A Estrada de Ferro Araraquara foi uma companhia ferroviária, inicialmente privada que seria estatizada posteriormente pelo estado de São Paulo. Permaneceu em atividade de novembro de 1896 até outubro de 1971, quando foi extinta e incorporada à FEPASA - Ferrovia Paulista S/A.
Acompanhando a expansão cafeeira em fins do século XIX pela região da Araraquarense, os fazendeiros daquela região objetivando o escoamento do produto fizeram construir uma nova estrada – a Estrada de Ferro Araraquarense.
A Companhia Paulista de Estradas de Ferro, que naquela época era detentora de toda a concessão na região da Araraquarense, por direito herdado da "Estrada de Ferro Rio Claro a São Carlos e Araraquara", deu a necessária licença para a construção de uma nova estrada, ligando Araraquara a Ribeirãozinho (hoje Taquaritinga).
A construção foi autorizada pelo presidente do estado, Bernardino de Campos em ofício datado de 12 de agosto de 1895 e posterior decreto. Com um capital de dois mil contos de réis, coube a Carlos Batista de Magalhães encabeçar a primeira diretoria da empresa e ao engenheiro Antônio Manuel Buenos de Andrade a realização dos estudos do traçado.
Mesmo com a crise financeira do fim do século XIX, ocorrida pela depreciação do café, a obra continuou sendo inaugurada em 9 de novembro de 1896.
Apesar de todas as dificuldades financeiras da época, a estrada conseguiu chegar até Ribeirãozinho e daí até São José do Rio Preto em 1906.
Em 8 de fevereiro de 1916 o acervo da estrada passa para as mãos de estrangeiros, que mudam a razão social para The São Paulo Northern Railroad Company. Sob a administração estrangeira, que dizia ter sede em Delaware, nos EUA., ocorreria a pior crise da empresa, pois, por um bom período nada se investiu na ferrovia e nem houve conservação da malha.
Somente em 1939 por iniciativa do interventor Dr. Adhemar Pereira de Barros, os trilhos foram prolongados de Mirassol até a divisa com o Mato Grosso do Sul, o que gerou o nascimentos das cidades da chamada Alta Araraquarense.
Em 16 de maio de 1909 realizou-se uma assembléia dos acionistas e foi eleita uma nova diretoria. O Sr. Álvaro de Menezes assumiu o cargo de presidente da ferrovia.
Empreendendo uma administração aparentemente arrojada, o novo presidente tomou vultosos empréstimos no exterior e comprou algum material rodante com os recursos assim obtidos. Mas logo tornou-se evidente que as receitas da companhia não conseguiriam arcar com o pagamento dos juros dos empréstimos contraídos.
Além disso, a administração arrojada revelou-se, na realidade, uma grande farsa, que terminou por levar a EFA e suas coligadas Estrada de Ferro do Dourado e a Estrada de Ferro São Paulo — Goyaz, à falência.
Em 5 de março de 1914 a EFA teve sua falência requerida por José de Sampaio Moreira. Nessa data tinha um passivo de empréstimos internacionais de £ 1,5 milhão e de 13 mil contos em obrigações no Brasil.
Decretada sua falência, foram nomeados síndicos da massa falida Roberto Róte, a Banca Francese e Italiana per L’America de Sud e Francisco Sampaio Moreira.
Ao analisar a contabilidade da ferrovia, os liquidantes se depararam com um verdadeiro caos administrativo, tendo reportado: A escrituração da sociedade é o que há de mais sem método e irregular… (relatório dos síndicos da massa falida).
A empresa não apresentou qualquer balanço em 1910, 1911 e 1912, o que deixava seus acionistas totalmente no escuro.
Posta em leilão, a massa falida recebeu quatro propostas. Foi aceita a proposta da The São Paulo Northern Railroad Co., através de seu representante legal Paul Deleuse. Propunha a troca das debêntures por ações, com direito a juros de 5% a.a.. Os credores receberiam seus créditos em ações de 200$000 cada, sem direito a juros.A transação foi lavrada no tabelião Gabriel Veiga, em São Paulo, em 8 de fevereiro de 1916.
Só depois de aceita a proposta da The São Paulo Northern Railroad Co é que se viria a ficar sabendo que esta misteriosa empresa havia sido criada especialmente para participar da concorrência na compra da massa falida da EFA e que, estranhamente, tinha sua sede instalada na cidade de Wilmington, no estado de Delawere — EUA. Só havia sido autorizada a funcionar no Brasil no dia 2 de fevereiro de 1916, através do decreto federal nº 11.930, poucos dias antes de assumir o controle da ferrovia.
Suspeita-se que a administração Deleuse seria apenas uma fachada dos banqueiros L. Beherens & Scehe e que não tinha o menor interesse em recuperar a ferrovia. O escritório da estrada de ferro foi transferido de para a cidade de Niterói, no Rio de Janeiro.