1564 (MDLXIV, na numeração romana) foi um ano bissexto do século XVI do Calendário Juliano, da Era de Cristo, e as suas letras dominicais foram B e A (52 semanas), teve início a um sábado e terminou a um domingo.
Fundação da localidade das Lajes, ilha Terceira, Açores.
Fundação da Igreja de São Miguel Arcanjo, Lajes, ilha Terceira, Açores.
13 de Fevereiro - Erupção vulcânica na Lagoa do Fogo, ilha de São Miguel, Açores, esta erupção foi de curta duração, não tendo causado estragos. Provavelmente terá sido uma manifestação freato-vulcânica.
15 de Fevereiro - Galileu Galilei, matemático e físico italiano. (m. 1642).
26 de fevereiro - Christopher Marlowe, dramaturgo, poeta e tradutor inglês (m. 1593).
25 de Abril - William Shakespeare, dramaturgo e poeta inglês (m. 1616).
12 de Junho - João Casimiro, Duque de Saxe-Coburgo, primeiro duque de Saxe-Coburgo (m. 1633)
2 de Agosto - Petrus Pavius, médico e botânico holandês (m. 1617).
10 de setembro - Hernando Arias de Saavedra, militar e político (m. 1634).
18 de Fevereiro - Michelangelo, escultor. (n. 1475)
25 de Julho - Fernando I de Habsburgo, Imperador do Sacro Império Romano-Germânico
15 de Outubro - Andreas Vesalius, médico, professor de anatomia. (n. 1513 ou 1514)
18 de Outubro - Johannes Acronius Frisius, foi humanista, médico, astrônomo, matemático e erudito holandês (n. 1520).