Le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) est une maladie infectieuse des poumons (pneumonie aiguë) due à un coronavirus, le SARS-CoV, apparu pour la première fois en Chine en novembre 2002, qui a provoqué une épidémie à partir de mai 2003 dans 29 pays, infecté plus de 8 000 personnes et causé la mort de 916 personnes. La maladie s'est manifestée jusqu'en mai 2004. En 2003, le virus apparaît à Hanoï, au Viêt Nam, véhiculé par un homme d'affaires chinois qui avait croisé le patient zéro de Hong Kong. Il est admis à l'Hôpital français de Hanoï le 26 février, où il infecte au moins 38 membres du personnel. Il est évacué à Hong Kong, où il meurt le 13 mars. Un spécialiste des maladies infectieuses de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), Carlo Urbani, examine le patient et observe la très grande contagiosité, la nouveauté et la dangerosité de la maladie. Il avertit immédiatement l'OMS, qui déclenche en retour une réponse efficace. Il est lui-même infecté et meurt le 29 mars.
L'identification du virus a été assez rapide (quelques mois contre plusieurs années pour le VIH dans les années 1980), 11 laboratoires ayant été mobilisés par l'OMS. Le virus responsable du syndrome respiratoire aigu sévère, SARS-CoV, appartient à la famille des Coronaviridæ, au genre des Coronavirus.
La rapidité de l'identification de ce virus peut (entre autres) s'expliquer par le fait que ce virus a été classé de niveau 3+, qui n'existe pas dans la classification des dangers biologiques : le virus est soit niveau 3, soit niveau 4. La raison de ce choix réside dans le fait que seuls quelques laboratoires dans le monde sont assez sophistiqués pour travailler sur des virus de niveau 4 en toute sécurité. Si ces laboratoires avaient été les seuls à chercher la classification du virus, aucun antiviral n'aurait sûrement été trouvé aussi rapidement. C'est pourquoi l'OMS a décidé de classer ce virus niveau 3+, afin qu'un maximum d'équipes de chercheurs puissent travailler dessus. Cela aurait pu être très dangereux, mais le pari a été gagné puisque ce virus a été « contrôlé » en un temps record.
Les coronavirus sont des virus enveloppés à ARN simple brin de polarité positive. En microscopie électronique, les particules virales présentent des protubérances de surface leur donnant un aspect « en couronne » (corona, en latin) qui a servi à la dénomination de ces virus. La classification en coronavirus résulte de tests de réaction sérologique et d'analyses des séquences génomiques. La famille des Coronaviridæ est divisée en trois groupes : le groupe 1 (coronavirus canin, coronavirus félin entérique FECV et de la péritonite infectieuse féline FIPV, virus de la gastroentérite transmissible du porc et virus respiratoires porcins), et le groupe 2 (coronavirus bovin, virus des hépatites murines, virus de la silodacryonite du rat et coronavirus humain OC43) comprennent les virus infectant des mammifères. Le groupe 3 est constitué de virus réputés exclusivement aviaires (virus de la bronchite infectieuse aviaire, coronavirus du dindon).
Le diagnostic d’une infection par le SARS-CoV repose sur l’examen clinique, les signes radiologiques et le fait d'avoir voyagé dans un pays où le virus a été détecté.
Les signes initiaux de l’infection ne sont pas spécifiques et ce diagnostic reste un diagnostic d’exclusion. Le symptôme le plus habituel du syndrome respiratoire aigu sévère est une fièvre supérieure à 38 °C apparaissant assez brutalement après une période d’incubation de deux à dix jours. Cependant, cette fièvre peut être absente au début de la maladie ou chez des patients porteurs d’une autre pathologie altérant les réactions fébriles. La fièvre peut être associée à des frissons, myalgies, malaise général, céphalées. La symptomatologie initiale ressemble surtout à un tableau de pneumopathie atypique. Une toux productive, une dysphagie douloureuse, des nausées et vomissements sont plus rares. La diarrhée a été un symptôme fréquent dans un foyer épidémiologique rapporté à Hong Kong mais semble rare dans les autres groupes qui ont été décrits. L’auscultation pulmonaire peut trouver des râles inspiratoires au niveau des bases mais il n’existe habituellement pas de sibilance.
De nombreux tableaux atypiques ont été décrits : patients apyrétiques, patients avec une diarrhée mais sans signe pulmonaire… Ces formes atypiques constituent une menace pour les malades, le personnel hospitalier et les proches. L’OMS a donc défini précisément les critères de cas probable de syndrome respiratoire aigu sévère : une fièvre supérieure à 38 °C associée à des signes d’atteinte respiratoire basse (toux, dyspnée, gêne respiratoire, etc.) survenant chez une personne en provenance d’un pays ou d’une zone où une transmission active du SARS-CoV a été décrite ou chez une personne travaillant (ou ayant travaillé) dans un laboratoire manipulant (ou ayant manipulé) du SARS-CoV (quelle que soit sa localisation géographique).
Sur le plan biologique, de nombreuses anomalies hématologiques ont été rapportées au cours de l’évolution de la maladie. Une lymphopénie est présente chez 98 % des patients avec les taux les plus bas observés au cours de la deuxième semaine d’évolution et une normalisation au cours de la troisième semaine. Cependant, dans 30 % des cas, la lymphopénie persistait à la cinquième semaine d’évolution. À la phase initiale de la maladie, les taux de CD4 et CD8 pouvaient être abaissés. Selon certaines études, des taux bas de CD4 et CD8 seraient un facteur de mauvais pronostic. Une leucopénie transitoire a été rapportée chez 64 % des patients au cours de la première semaine de la maladie. Cependant, chez 61 % des malades, une leucocytose était retrouvée au cours des deuxième et troisième semaines d’évolution. Une neutrophilie est observée[réf. nécessaire] dans 82 % des cas, probablement liée au traitement par corticoïdes. Une thrombocytopénie relative spontanément résolutive a été retrouvée chez 55 % des patients. Aucune hémorragie grave n’a été observée. Le reste du bilan biologique montre une élévation des LDH, des ASAT et ALAT et de la créatine kinase. Les taux élevés de LDH et de transaminases peuvent être secondaires au traitement par la ribavirine. Cependant, dans certaines études, le taux élevé de LDH est rapporté comme étant un facteur de mauvais pronostic. Enfin, les D-dimères peuvent être élevés et le TCA allongé chez un nombre important de patients.
L’imagerie radiologique occupe une place importante dans le diagnostic initial de syndrome respiratoire aigu sévère puis dans le suivi de l’efficacité du traitement. Les images les plus typiques comportent une localisation périphérique prédominante, des opacités alvéolaires unilatérales et focales progressant sous traitement vers une atteinte unilatérale multifocale ou bilatérale. Il n’existe ni excavation, ni adénopathie, ni épanchement pleural. Le scanner thoracique est un examen complémentaire qui permet en général de préciser les signes de pneumopathie sévère.
Actuellement[Quand ?], le diagnostic de syndrome respiratoire aigu sévère ne peut être posé qu’après avoir éliminé les autres causes de pneumonie grâce aux méthodes directes de recherche des agents habituellement responsables de pneumonie. Rétrospectivement, le diagnostic sérologique peut éventuellement permettre de reconsidérer certains cas difficiles. En 2004, différentes méthodes virologiques de diagnostic du SRAS avaient été validées par l’OMS. Depuis, les laboratoires pharmaceutiques ont développé d’autres tests ou ont affiné la sensibilité et la spécificité de tests existants, mais en l’absence de résurgence épidémique, ces tests n’ont pas été validés pour une infection par le SARS-CoV. Les outils diagnostiques qui décrits ici sont ceux qui avaient été validés par l’OMS.
Le diagnostic virologique repose sur la mise en évidence du virus SARS-CoV à partir de prélèvements nasaux, pharyngés, d’expectorations, d’aspirations endo-trachéales, de sang, de selles ou d’urines par RT-PCR ou culture virale. L’excrétion du virus SARS-CoV est assez faible au début de la maladie, elle est maximale environ 10 jours après le début des signes cliniques. Le virus est alors retrouvé dans les sécrétions respiratoires et dans les selles. Une étude portant sur l’utilité clinique des différents tests diagnostiques a montré que l’ARN du SARS-CoV était détecté par RT-PCR dans les sécrétions naso-pharyngée chez seulement 32 % des patients à la phase initiale et dans 68 % des cas 14 jours après le début des signes cliniques (Peiris, Lancet 2003). Une analyse quantitative a montré que la charge virale atteint son maximum 10 jours après le début des signes cliniques. L’ARN viral est détecté dans les selles chez 98 % des patients plus tardivement au cours de la maladie (vers le 14e jour) et dans les urines après le 15e jour. Les tests de RT-PCR restent actuellement assez peu sensibles et il est fortement conseillé de multiplier les examens d’échantillons naso-pharyngés pour améliorer la valeur prédictive du test. Un test de RT-PCR négatif n’exclut pas le diagnostic de SRAS : les échantillons peuvent avoir été prélevés à un moment où la charge virale était trop faible pour être détectée par les tests de laboratoires disponibles.