Carlota Joana de Waldeck-Wildungen (em alemão: Charlotte Johanna; Arolsen, 13 de dezembro de 1664 — Hildburghausen, 1 de fevereiro de 1699) foi uma filha do conde Josias II de Waldeck-Wildungen e da sua esposa, Guilhermina Cristina, filha do conde Guilherme de Nassau-Hilchenbach.
A 2 de dezembro de 1690, em Maastricht, Carlota Joana casou-se com o duque João Ernesto IV de Saxe-Coburgo-Saalfeld. Juntos tiveram oito filhos:
Guilherme Frederico de Saxe-Coburgo-Saalfeld (16 de agosto de 1691 – 28 de julho de 1720), morreu aos vinte-e-oito anos de idade solteiro e sem descendência;
Carlos Ernesto de Saxe-Coburgo-Saalfeld (12 de setembro de 1692 – 30 de dezembro de 1720), morreu aos vinte-e-oito anos de idade, solteiro e sem descendência;
Sofia Guilhermina de Saxe-Coburgo-Saalfeld (9 de agosto de 1693 – 4 de dezembro de 1727), casada com o príncipe Frederico António de Schwarzburg-Rudolstadt; com descendência;
Henriqueta Albertina de Saxe-Coburgo-Saalfeld (8 de julho de 1694 – 1 de abril de 1695), morreu aos oito meses de idade;
Luísa Emília de Saxe-Coburgo-Saalfeld (24 de agosto de 1695 – 21 de agosto de 1713), morreu aos dezassete anos de idade, solteira e sem descendência;
Carlota de Saxe-Coburgo-Saalfeld (30 de outubro de 1696 – 2 de novembro de 1696), morreu com três dias de idade;
Francisco Josias de Saxe-Coburgo-Saalfeld (25 de setembro de 1697 – 16 de setembro de 1764), casado com a princesa Ana Sofia de Schwarzburg-Rudolstadt; com descendência;
Henriqueta Albertina de Saxe-Coburgo-Saalfeld (20 de novembro de 1698 – 5 de fevereiro de 1728), morreu aos vinte-e-nove anos de idade, solteira e sem descendência.
Através de Francisco Josias, Carlota Joana era antepassada do rei Leopoldo I da Bélgica e da rainha Vitória do Reino Unido.