Emmanuel Kiwanuka Nsubuga (Kisule, Uganda, 5 de novembro de 1914 - Colônia, Alemanha, 20 de abril de 1991) foi o primeiro arcebispo da Arquidiocese de Campala de 1966 a 1990 e um cardeal de 1976 até sua morte. Ele era um adversário dos abusos dos direitos humanos da ditadura militar de Idi Amin.
Durante o governo de Amin, o cardeal Nsubuga falou contra os abusos dos direitos humanos do governo. Ele também incentivou padres e freiras em todo o país a abrigar pessoas que fugiam do assédio do exército durante a guerra civil que mais tarde se alastrou durante o governo de Milton Obote.
Ele nasceu em Kisule, Uganda, em 5 de novembro de 1914.
Ele foi ordenado sacerdote em 15 de dezembro de 1946.
Foi vigário-geral da Arquidiocese de Campala de 1961 a 1966; em 1966, foi também vigário capitular, até sua eleição como arcebispo de Campala em 5 de agosto do mesmo ano. Em 30 de outubro, foi consagrado bispo pelo Cardeal Laurean Rugambwa.
De 1967 a 1975, ele foi presidente da Conferência Episcopal de Uganda.
O Papa Paulo VI o elevou ao posto de cardeal no consistório de 24 de maio de 1976, tornando-o o primeiro cardeal ugandense. Recebeu o título de Santa Maria Nuova. Participou dos dois conclaves de 1978, que resultaram na eleição de João Paulo I e João Paulo II.
Ele renunciou ao governo pastoral da arquidiocese em 8 de fevereiro de 1990, por ter atingido o limite de idade.
Ele faleceu em 20 de abril de 1991, aos 76 anos, e está sepultado na Catedral de Campala.