Jonathan Nahimana (Bujumbura, 12 de dezembro de 1999) é um futebolista burundiano que atua como goleiro. Atualmente, joga pelo Kinondoni Municipal Council.
Estreou profissionalmente em 2015, no Vital'O, um dos principais clubes de futebol de seu país. Pelos Violetas, foi campeão nacional em 2015–16. Venceu ainda a Copa do Burundi na mesma temporada e também em 2018. Neste mesmo ano, foi contratado pelo Kinondoni Municipal Council, que disputa a primeira divisão do Campeonato Tanzaniano.
Convocado desde 2017 para a Seleção do Burundi, Nahimana estreou num amistoso realizado em março de 2017, contra o Djibuti, que saiu derrotado por 7 a 0.
Esteve na Copa Africana das Nações de 2019, a primeira disputada pelos Hirondelles, que amargaram a eliminação na primeira fase, perdendo os 3 jogos (1 a 0 para Madagáscar e Nigéria e 2 a 0 para a Guiné) e não fazendo nenhum gol. Não possui parentesco (apesar do sobrenome igual) com o meio-campista Shasiri Nahimana, também campeão nacional em 2015–16 e que disputou 2 partidas pela CAN.
Campeonato Burundiano: 2015–16
«Jonathan Nahimama» (em inglês). em National-Football-Teams.com