A Guerra da Independência da Croácia ocorreu de 1991 a 1995 entre as forças croatas leais ao Governo da Croácia — que havia declarado independência da República Socialista Federativa da Iugoslávia — e o Exército Popular Iugoslavo (JNA) controlado pelos sérvios e forças de sérvios locais, com o JNA terminando suas operações de combate na Croácia em 1992. Na Croácia, a guerra é principalmente referida como a "Guerra da Pátria" e também como a "Agressão da Grande Sérvia". A maioria dos croatas queriam que a Croácia deixasse a Iugoslávia e se tornasse um país soberano, enquanto que muitos sérvios que viviam na Croácia, apoiados pela Sérvia, se opunham à secessão e queriam que as terras reivindicadas pelos sérvios estivessem em um estado comum com a Sérvia. A maioria dos sérvios buscaram um novo estado sérvio dentro de uma federação iugoslava — incluindo áreas da Croácia e Bósnia e Herzegovina com maiorias étnicas sérvias ou minorias significativas —, e tentou conquistar o máximo possível da Croácia. A Croácia declarou independência em 25 de junho de 1991, mas concordou em adiá-la através do Acordo de Brioni e cortar todos os laços restantes com a Iugoslávia em 8 de outubro de 1991.
Inicialmente, o JNA tentou manter a Croácia dentro da Iugoslávia, ocupando toda a Croácia. Depois que isso falhou, as forças sérvias estabeleceram a autoproclamada República do proto-estado da Sérvia Krajina (RSK) dentro da Croácia. Após o cessar-fogo de janeiro de 1992 e o reconhecimento internacional da República da Croácia como um estado soberano, as linhas de frente foram entrincheiradas, a Força de Proteção das Nações Unidas (UNPROFOR) foi implantada e o combate tornou-se amplamente intermitente nos três anos seguintes. Durante esse tempo, a RSK abrangeu 13,9 km² — mais de 25% da Croácia. Em 1995, a Croácia lançou duas grandes ofensivas conhecidas como Operação Flash e Operação Tempestade — ambas ofensivas encerraram com êxito a seu favor. A zona restante da Administração Transitória das Nações Unidas para a Eslavônia Oriental, Baranja e Sírmia Ocidental (UNTAES) foi reintegrada pacificamente na Croácia em 1998.
A guerra terminou com a vitória croata, pois atingiu os objetivos que havia declarado no início da guerra: independência e preservação de suas fronteiras. Aproximadamente 21–25% da economia croata foi arruinada, com uma estimativa de 37 bilhões de dólares em infraestrutura danificada, produção perdida e custos relacionados com refugiados. Mais de 20 mil pessoas foram mortas na guerra, e refugiados foram deslocados em ambos os lados. Os governos sérvio e croata começaram a cooperar progressivamente entre si, mas as tensões permaneceram — em parte devido aos veredictos do Tribunal Penal Internacional para a antiga Iugoslávia (TPII) e ações judiciais movidas por cada país contra o outro. Em 2007, o TPII retornou um veredicto de culpado contra Milan Martić, um dos líderes sérvios na Croácia, por ter conspirado com Slobodan Milošević e outros para criar um "estado sérvio unificado". Entre 2008 e 2012, o Tribunal processou os generais croatas Ante Gotovina, Mladen Markač e Ivan Čermak por alegado envolvimento nos crimes relacionados com a Operação Tempestade. Čermak foi absolvido por completo, e as condenações de Gotovina e Markač foram posteriormente anuladas por um painel de apelações do TPII. A Corte Internacional de Justiça (CIJ) rejeitou as alegações mútuas de genocídio pela Croácia e Sérvia em 2015, reafirmando que, até certo ponto, crimes contra civis tinham ocorrido, mas decidiu que não havia intenção genocida específica.
A guerra na Croácia, foi o resultado do aumento do nacionalismo na Iugoslávia durante a década de 1980, que lentamente levou à dissolução do país. A crise que se desencadeou na Iugoslávia começou após o enfraquecimento dos estados comunistas do Leste da Europa, na última fase da Guerra Fria, simbolizado pela queda do Muro de Berlim em 1989. Na Iugoslávia, o Partido Comunista nacional, oficialmente chamado de Liga dos Comunistas da Iugoslávia já tinha perdido grande parte da sua proeminência ideológica.
Na década de 1980, a agitação dos movimentos separatistas albaneses do Kosovo levaram à repressão da maioria albanesa nesta província no sul da Sérvia. As repúblicas mais prósperas, a Eslovénia e a Croácia queriam avançar para a descentralização e democracia. A República da Sérvia, liderada por Slobodan Milošević, adotou a centralização e o sistema de partido único (comunista) para toda a Iugoslávia: em última análise, suprimiu a autonomia das regiões de Kosovo e Voivodina. Ao mesmo tempo, o Exército Popular Iugoslavo sofreu uma transformação, tornando-se uma força controlada pelos sérvios.
Desde o surgimento do nacionalismo com base em interesses individuais de cada república, tornou-se previsível o desaparecimento da Iugoslávia e da sua substituição por inúmeros pequenos estados sucessores. Slobodan Milošević, desde a sua ascensão ao poder na Sérvia, procurou promover a continuidade de todos os sérvios em um estado. As exigências eslovenas e croatas para uma maior autonomia, incluindo uma espécie de Estado Confederado e até a independência total, foram também, tornando-se vontades nacionalistas crescentes entre os altos funcionários e governantes da Liga dos Comunistas da Iugoslávia.
Em Março de 1989, agravou-se a crise na Iugoslávia após a aprovação de emendas à Constituição da Sérvia. Isto permitiu que o governo da república sérvia de re-afirmar efetivo poder sobre as províncias autónomas do Kosovo e Voivodina. Uma vez que estas entidades tinham direito a voto na presidência federal da Iugoslávia (membros das seis repúblicas e duas províncias autónomas), a Sérvia, sob a presidência de Slobodan Milošević, ganhou controle sobre três dos oito votos na eleição da Presidência federal. Através de um apoio adicional de Montenegro, e, ocasionalmente, da Bósnia e Herzegovina, a Sérvia estava em posição de exercer uma enorme influência sobre o governo federal. Esta situação levou a protestos em outras repúblicas e propostas de reformas na Federação Iugoslava.
1990: movimentos eleitorais e constitucionais
O enfraquecimento do regime comunista permitiu que o nacionalismo espalhasse a sua presença política, mesmo no seio da Liga dos Comunistas da Iugoslávia. No 14º Congresso Extraordinário do partido, a 20 de janeiro de 1990, as delegações das repúblicas mostraram as suas divergências sobre questões importantes da Federação Iugoslava. A delegação croata exigiu uma federação menos centralizada, enquanto a delegação sérvia, chefiada por Milošević, opôs-se a isto. Como consequência, os delegados eslovenos e croatas abandonaram o Congresso. Isto é visto por alguns como o começo do fim da Iugoslávia.
As primeiras eleições livres foram, então, convocadas na Croácia e na Eslovénia alguns meses mais tarde. As eleições legislativas croatas tiveram lugar em Abril-Maio de 1990 (a primeira em 22 de Abril e novamente em 6 de maio).
Ao longo de 1989 havia sido fundados vários partidos políticos, incluindo a União Democrática Croata (HDZ - Hrvatska Demokratska Zajedno), liderada pelo nacionalista croata Franjo Tuđman. A HDZ baseou a sua campanha sobre a aspiração de independência e de uma retórica geral anti-iugoslava, estimulando os croatas, no sentido de que só o HDZ poderia proteger a Croácia das aspirações dos setores sérvios liderados por Slobodan Milošević sobre a conformação da Grande Sérvia. E deste modo, foi capaz de assumir os resultados eleitorais (seguido pelo comunista reformista Ivica Racan, do Partido Social-Democrata da Croácia) e formar um novo governo croata.
Um fator importante na preservação das fronteiras da Croácia foi a ajuda internacional recebida por membros da diáspora croata. Muitos futuros dirigentes da HDZ, incluindo Tuđman, fizeram visitas internacionais durante os anos 80 e início dos anos 90, com vista de obter o apoio dos emigrantes para a causa nacional croata. Contudo, estes contactos foram interpretados por alguns políticos conservadores e comunistas (sobretudo sérvios) como mostras de separatismo. Este sentimento foi reforçado por algumas declarações altamente controversas de membros do HDZ e por uma retórica imprudente que era tudo menos tranquila. Além disso, o uso da iconografia nacionalista, algumas delas valorizando diretamente o movimento nacionalista croata que foi provavelmente responsável, durante a Segunda Guerra Mundial, pelo desaparecimento de mais de 100 000 sérvios, não contribuiu para reduzir as tensões.