Étienne Émile Marie Boutroux (Montrouge, 28 de julho de 1845 – Paris, 22 de novembro de 1921) foi um filósofo e historiador da filosofia francês.
Após obter um doutorado em filosofia em 1874, Émile Boutroux passa a ministrar aulas de filosofia na Universidade de Montpellier, em seguida na Universidade de Nancy e na École Normale Supérieure em 1878 e, finalmente, na Sorbonne, a partir de 1885.
Em 1898 foi eleito membro da Academia das Ciências Morais e Políticas e da Academia Francesa de Letras (cadeira n.º 32), em 1912.
Em 1900 discursou na abertura do Congresso Internacional de Filosofia, realizado em Paris.
Dentre seus alunos se destacam Henri Bergson e Emile Durkheim. Boutroux casou-se com Alice Poincaré, irmã do matemático Henri Poincaré, e teve como filho o também matemático Pierre Boutroux.
De la contingence des lois de la nature (sustentação de tese, 1874)
La Grèce vaincue et les premiers stoïciens (1875)
La Philosophie des Grecs, de E. Zeller (tradução, 1877-1884)
La Monadologie, de Leibnitz (tradução, 1881)
Socrate, fondateur de la science morale (1883)
Les Nouveaux Essais, de Leibnitz (tradução, 1886)
Questions de morale et d'éducation (1895)
De l'idée de loi naturelle dans la science et la philosophie (1895)
Études d'histoire de la philosophie (1897)
Du devoir militaire à travers les âges (1899)
Essais d’histoire de la philosophie (1901)
La Philosophie de Fichte. Psychologie du mysticisme (1902)
Science et religion dans la philosophie contemporaine (1908)