A Flor do Mar — também referida como Flor de la Mar e Frol de la Mar nas crónicas portuguesas do século XVI — foi uma carraca portuguesa que participou em vários acontecimentos marcantes no oceano Índico até ao seu naufrágio em 1511 no estreito de Malaca. Na ocasião transportava Afonso de Albuquerque, de regresso da conquista de Malaca, com um imenso espólio e tesouros para o rei D. Manuel I de Portugal, que se perderam ao largo da costa da Samatra, tornando-a um dos mais míticos e cobiçados tesouros perdidos da História. O Museu Marítimo de Malaca alberga uma réplica da embarcação.
Construída nos estaleiros da Ribeira das Naus em Lisboa, em 1502, a Flor do Mar foi uma das mais avançadas embarcações da sua época, integrando a Carreira das Índias. Com 400 toneladas, ela era o maior navio do seu tempo, com quase o dobro do tamanho das maiores embarcações que tinham ido em carreiras anteriores.
A Flor do Mar fez a sua primeira viagem de Portugal para a Índia em 1502, sob o comando de Estêvão da Gama, primo de Vasco da Gama. No entanto, na sua viagem de volta, em 1503, sob o comando de João da Nova, sofreu um rombo no casco na zona de Moçambique, e encontrou algumas complicações — uma vez carregada de especiarias, o seu grande tamanho e peso tornavam-na difícil de manobrar, particularmente nas rápidas correntes do Canal de Moçambique e, em especial, ao redor do Cabo Correntes. Testemunha ocular, Tomé Lopes relata os danos no casco do navio, sendo a embarcação forçada a parar para reparações na Ilha de Moçambique por quase dois meses. Chegou a Portugal no final de 1503.
A Flor do Mar voltou a sair noutra Carreira da Índia em março de 1505 sob o comando de João da Nova, como parte da 7.ª frota de 22 navios portugueses da Índia, transportando D. Francisco de Almeida como primeiro vice-rei da Índia portuguesa. Na viagem de regresso em 1506, voltou a deparar-se com dificuldades no Canal de Moçambique. Com a entrada de água, a nau foi forçada a atracar mais uma vez na ilha de Moçambique para reparações demoradas. Desta vez, ficaria retida no canal por cerca de dez meses. João da Nova tentou levá-la para fora repetidamente, mas o navio carregado continuou a apresentar problemas, forçando-o a voltar para a ilha para mais reparações.
O navio e seu capitão frustrado ainda estavam presos em Moçambique quando foram encontrados em fevereiro de 1507 — quase um ano depois da Flor do Mar ter saído da Índia — pela 8.ª armada de saída da Índia sob o comando de Tristão da Cunha. Cunha ordenou que suas tripulações ajudassem a consertar o navio de volta ao mar, descarregando a carga de especiarias do navio para outro transporte com destino a Portugal (sob o comando de António de Saldanha) e rebocando a vazia Flor do Mar.
A Flor do Mar e seu capitão João da Nova participaram da conquista de Socotra por Tristão da Cunha. Na sequência, para surpresa de João da Nova, Cunha ordenou que ela permanecesse no mar da Arábia ocidental, integrado no esquadrão de patrulha de Afonso de Albuquerque.
João da Nova e o navio participaram da conquista de Albuquerque das cidades de Curiate (Kuryat), Muscatem a julho de 1507, Khor Fakkan, (aceitando também a submissão das cidades de Kalhat e Sohar) e Ormuz no mesmo ano. Dois anos depois, na Índia, a nave foi requisitada para servir como nau capitânia de D. Francisco de Almeida no ano de 1509 na batalha de Diu. João da Nova faleceu no mesmo ano em Cochim, e Almeida (terminado o seu mandato como vice-rei das Índias) planeou trazer a Flor do Mar de regresso a Portugal, tomando um cuidado especial para repará-la. Mas o seu sucessor, Afonso de Albuquerque, proibiu-o e manteve o navio na Índia, dando a Francisco de Almeida outro navio.
Sob as ordens de Afonso de Albuquerque, Flor do Mar apoiou a conquista de Goa, em 1510, bem como a conquista de Malaca, em 1511.
Segundo o Livro de Toda a Fazenda, a contabilidade pública de então, em 1505, D. Manuel I encarregou o provedor João Serrão de armar oito grandes naus, seis navetas e oito caravelas, além de outros navios, para formarem a armada do vice-rei D. Francisco de Almeida.
A Flor de La Mar, capitaneada pelo alcaide menor de Lisboa João da Nova, fazia parte com a Bom Jesus, a São Gabriel, a São João, a Espírito Santo, a São Tiago, a Botafogo e a Santa Catarina do lote de 8 naus de 400 toneladas, cuja principal missão era estabelecer o domínio naval português no Índico.
Provavelmente tratava-se da segunda viagem à Índia da nau Flor de La Mar com João da Nova como capitão.
Efetivamente, este galego de nação e fidalgo de Portugal fora capitão-mor da terceira armada enviada por D. Manuel I à Índia. Com três naus, uma delas talvez a Flor de La Mar, apesar da crónica de Damião de Góis não a citar, e uma caravela, João da Nova partiu a 5 de março de 1501 para chegar a Cananor em agosto e receber um primeiro carregamento completado depois em Cochim, onde as naus foram calafetadas, reparadas e breadas. Depois de uma batalha que levou ao naufrágio de três paraus de uma grande frota enviada pelo Samorim, João da Nova regressa a Lisboa, tendo entrado na barra do Tejo a 11 de setembro de 1502.
Na segunda viagem de João da Nova, este recebeu ordens para cruzar entre o cabo Camorim e as ilhas Maldivas, levando também um alvará real de nomeação para capitão-mor da armada da costa da Índia. A armada de D. Francisco de Almeida com a Flor de la Mar largou pois a 5 de março de 1505, dobrou o Cabo da Boa Esperança em fins de junho sem grandes percalços.
Nos primeiros dias de agosto, as principais naus da armada com a “capitania” lançaram ferros frente a Mombaça. O vice-rei mandou o intrépido João da Nova a terra para comunicar com os habitantes. “Estes receberam-no à pedrada” — escreveu Gaspar Pereira, escrivão da armada. João da Nova dispara dois berços de metal que levava no batel, “com que logo na praia pagou o jogo das pedras”. “Olá dos navios! Ide dizer ao vice-rei que venha em terra, que em Mombaça não há de achar as galinhas de Quíloa, mas vinte mil homens que lhe hão de torcer o focinho — diziam os naturais na praia da ilha — continuou Gaspar Correia na sua crónica da viagem.
Na manhã seguinte, 1300 soldados da armada desembarcaram em Mombaça, distribuídos em duas colunas. Depois de uma peleja encarniçada, o xeque de Mombaça pede a paz e a armada zarpou com os presentes do potentado, agradecido por lhe pouparem a vida e não terem destruído a cidade.
A armada chega a Cochim a 1 de novembro, tomando de imediato conhecimento da existência de uma esquadra de 400 navios e 10 mil homens organizada pelo samorim de Calecute para enfrentar as forças do vice-rei.
Os navios do Samorim estavam dispostos em regiões muito próximas da costa, logo D. Francisco de Almeida enviou as caravelas e galés da armada porque as naus não podiam chegar-se tanto a terra.
Numa naveta artilhada, João da Nova comete proezas sem par, juntamente com os navios mais pequenos da armada. “Tudo era fogo, fumo e gritos” — escreve Gaspar Correia. As três bombardas e os seis falcões de cada uma das caravelas fizeram uma razia, opondo-se com a sua superioridade aos pelouros e flechas dos mouros.