John Jesus Flanagan (Kilbreedy, Irlanda, 9 de janeiro de 1873 - Kilmallock, 3 de junho de 1938) foi um atleta norte-americano, tricampeão olímpico do lançamento do martelo.
Irlandês de nascimento, Flanagan imigrou para os Estados Unidos aos 23 anos, em 1896, quando já era o recordista mundial desta prova, na qual era o astro de seu país natal. Em 1900, ele representou seu novo país nos Jogos Olímpicos de Paris, conquistando a medalha de ouro e sendo o único integrante sem formação universitária da equipe de atletismo a medalhar. No lançamento de disco, prova que também disputou, ficou em sétimo.
Em 1903, ele conseguiu emprego no Departamento de Polícia de Nova York, onde foi lotado na Seção de Licenças, e sem muito o que fazer, pôde continuar seus treinamentos. Com isso, em 1904 ele conquistou o bicampeonato olímpico nos Jogos de St. Louis quebrando o recorde olímpico e mundial da prova e ainda foi medalha de prata no arremesso de peso de 56 libras.
Em 1908, John tornou-se tricampeão olímpico no martelo, quebrando o seu próprio recorde mundial, aos 40 anos de idade. No ano seguinte, aos 41 anos, mais um recorde mundial - o atleta mais velho a conseguir isto - e a melhor marca de sua vida, 56m18.
Flanagan deixou a polícia nova-iorquina em 1910 quando seu departamento foi extinto e voltou no ano seguinte para a Irlanda, depois de 15 anos vivendo em seu país de adoção e pelo qual competiu em três Olimpíadas. Morreu em 1938, na pequena vila irlandesa de Kilmallock.
Nos Jogos Olímpicos de Amsterdã, em 1928, os Estados Unidos perderam pela primeira vez a medalha de ouro do lançamento do martelo. A prova foi vencida pelo irlandês Patrick O'Callaghan, que, ironicamente, havia sido treinado por John Jesus Flanagan.
Lista dos campeões olímpicos de atletismo
Cook, Theodore Andrea (1909). The Fourth Olympiad London 1908 Official Report (PDF). London: British Olympic Association. Consultado em 29 de dezembro de 2008. Cópia arquivada (PDF) em 27 de setembro de 2007
De Wael, Herman (2001). «Athletics 1908». Herman's Full Olympians
Greenberg, Stan (1987). Olympic Games: The Records. London: Guinness Books ISBN 0-85112-896-3
John Jesus Flanagan Modern Hercules