La seconde intifada ou Intifada al-Aqsa (arabe : الإنتفاضة الفلسطينية الثانية ou إنتفاضة الأقصى) désigne la période de violence israélo-palestinienne à partir de septembre 2000 jusqu'à environ février 2005. Les événements sont décrits par Israël comme une campagne de terrorisme palestinien, tandis qu'ils sont décrits par les Palestiniens comme une révolte contre l'occupation et la colonisation.
Le début de la seconde intifada est marqué par la visite d'Ariel Sharon, le chef de l'opposition israélienne sur l'esplanade des Mosquées et le mont du Temple, le 28 septembre 2000 et la mort de Mohammed al-Dura deux jours plus tard. Elle se marque par des émeutes palestiniennes dans les territoires occupés auxquelles se joint la population palestinienne de nationalité israélienne. Elle est immédiatement réprimée par l'armée israélienne. Après quinze jours, on compte plus de 100 morts palestiniens et vingt-quatre israéliens (dix Juifs, ainsi que quatorze Arabes israéliens tués par la police israélienne). Le 30 octobre, la violence grimpe d'un cran quand le Hamas et le Jihad islamique lancent une campagne d'attentats-suicides contre les centres urbains israéliens, avec plus d'une quarantaine d'attentats perpétrés jusqu'à la fin de l'année 2001.
Israël lance l'opération Rempart en avril 2002, marquée par la bataille de Jénine et la construction d'un mur de séparation israélienne. Suivront également plusieurs opérations militaires dont l'opération Arc-en-ciel (mai 2004), l'opération Pluies d'été (juin 2006), l'opération Plomb durci (nouvel an 2009) suivie par la guerre de Gaza.
Certains auteurs considèrent que le soulèvement prend fin en 2003 avec l'amorce de la feuille de route pour la paix du Quartet pour le Moyen-Orient, l'accord sur une trêve avec Israël entre les différentes factions palestiniennes, et le début des pourparlers de paix entre Ariel Sharon et Mahmoud Abbas. D'autres auteurs considèrent qu'elle prend fin avec le cessez-le-feu observé par le Hamas, conséquence de mesures politiques et diplomatiques pour certains, ou de la force de dissuasion des assassinats ciblés pour d'autres. Marquée notamment par la rencontre de Charm-el-Cheikh entre Sharon et Abbas (8 février 2005), et le désengagement unilatéral israélien de Gaza, l'année 2005 est une autre date communément admise pour le terme de ces événements. Enfin, certains politologues considèrent que les moyens d'actions ont changé, mais que la seconde Intifada se poursuit jusqu'à nos jours avec les attaques à la roquette contre Israël.
Processus de paix israélo-palestinien dans l'impasse ;
Poursuite de la colonisation des territoires palestiniens occupés ;
Retrait israélien du Liban-Sud interprété par certains comme un succès de la résistance armée du Hezbollah ;
Luttes d'influence entre les factions palestiniennes du Fatah et du Hamas ;
Désaccord d'une partie de la population israélienne avec les concessions proposées par le gouvernement en place lors des sommets de Camp David II (juillet 2000) puis de Taba (janvier 2001).
Le 28 septembre 2000, Ariel Sharon, parlementaire et membre du Likoud (à l'époque dans l'opposition politique au gouvernement de Ehud Barak), fait une visite sous haute sécurité sur l'esplanade des mosquées à Jérusalem-Est. Cette visite est interprétée comme une provocation par les Palestiniens et la population arabe.
La veille, Yasser Arafat, invité à diner par Ehud Barak à son domicile, s'entretient avec le Premier ministre israélien. Il s'agit de la première rencontre entre les deux dirigeants depuis le sommet de Camp David II, deux mois auparavant. Le statut de l'esplanade des mosquées et du mont du temple occupe l'essentiel de la conversation. Arafat demande à Ehud Barak d'interdire la visite car il s'agit selon lui d'une provocation susceptible d'accroître les tensions entre les deux peuples et qui risque de provoquer de nouvelles émeutes. Le général Amos Guilad, chef du renseignement israélien, et Yehouda Wilk, inspecteur général de la police, partagent ses craintes. Barak répond à Arafat qu'il ne peut pas s'opposer à la volonté d'un membre de la Knesset de se rendre sur l'endroit.
Le Jerusalem Center for Public Affairs, un groupe israélien néo-conservateur, conteste le lien entre le déplacement d'Ariel Sharon et le déclenchement de la seconde Intifada et accuse Yasser Arafat d'avoir planifié le soulèvement depuis l'échec du sommet de Camp David II à l'été 2000. D'autres analystes excluent le caractère prémédité du soulèvement et pensent au contraire qu'Arafat n'a fait que prendre en marche le train de l'Intifada.
Le rapport Mitchell du Sénat américain estime pour sa part que les émeutes ne sont pas la conséquence de la visite d'Ariel Sharon, bien que son « effet provocateur » aurait dû être prévu. Selon la même Commission, le Premier ministre Ehud Barak déclare que la visite « était destinée à être un acte de politique intérieure dirigé contre lui par un adversaire politique et qu'il a refusé de l'interdire ». Elle indique par ailleurs ne pas penser « qu'il y avait un plan délibéré de l'Autorité palestinienne de lancer une campagne de violences à la première occasion ».
Le 28 septembre 2000, alors que le processus de paix israélo-palestinien, relancé vainement par le deuxième sommet de Camp David, est dans l'impasse, la visite d’Ariel Sharon sur l'esplanade des Mosquées provoque la colère des Palestiniens. Les manifestations qui s'ensuivent sont fortement réprimées : trois jours plus tard, on compte quinze morts et trois cents blessés parmi les Palestiniens. Le 30 septembre, les médias rapportent la mort de Mohammed al-Durah qui devient une « figure symbolique de l'intifada ». Les violences s'amplifient et au 10 octobre, on compte quatre-vingt-dix morts et deux mille blessés parmi les Palestiniens ainsi que 14 Arabes israéliens (en) tués lors de manifestations de soutien. Le 12 octobre, 2 réservistes israéliens sont lynchés à Ramallah par la foule.
146 attentats-suicides ciblant principalement des civils sont perpétrés en Israël peu après le déclenchement de l'Intifada en 2000.
Le 1er juin 2001, un attentat est commis dans une discothèque à Tel-Aviv faisant 21 victimes et 120 blessés, principalement des adolescents. Cet attentat marque très durablement les esprits en Israël. Cet attentat est une des raisons invoquées par le gouvernement israélien pour la construction d'un mur de séparation ou clôture de sécurité majoritairement soutenu par la population israélienne[réf. nécessaire]. Bien que validé en tant que mesure de sécurité provisoire par la Cour suprême d'Israël, l'ONU vote une résolution en sa défaveur (par 90 États pour sur 181) et demande à Israël son démantèlement[réf. nécessaire].
En 2002, l'attentat de l'hôtel Park de Netanya, qui fait 29 victimes civiles, pousse le gouvernement israélien à lancer l'opération Rempart qui avait pour objectif une réoccupation partielle des territoires autonomes sous contrôle direct de l'autorité palestinienne afin de stopper les attentats.
Les Palestiniens s'en prennent également aux civils israéliens dans les territoires occupés (la Cisjordanie et Gaza) en tendant des embuscades meurtrières aux Israéliens. Marouan Barghouti s'impose comme « un vrai chef de guerre ». Son rôle dans la campagne d'attentats-suicides contre Israël fera de lui l'un des Palestiniens les plus recherchés par les forces de sécurité israéliennes. Le 15 avril 2002, Israël capture Barghouti. Il sera inculpé par un tribunal civil pour meurtres et tentatives de meurtres dans une entreprise terroriste sous son commandement.