugueses não titulares casarem com mulheres espanholas oriundas — mesmo se, como no caso, por via feminina - de famílias da grandeza de Espanha, pelo que se pode concluir ter Martim Afonso conseguido desenvolver com sucesso uma estratégia de aliança matrimonial com repercussões positivas em termos da sua carreira política e de conexões com o poder na primeira corte da Península Ibérica.
Em Espanha, onde viveu quatro anos, lutou ao serviço do imperador Carlos V contra os franceses. No inverno de 1525, Martim Afonso teve uma participação destacada no cerco e tomada de Fuenterrabía, no noroeste da Espanha. O imperador elogiou-o publicamente e o convidou para permanecer em Castela.
Iniciou sua carreira de homem de mar e guerra ao serviço de Portugal em 1531 na armada que o rei D. João III determinou mandar ao Brasil, cerca de 1530, indicado por seu primo-irmão D. António de Ataíde, Conde da Castanheira, Fidalgo do Conselho Real, e usufruindo da amizade e confiança de D. João III. Ataíde fez essa indicação com intuito de afastar Martim Afonso de D. João III, também amigos de infância, para que fosse o único a ter certa influência sobre El-Rei.
A historiografia tradicional brasileira encara sua expedição como a primeira expedição colonizadora. Levava regimento para expulsar os franceses da costa brasileira, colocar padrões de posse desde o rio Maranhão até ao Rio da Prata, o qual não alcançou em função de ter naufragado antes, e dividir a costa brasileira em capitanias medidas em léguas de costa que seguidamente El-Rei concederia a donatários.
Estava autorizado a escolher para si mesmo cem léguas de costa da melhor terra e outras oitenta para seu irmão mais novo Pero Lopes de Sousa.
Fundou em 22 de Janeiro de 1532 a primeira vila do Brasil, batizando-a de São Vicente, uma homenagem a São Vicente Mártir, por ser o dia consagrado a este santo, confirmando o nome dado por Gaspar de Lemos trinta anos antes, quando chegou àquela ilha, coincidentemente, em 22 de janeiro de 1502.
Partiu de Lisboa ao dia três de dezembro de 1530 com quatro navios, tendo como imediato o irmão mais novo Pero Lopes de Sousa e transportando cerca de quatrocentas pessoas, como escreve Pedro Taques:
"De Lisboa saiu o governador Martim Afonso de Sousa com armada de navios, gente, armas, apetrechos de guerra e nobres povoadores, tudo à sua custa: com ele veio também seu irmão Pedro Lopes de Sousa, a quem o mesmo rei tinha concedido oitenta léguas de costa para fundar sua capitania, e faleceu afogado no mar. Trouxe o dito Martim Afonso de Sousa além da muita nobreza, alguns fidalgos da casa real, como foram Luís de Góis e sua mulher D. Catarina de Andrade e Aguilar, seus irmãos Pedro de Góis, que depois foi capitão-mor de armada pelos anos de 1558, e Gabriel de Góis; Domingos Leitão, casado com D. Cecília de Góis, filha do dito Luís de Góis; Jorge Pires, cavaleiro fidalgo; Rui Pinto, cavaleiro fidalgo casado com D. Ana Pires Micel, Francisco Pinto, cavaleiro fidalgo, e todos eram irmãos de D. Isabel Pinto, mulher de Nicolau de Azevedo, cavaleiro fidalgo e senhor da quinta do Rameçal em Penaguião, e filhos de Francisco Pinto, cavaleiro fidalgo, e de sua mulher Marta Teixeira, que ambos floresciam pelos anos de 1550, quando em 18 de junho do dito ano venderam por escritura pública em Lisboa aos alemães Erasmo Esquert e Julião Visnat as terras que de seu filho Rui Pinto haviam herdado na vila de S. Vicente: tudo o referido se vê no liv. 1º dos registos das sesmarias, tít. 1555, já referido, págs. 42 e seguintes. Outros muitos homens trouxe desta qualidade com o mesmo foro e também com o foro de moços da Câmara, e todos ficaram povoando a vila de S. Vicente, como se vê melhor no mesmo livro 1º. do registo das sesmarias per totum.