Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) é uma instituição brasileira, vinculada ao Ministério da Saúde, de ciência, tecnologia e inovação em ciências biológicas e da saúde. encontra-se distribuída por território nacional com presença internacional. Criada em 1900 pelo médico sanitarista Oswaldo Cruz no estado do Rio de Janeiro. Encontra-se presente em 10 estados brasileiros, além de um escritório internacional em Maputo, Moçambique. Conta com 16 unidades técnico-científicas, voltadas para ensino, pesquisa, inovação, assistência, desenvolvimento tecnológico e extensão no âmbito da saúde.
Sua sede localiza-se no bairro de Manguinhos, na Zona Norte do Rio de Janeiro, onde estão os prédios históricos do antigo Instituto Soroterápico Federal – como o Pavilhão Mourisco, o Pavilhão do Relógio e a Cavalariça.
Criação e combate a peste (1899-1902)
Em 1899 um surto de peste ocorreu na cidade de Santos, vindo de Portugal através do Porto de Santos. Os primeiros casos de suspeita da doença foram identificados pelos médicos e cientistas Adolfo Lutz e Vital Brazil, respectivamente, diretor e assistente do Instituto Bacteriológico de São Paulo. O Ministério da Justiça e Negócios Interiores, na época responsável também pela saúde publica do pais, designou Oswaldo Cruz, especialista em bacteriologia, para realizar o diagnóstico da doença. Em sua investigação Cruz confirmou presença da peste na cidade.
A fim de evitar a disseminação de uma epidemia, iniciam-se esforços para que fosse realizada a produção do soro e da vacina antipestosos no Brasil. Em São Paulo, foi criado um laboratório de produção de soro antipestoso, vinculado ao Instituto Bacteriológico, que futuramente daria origem ao Instituto Butantã. Na cidade do Rio de Janeiro, então Distrito Federal do Brasil, foi inaugurado o Instituto Soroterápico, em 25 de maio de 1900, sob responsabilidade do governo municipal. Este também era por vezes chamado "Instituto de Manguinhos", sendo utilizado até mesmo em algumas publicações cientificas, por ter sido construído na Fazenda de Manguinhos, em Inhaúma.
O médico Pedro Afonso Franco foi indicado para ser seu primeiro diretor administrativo do. Afonso então nomeou Cruz para a direção técnica. Os médicos Ismael da Rocha, Augusto Paulino Soares, Ezequiel Dias, Henrique Figueiredo de Vasconcellos e Antônio Cardoso Fontes também integraram a primeira equipe do Instituto. Inicialmente os laboratórios foram instalado em construções remanescentes da fazenda. Ainda neste ano foi desenvolvido um soro e uma vacina antipestosos que utilizavam a bactéria isolada em Santos. O soro foi criado baseando-se no soro antipestoso francês, criado por Alexandre Yersin, enquanto a vacina baseava-se na utilização de células inertes da bactéria, metodologia criada pelos pesquisadores alemãs Gaffky, Pfeiffer, Sticker e Dieudonné. Em 1901 o Instituto se tornou responsabilidade do governo federal e seu nome foi modificado para "Instituto Soroterápico Federal".
Oswaldo Cruz, combates a epidemias e atividades cientificas (1902-1917)
Em dezembro de 1902, Afonso renunciou o posto de diretor administrativo e Oswaldo Cruz assumiu seu lugar, tendo então total controle da coordenação do Instituto. Em seu novo cargo, Cruz implementou um projeto de construção de novos edifícios mais adequados para as atividades de pesquisa. Os edifícios, projetados pelo engenheiro e arquiteto português Luiz Moraes Junior, foram erguidos entre os anos de 1904 e 1922. Este conjunto arquitetônico viria a ser conhecido como Núcleo Arquitetônico Histórico de Manguinhos. Entre as primeiras edificações construídas estão a Cavalariça, onde eram mantidos cavalos para a produção de soros, exceto o antipestoso, e o Pavilhão do Relógio, onde eram realizadas as atividades relacionadas ao bacilo da peste, como a preparação de seu soro e da vacina.
Em 1903, Cruz assume a Diretoria Geral da Saúde Pública, instituição equivalente ao atual Ministério da Saúde. Como primeiro objetivo em seu novo cargo, buscou eliminar as epidemias mais graves que assolavam a capital, incluindo a peste, a varíola e a febre amarela. As primeiras medidas tomadas visavam o controle sanitário destas doenças, através do isolamento de pacientes doentes e do combate aos mosquitos vetores da febre amarela e ratos vetores da peste. O combate aos vetores se dava através de vistorias e desinfecções de casas, muitas vezes realizadas de maneira forçada com apoio policial. Em 31 de outubro de 1904 a vacina contra a varíola, principal forma de combate a doença, tornou-se obrigatória em todo o país. O caráter compulsório destas medidas e a desconfiança quanto a segurança dos soros e vacinas geraram insatisfação entre a população, motivando manifestações e protestos que implodiram na Revolta da Vacina. Apesar dos conflitos, as medidas foram efetivas para o controle das doenças na capital, com o surto de varíola sendo considerado controlado em 1906 e a febre amarela em 1907. A peste foi eliminada da cidade a partir de 1907 e desde então não foram observados novos casos. Em 12 de dezembro de 1907, passou a denominar-se "Instituto de Patologia Experimental de Manguinhos", referência ao nome do bairro carioca onde fica sua sede.
Devido a seus êxitos científicos e estrutura, o Instituto passou a atrair estudantes em busca de estágios ou de orientação para suas teses, então obrigatórias na graduação em medicina. Entre 1901 e 1910 foram produzidas teses de 23 alunos, incluindo Arthur Neiva, Carlos Chagas e Henrique da Rocha Lima. Em 1908 é criado o Curso de Aplicação de Manguinhos, um curso lato sensu com duração de dois anos onde se ensinava métodos de investigação e experimentação cientifica. Estes cursos se tornariam base para o ensino de pós-graduação na instituição e no pais.
Além dos estudos sobre peste e trabalho na produção de soros e vacinas, os alunos e pesquisadores do Instituto também promoveram pesquisas nas áreas de entomologia, bacteriologia, helmintologia, hematologia, imunologia, protozoologia e virologia. Por exemplo, a primeira publicação cientifica produzida pelo Instituto foi a descrição dos mosquitos da espécie Anopheles lutzii,realizada por Cruz em 1901. Esta publicação é considerada o inicio da Coleção Entomológica do Instituto Oswaldo Cruz. Em 1908, Adolfo Lutz foi convidado por Cruz para trabalhar no Instituto. Lutz foi um dois principais responsáveis por expandir a coleção entomológica, em colaboração com Arthur Neiva. Durante esta época o Instituto produziu, além das teses, 120 publicações originais em periódicos nacionais e internacionais.
Este período contou com diversas descobertas relacionadas a doenças infeciosas. Em 1907, Henrique Aragão descreveu o ciclo assexual do protozoario parasita Haemoproteus columbae no endotélio pulmonar de pombos, conhecimentos que futuramente norteariam a descrição deste ciclo na malária aviária e na malária humana. Entre 1906 e 1910, Alcides Godoy desenvolveu a primeira vacina veterinária no pais, que protegia animais de criação contra o carbúnculo sintomático, doença causada pela infecção pela bactéria Clostridium chauvei. Sendo vendida para fazendeiros, a vacina permitiu a arrecadação de fundos além daqueles fornecidos como verba pelo governo. Entre diversos investimentos, esta nova fonte de renda foi utilizada para a criação da revista cientifica produzida pelo próprio Instituto, Memórias do Instituto Oswaldo Cruz. Em 1909 foi publicada a primeira edição do periódico.
O sucesso dos trabalhos realizados no Rio de Janeiro levaram as praticas sanitárias a serem ampliadas para outras regiões do pais. Durante a década de 1910 profissionais do Instituto realizaram diversas expedições para estudar das condições sanitárias e doenças endêmicas que assolavam as áreas rurais das regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste. Foram realizadas expedições para o estados do Amazonas, Bahia, Ceará, Goiás, Maranhão, Paraíba, Pernambuco, Piauí, e Rio Grande do Norte. Estas estiveram ligadas a expansão da malha ferroviária brasileira, como Estrada de Ferro Noroeste do Brasil e a Estrada de Ferro Madeira-Mamoré, assoladas principalmente pela malária.