Avant les douze coups de minuit du 14 juin 1940, l'Union soviétique lança un ultimatum à la Lituanie. Les Soviétiques, en utilisant un prétexte formel, exigèrent qu’il soit permis à un nombre indéterminé de soldats soviétiques d’entrer sur le territoire lituanien et de former un nouveau gouvernement pro-soviétique (plus tard connu comme le « gouvernement populaire »). L'ultimatum et incorporation ultérieure de la Lituanie dans l’Union soviétique trouvaient son origine dans le pacte Molotov-Ribbentrop d’août 1939 qui divisait l'Europe de l'Est en deux sphères d'influence, une allemande et une russe. La Lituanie, avec la Lettonie et l'Estonie, tomba dans la sphère russe. Selon le traité d'assistance mutuelle soviéto-lituanien (en) d’octobre 1939, la Lituanie acceptait de permettre à quelque 20 000 soldats soviétiques de stationner sur plusieurs bases situées en Lituanie en échange d'une partie de la région de Vilnius. D’autres actions soviétiques, afin d’établir sa domination dans sa sphère d'influence, furent retardées par la guerre d'Hiver avec la Finlande et reprirent au printemps 1940, alors que l'Allemagne faisait de rapides progrès en Europe occidentale. Malgré la menace envers son indépendance, les autorités lituaniennes firent peu de choses pour se préparer aux imprévus et n'étaient pas préparées à l'ultimatum.
Avec des troupes soviétiques déjà stationnées dans le pays, selon le traité d'assistance mutuelle, il était impossible de mettre sur pied une résistance militaire efficace. Le 15 juin, la Lituanie accepta inconditionnellement l'ultimatum et perdit son indépendance. Les Soviétiques cherchèrent à montrer au monde que ce n'était pas une occupation militaire et une annexion, mais une révolution socialiste légitime, initiée par la population locale qui exigeait de se joindre à l'Union soviétique. En conséquence, les Soviétiques suivirent des procédures semi-légales : ils prirent le contrôle des institutions gouvernementales, installèrent un nouveau gouvernement fantoche et organisèrent des élections de façade (en) pour élire le Seimas populaire (en). Au cours de sa première session, le Seimas proclama la création de la République socialiste soviétique de Lituanie et demanda à être admis dans l'Union soviétique. La pétition fut officiellement acceptée par le Soviet suprême de l'Union soviétique, le 3 août 1940. Dans le même temps des processus presque identiques eurent lieu en Lettonie et en Estonie. La Lituanie ne devait pas regagner son indépendance jusqu'à la proclamation de l'Acte de rétablissement de l'État lituanien le 11 mars 1990.
Les États baltes de Lituanie, de Lettonie, d’Estonie faisaient partie de l'Empire russe au cours du XIXe siècle. Elles parvinrent à l'indépendance, à la suite de la Première Guerre mondiale. La montée de l'Allemagne nazie dans les années 1930 créa chez les Russes la crainte d'une invasion allemande. L'Union soviétique signa le pacte Molotov-Ribbentrop avec l'Allemagne en août 1939, en partie, en espérant retarder cette éventualité. L’Allemagne avait depuis peu initié la Seconde Guerre mondiale en envahissant la Pologne le 1er septembre. Les protocoles secrets du pacte, qui furent renforcées par le traité germano-soviétique d'amitié, de coopération et de démarcation du 28 septembre, répartissaient de grandes parties de l'Europe du Nord-Est entre les deux puissances, et affectaient la Lituanie à la sphère d'influence soviétique. Une délégation lituanienne fut invitée à Moscou, où elle signa le traité d'assistance mutuelle sovieto-lituanien (en) le 10 octobre 1939. Selon le traité, l'Union soviétique cédait une partie de la région de Vilnius, y compris l'importante ville de Vilnius, qu'elle avait acquise au cours de l'invasion de la Pologne, à la Lituanie en échange du droit de stationner jusqu’à 20 000 (la négociation initiale faisait état de 50 000) soldats soviétiques en Lituanie de façon permanente. Des sources soviétiques officielles (en) affirmaient que la présence de l'armée soviétique était nécessaire pour renforcer les défenses d'une nation faible contre une attaque possible de l'Allemagne nazie. En réalité, c’était la première étape vers l'occupation éventuelle de la Lituanie et fut décrite par le New York Times comme un « sacrifice virtuel de l'indépendance ».
Malgré les pactes, les craintes de l'Union soviétique perdurèrent. Selon une position établie de longue date par les théoriciens militaires russes, le contrôle de la mer Baltique était crucial pour la défense de Saint-Pétersbourg, la deuxième plus grande ville de Russie et les États baltes offraient une zone tampon entre la Russie et l'Allemagne. Suivant cette stratégie, l'Union soviétique commença la guerre d'Hiver en Finlande après que ce pays eut rejeté un traité d'assistance mutuelle avec l’Union soviétique. Staline était énervé par les succès allemands en Europe, car ils avaient envahi le Danemark, la Norvège, les Pays-Bas, la Belgique, le Luxembourg au printemps de 1940. Selon Nikita Khrouchtchev, après la chute de la France en mai, Joseph Staline exprima sa préoccupation qu’Adolf Hitler voudrait maintenant s’occuper de l’URSS.
La situation politique en Lituanie, cependant, resta stable entre octobre 1939 et mars 1940. Les Soviétiques ne s'immiscèrent pas dans les affaires intérieures de la Lituanie et les soldats russes se comportaient bien dans leurs bases. Le 29 mars 1940, le ministre des Affaires étrangères Viatcheslav Molotov prononça un discours devant le Soviet suprême de l'Union soviétique exprimant sa satisfaction quant à l'exécution des traités d'assistance mutuelle avec la Lituanie, la Lettonie et l'Estonie. Tandis que des politiciens lituaniens saluaient publiquement l'Union soviétique pour sa générosité et vantaient « l'amitié soviéto-lituanienne traditionnelle », en privé, ils avaient compris que ce traité était une grave menace pour l'indépendance lituanienne. L'attitude populaire se reflétait par le slogan « Vilnius – mūsų, Lietuva – rusų » (« Vilnius est nôtre, mais la Lituanie fait partie de la Russie »).
Le gouvernement lituanien débattait de ses options et discutait de la possibilité d’une occupation depuis novembre 1939. À cette époque, la Lituanie chargea Stasys Lozoraitis (en), Petras Klimas et Bronius Kazys Balutis (en) de préparer un mémorandum contenant des plans d'urgence. Ils conseillèrent le renforcement de l'armée, le transfert de fonds à l'étranger, le renforcement de l’Entente baltique de 1934 avec la Lettonie et l'Estonie, et d'enquêter sur l'établissement d'un gouvernement en exil. Bien que plusieurs résolutions aient été transmises, rien de tangible ne fut accompli. Pendant l'hiver 1940, les pays de l'Entente baltique discutèrent d’une plus grande coopération. Conscient de leur situation, les trois gouvernements rédigèrent leurs communications avec soin, mais les pourparlers seraient utilisés comme preuve que la Lituanie conspirait avec la Lettonie et l'Estonie en violation du traité d'assistance mutuelle.
Les tensions entre l'Union soviétique et la Lituanie s’accrurent avec les succès de l'Allemagne. À la mi-mars 1940, la guerre d'Hiver avec la Finlande était terminée et les Soviétiques pouvaient concentrer leur attention sur la prise de contrôle des États baltes. En avril, après que l'Allemagne eut occupé le Danemark, un envoyé lituanien à Moscou rapporta une hostilité croissante de diplomates russes. Au mois de mai, alors que la bataille de France battait son plein, les Soviétiques intensifièrent leur pression rhétorique et diplomatique. Le 16 mai, peu après l'invasion allemande du Luxembourg, de la Belgique et des Pays-Bas, le journal officiel soviétique Izvestia publia un article avertissant qu'il était naïf pour un petit pays d’opter pour la voie de la neutralité tandis que des géants se battaient pour leur survie. Entre le 18 mai et le 25 mai, des soldats russes déplacèrent du matériel militaire de Vilnius à Gaižiūnai, un endroit beaucoup plus proche du siège du gouvernement à Kaunas. La proximité de l'action eut un poids symbolique.