Rouhollah Moussavi Khomeini (en persan : روح الله موسوی خمینی), parfois transcrit Khomeiny ou Khomeyni, né le 17 mai 1900 à Khomein (Perse) et mort le 3 juin 1989 à Téhéran (république islamique d'Iran), est un ayatollah, révolutionnaire et homme d'État iranien.
Expulsé d'Iran en raison de son opposition au shah Mohammad Reza Pahlavi, il s'exile en Irak puis en France, à Neauphle-le-Château. À la suite de la révolution islamique de 1979, il fonde la république islamique d'Iran dont il devient le Guide suprême.
Il met en place une théocratie chiite, caractérisée par un régime autoritaire et d'importantes restrictions des libertés individuelles. Son passage au pouvoir est marqué par la prise d’otages à l’ambassade américaine de Téhéran, la guerre Iran-Irak, et le massacre des prisonniers politiques iraniens de 1988.
Son idéologie, le khomeinisme, a inspiré l'islamisme chiite au Moyen-Orient. Revendiquant une ascendance alide par Moussa al-Kazim, il est également considéré comme marja par de nombreux chiites après la mort de l'ayatollah Hossein Tabatabai Boroudjerdi.
Khomeini naît dans la ville de Khomein sous le nom de Rouhollah Moussavi (en persan : روح الله موسوی) en 1900 dans une famille chiite très croyante. Son turban noir indique qu'il est un seyyed, c'est-à-dire un des nombreux descendants du prophète de l'islam Mahomet, en l'occurrence par le biais de l’imam Moussa al-Kazim. Son grand-père, son père et son frère aîné sont ayatollahs. Son père, Mostafa Moussavi, un notable local, est assassiné par les hommes de main d'un grand féodal en mars 1903, six mois après la naissance de Rouhollah. Sa jeunesse est également marquée par les troubles politiques des années 1906-1911 consécutifs à la révolution constitutionnelle.
Il s'installe, dès les années 1920 à Qom, la deuxième ville sainte d'Iran. Étudiant en théologie, il suit des cours de philosophie auxquels les séminaires traditionnels de Qom sont hostiles. En 1927, il y devient professeur de théologie, puis dans les années 1950 il est nommé ayatollah. Au moment du coup d'État de 1953, il prend position contre Mohammad Mossadegh en le qualifiant d'apostat. Il s'engage dans l'opposition religieuse au régime autoritaire du shah Mohammad Reza Pahlavi et aux réformes que celui-ci mène pour la modernisation du pays (la « révolution blanche »), réformes incluant notamment le droit de vote des femmes, les réformes agraires, la modernisation du système judiciaire qui met en cause la suprématie de la charia coranique.
À la mort de Hossein Tabatabai Boroudjerdi en 1961, il postule à sa succession, y compris auprès du chah. Sa personnalité atypique fait qu'on lui préfère un autre candidat. Il s'écarte alors de la poésie et du mysticisme pour revenir à des visions plus tranchées de bien contre le mal et devient un des chefs de la communauté chiite, reconnu comme « guide religieux suprême » (marja-e taqlid). La même année, il dénonce un décret abolissant l'obligation pour les élus locaux et provinciaux de prêter serment sur le Coran.
En 1929, Rouhollah Khomeini épouse Khadijeh Saqafi, alors âgée de treize ans. À la demande de l'enfant, il prend en charge son éducation, lui faisant la classe pendant huit ans. D'après les témoignages de ses proches, Khomeini est un époux amoureux et dévoué, attentif à prendre en charge les tâches ménagères.
Le couple a cinq enfants : Mostafa (1930-1977), Zahra (née en 1940), Seddigheh et Farideh (nées en 1943) et Ahmad (1946-1995). Sa petite-fille Zahra Eshraghi est une activiste et féministe.
Son opposition à la « révolution blanche » lancée par le chah Mohammad Reza Pahlavi le conduit à l'affrontement avec le pouvoir. Il est arrêté en 1963 pour avoir joué un rôle important dans les émeutes du 4 juin. L'arrestation de Khomeini provoque des manifestations à Téhéran et à Qom qui sont réprimées dans le sang. « Le responsable de ce massacre paiera de sa vie », promet-il. Le chah d'Iran, conscient de son influence, le fait libérer rapidement l'année suivante.
En novembre 1964, après avoir fortement dénoncé un décret accordant l'immunité juridique aux conseillers militaires américains et un emprunt de 200 millions de dollars pour l'achat de matériel militaire, Khomeini est arrêté de nouveau et contraint à l'exil (par Oveyssi), d'abord en Turquie, puis à Nadjaf et Kerbala en Irak pendant quatorze ans. Son activisme prochiite indispose le pouvoir irakien et, en octobre 1978, il part pour la France avec un visa de touriste et s'installe à Neauphle-le-Château, à une quarantaine de kilomètres de Paris, sans demander l'asile politique, considérant que Paris est idéal pour médiatiser ses opinions politiques. Il y demeure du 6 octobre 1978 au 31 janvier 1979. Pendant cette période, il se crée l'image d'un saint homme, entouré par une équipe de conseillers chargés de sa communication, Sadegh Ghotbzadeh, Ebrahim Yazdi et Abolhassan Bani Sadr. Houchang Nahavandi estime qu'il y mystifie par son charisme des intellectuels comme Jean-Paul Sartre ou Michel Foucault. Selon Alexandre de Marenches (chef du Service de documentation extérieure et de contre-espionnage, ancien nom de la DGSE), le chah aurait refusé l'expulsion de Khomeini au motif qu'il serait préférable qu'il soit en France plutôt qu'en Syrie ou en Libye. Certains indiquent également que le président Valéry Giscard d'Estaing aurait envoyé Michel Poniatowski auprès du chah pour lui proposer d'éliminer Khomeini. Raymond Aron croyait que cette révolution s'alignerait, une fois au pouvoir, sur l'URSS ; alors que Khomeini ne cesse de proclamer « ni Est-ni Ouest » et que fidèle à ce principe, le jour même de la prise d'otages à l'ambassade américaine, il dénonce deux articles litigieux du traité de 1921 entre l'Iran et son voisin. Quelques mois plus tard, à l'été 1980, l'Iran boycotte les Jeux olympiques de Moscou.
Durant les plus de quatorze années que dure son exil en Irak puis en France, son discours se radicalise progressivement et sa pensée se systématise autour d'une conviction profonde : la dictature du chah n'est pas le système adéquat pour l'Iran. Selon son analyse, les oulémas héritiers de Mahomet détiennent l'autorité religieuse, jusqu'au retour de l'imam caché. D'où l'idée d'une république islamique, au lieu d'une dictature « chahienne », dans laquelle les mollahs ont le pouvoir de désigner le plus savant d'entre eux pour concentrer l'autorité. Ce principe deviendra sous le nom de « velayet-e-faqih » après la révolution islamique, la clef de voûte du nouveau régime iranien que Khomeini définit comme le pouvoir absolu du religieux. Un président de la République qui s'occupe plus des questions quotidiennes doit également être élu.
Dans son livre Le gouvernement islamique, il fait l'éloge de Fazlollah Nuri, un ayatollah qui, lors de la révolution constitutionnelle de 1906, avait pris position contre les réformes en avançant que l'islam était incompatible avec la démocratie. Ce livre est fondé sur le principe du Velayat-e faqih. Il définit le gouvernement islamique comme « un gouvernement de Dieu », « de droit divin ». Il n'y est pas question de démocratie : ce n'est pas au peuple de décider, mais au clergé d'interpréter la loi divine. Il défend le principe des châtiments corporels (amputation et lapidation). Pourtant, lorsqu'il est à Paris, il tient un discours différent, plus favorable à la démocratie : il prétend vouloir un régime fondé sur le vote populaire. Il rassure ainsi Mehdi Bazargan, qui acceptera, malgré ses réserves à l'idée d'un régime dirigé par le clergé, de former un gouvernement de transition. Bazargan aurait dû se méfier. Plus tard, Khomeini se justifiera en disant avoir pratiqué la taqiyeh (« dissimulation »).
Cette révolution se prépare depuis Neauphle-le-Château où, arrivé en France le 6 octobre 1978, il s'installe le 10 octobre, et il propage ses idées par le biais de conférences organisées à son domicile mais aussi, principalement, sous la forme de cassettes audio diffusées et dupliquées largement dès leur arrivée en Iran. Cette diffusion massive et furtive permet aux opérations d'échapper au contrôle du gouvernement iranien sur les médias classiques.