La rébellion irlandaise de 1641 débuta comme une tentative de coup d'État, menée par la petite noblesse irlandaise catholique, qui dégénéra ensuite rapidement en une violence intercommunautaire sanglante entre les Irlandais catholiques de souche d'une part, et les colons protestants anglais et écossais d'autre part, constituant un des épisodes des guerres confédérées irlandaises, appartenant elles-mêmes aux guerres des Trois Royaumes.
Le soulèvement trouva sa source dans la crainte des catholiques d'une invasion imminente de l'Irlande par les forces anticatholiques du Parlement anglais et les Covenanters écossais. À son tour, l'association des rebelles et de Charles Ier fut une des raisons du déclenchement de la guerre civile anglaise. La rébellion irlandaise éclata en octobre 1641, et fut suivie pendant plusieurs mois de violents désordres jusqu'à ce que la noblesse et le clergé irlandais formassent la Confédération irlandaise à l'été 1642. La Confédération devint de fait le gouvernement de l'Irlande, s'alignant assez librement sur les Royalistes pendant les guerres des Trois Royaumes. La guerre qui en découla se poursuivit en Irlande jusque dans les années 1650, lorsque la New Model Army d'Oliver Cromwell battit de façon décisive les confédérés et les royalistes, reconquérant l'ensemble du pays.
La cause première de la rébellion de 1641 vint de l'échec de l'État anglais en Irlande d'intégrer l'élite irlandaise autochtone lors de la reconquête du pays par les Tudor. La population irlandaise pré-élisabéthaine était traditionnellement divisée en « Vieux Irlandais » (d'origine gaélique) et en « Vieux Anglais », descendants des colons normands médiévaux. Ces deux groupes étaient historiquement antagonistes, les Anglais ayant colonisé des régions comme le Pale autour de Dublin, le sud du Wexford et d'autres villes qu'ils fortifièrent contre la population rurale gaélique.
Pourtant, au XVIIe siècle, la division culturelle entre ces deux groupes, spécialement parmi l'élite, s'estompait. Par exemple, la plupart des seigneurs anglais non seulement parlaient le gaélique irlandais, mais aussi soutenaient massivement la poésie et la musique irlandaises, Hiberniores Hibernis ipsis (plus irlandais que les Irlandais eux-mêmes). Les mariages mixtes étaient également communs. Mais, après la reconquête élisabéthaine, les autochtones se différencièrent des nouveaux colons britanniques par leur religion, les premiers étant catholiques romains, et les seconds protestants, tout comme le gouvernement établi par les Anglais. Durant les décennies qui séparèrent la fin des guerres élisabéthaines en 1603 du déclenchement de la rébellion en 1641, les Irlandais catholiques se sentirent de plus en plus menacés et discriminés par le gouvernement anglais de l'Irlande.
La conquête anglaise de l'Irlande au XVIe siècle et au début du XVIIe siècle fut marquée par des plantations à grande échelle, principalement en Ulster et dans le Munster. Elles donnèrent lieu à des expropriations massives des propriétaires irlandais, généralement comme punition pour rébellion, et à l'attribution de ces terres à des colons venant d'Angleterre ou d'Écosse. Les règles de la Plantation, principalement en Ulster, étaient très dures pour la population indigène, qui ne pouvait ni posséder, ni louer de terres dans les zones plantées, ni même travailler sur les terres des colons. La conséquence de cette politique fut la disparition de clans irlandais autrefois puissants, comme les O'Neill et les O'Donnell, épisode culminant lors de la Fuite des comtes en 1607. Beaucoup des exilés, notamment Owen Roe O'Neill, prirent du service en tant que mercenaires dans les armées catholiques d'Espagne et de France. Ils formèrent une communauté irlandaise émigrée farouchement hostile à l'État britannique protestant d'Irlande. Une autre conséquence fut le développement de rancunes entre les autochtones et les colons, à tous les niveaux de la société, qui allaient exploser en violence en 1641.
Pourtant, la noblesse et la haute bourgeoisie irlandaises n'étaient pas, dans leur majorité, hostiles à l'idée de la souveraineté du roi d'Angleterre sur Irlande, mais ils désiraient être des sujets à part entière de cette monarchie triple, et ils voulaient également conserver leur rôle prééminent dans la société irlandaise. Mais ceci ne pouvait se réaliser pour deux raisons : tout d'abord leur dissidence religieuse, et, en second lieu, la menace que représentait pour eux l'extension des Plantations. Le Protestantisme était la religion officielle des trois royaumes d'Irlande, d'Angleterre et d'Écosse. L'absence aux services religieux protestants était passible d'amendes, et la pratique publique d'une autre religion valait une arrestation. Les Catholiques ne pouvaient servir ni l'État, ni l'armée. Le Conseil privé d'Irlande était dominé par des Anglais protestants.
Les élections au Parlement d'Irlande furent organisées dans les années 1610 de façon à donner une majorité aux Protestants. De plus, le Parlement irlandais était assujetti au Parlement anglais par un décret du XVe siècle, appelé Poynings' Law. Le gouvernement d'Irlande, dominé par les Protestants, et donc par les colons, essaya de confisquer davantage de terres appartenant aux propriétaires autochtones, soit en mettant en doute leurs titres de propriété médiévaux, soit comme châtiment pour leurs absences aux offices religieux protestants. Les Irlandais catholiques réagirent en faisant appel directement au roi, tout d'abord à Jacques Ier, puis à Charles Ier, arguant de leurs pleins droits de sujets et de la tolérance religieuse.
En plusieurs occasions, les monarques anglais parurent aboutir à un accord avec eux, accédant à leurs demandes en échange de taxes accrues. Aussi, les Irlandais catholiques furent dépités lorsque, après avoir payé les taxes demandées, le roi remit à plus tard la réalisation de leurs demandes.
Qui plus est, à la fin des années 1630, Thomas Wentworth, représentant de Charles Ier en Irlande, se proposa d'étendre les confiscations des terres autochtones, pour procurer des financements supplémentaires au roi et s'enrichir au passage. Ces confiscations provoquèrent la colère des catholiques mais aussi des protestants, qui craignaient des représailles. Il est probable que tout cela aurait fini par provoquer une résistance armée de la part des Irlandais catholiques, mais la déstabilisation du pouvoir politique anglais hâta cette rébellion.
En 1640, l'Écosse se révolta contre la politique religieuse de Charles Ier, la trouvant trop proche du catholicisme. La tentative du roi de réprimer militairement la guerre des évêques échoua lorsque le Parlement anglais, qui avait des préoccupations religieuses identiques à celles des Écossais, refusa de voter de nouvelles taxes afin de lever une armée. C'est pourquoi Charles négocia avec les Irlandais catholiques le recrutement d'une armée irlandaise pour mettre fin à la rébellion en Écosse, avec la promesse de répondre aux vieilles demandes des Irlandais catholiques. Les Écossais et le Long Parlement virent là une confirmation que Charles était un tyran, qui désirait imposer le catholicisme à ses royaumes, et gouverner sans consulter son Parlement. Au début de 1641, les Écossais et le Parlement anglais suggérèrent publiquement d'envahir l'Irlande et d'étouffer le catholicisme une fois pour toutes. Effrayé par cette menace, un petit groupe de conspirateurs irlandais catholiques conçut un plan pour s'emparer au nom du roi de Dublin et d'autres villes importantes du pays, à la fois pour contrer l'invasion, et pour forcer le roi à céder aux demandes des Catholiques.
L'économie contribua aussi à faire glisser l'Irlande dans la rébellion. L'économie irlandaise avait subi une récession, et les récoltes de 1641 étaient mauvaises. Des conspirateurs tels que Felim O'Neill et Rory O'Moore (en) étaient lourdement endettés, et risquaient de perdre leurs terres au profit de leurs créanciers. De plus, la paysannerie irlandaise devait supporter une mauvaise récolte et un accroissement des loyers. Cette situation aggrava leurs vieux ressentiments à l'égard des colons britanniques, et contribua aux pillages et aux meurtres généralisés qui suivirent la rébellion.