Le protectorat français du Cambodge était le régime politique en vigueur au Cambodge à partir de 1863, quand la France (alors le Second Empire) établit sa protection sur le Royaume, jusque-là vassal du Siam (Thaïlande). Le Cambodge est intégré en 1887 à l'Indochine française lors de la création de cette dernière. En novembre 1949, le système de protectorat laisse la place à un statut d'État associé de l'Union française, toujours au sein de la Fédération indochinoise. En 1953, pendant la guerre d'Indochine, le roi Norodom Sihanouk proclame l'indépendance du pays, que les accords de Genève réaffirment l'année suivante.
Au XIXe siècle, le royaume du Cambodge vit sous la suzeraineté du royaume de Rattanakosin, qui l'a amputé de ses provinces occidentales, annexant notamment Angkor : l'influence de l'empire d'Annam est également très prégnante, et menace le pays de dépècement, à la suite de la guerre entre le Vietnam et le Cambodge (1813-1845). Le roi du Cambodge Norodom Ier, monté sur le trône en 1860, cherche un moyen pour sortir de l'étau formé par ses deux voisins.
Pour les Français, asseoir leur influence sur le Cambodge présentait plusieurs avantages. Si l’on excepte le lobbyisme des missions étrangères de Paris qui sous l’impulsion de Jean-Claude Miche, vicaire apostolique de Phnom-Penh et de Saïgon, voyait dans le protectorat un moyen d’en finir avec l’instabilité politique ambiante entravant leur apostolat, les autres raisons sont liées directement ou indirectement à l’implantation des troupes coloniales françaises en Cochinchine. Les expéditions françaises avaient pour objectif d'accéder au centre de la Chine en empruntant le Mékong. Au début des années 1860, la volonté de contrôler les rives du fleuve pouvait encore se justifier. Mais l’expédition d'Ernest Doudart de Lagrée démontrera en 1868 l’impossibilité d’une telle entreprise. D’autre part, la présence française dans le delta du Mékong avait provoqué quelques réactions de rebelles qui prenaient l’habitude, une fois leurs forfaits accomplis, de se réfugier en territoire cambodgien. Le fait de contrôler les deux côtés de la frontière permettait de faciliter les poursuites. De plus, les plantations qui se développaient dans la nouvelle colonie de Cochinchine gagnaient à pouvoir s’étendre plus facilement dans le royaume khmer et enfin, il convenait d’investir le terrain avant que les Anglais ne s’y installent. Ces derniers étaient alors soupçonnés à Paris et à Saïgon d’avoir déjà mis sous tutelle le Siam voisin par le biais des nombreux conseillers sujets de la reine Victoria que le roi Rama IV avait appelés à ses côtés pour moderniser son pays.
Mise en place de la tutelle française
Le vice-amiral Pierre-Paul de La Grandière, gouverneur de la Cochinchine, délègue à Phnom Penh le capitaine Ernest Doudart de Lagrée, qui présente au roi les avantages de passer sous la protection de l'Empire français. Le 5 juillet 1863, le roi Norodom signe un traité de protectorat que La Grandière est venu personnellement lui apporter. Le 11 août, une convention franco-khmère fixe les conditions du protectorat, le Cambodge s'interdisant toutes relations avec une puissance étrangère sans l'accord de la France, et acceptant l'installation d'un résident général dans la capitale. Les sujets français obtiennent au Cambodge le droit de libre circulation, celui de posséder des terres, et d'être jugés par un tribunal mixte. Le gouvernement de Napoléon III tarde cependant à ratifier le traité, craignant des réactions du Royaume-Uni par le truchement du Siam : inquiet, le roi Norodom envisage de se raviser et de se tourner à nouveau vers le Siam, dont il est toujours censé tenir sa légitimité, ne s'étant pas encore fait couronner. Il se rend à Bangkok pour sa cérémonie de couronnement, entraînant une réaction de Doudart de Lagrée, dont les matelots investissent le palais royal à Oudong pour forcer le roi à revenir. Napoléon III ayant donné son accord, les ratifications interviennent en avril 1864. La France obtient du Siam la restitution des insignes royaux cambodgiens et Norodom peut être couronné le 3 juin 1864, dans sa nouvelle capitale de Phnom Penh. Le Siam reconnaît le protectorat français par un traité en 1867, en échange de la confirmation de ses droits sur les provinces de Battambang et d'Angkor, ainsi que la promesse de la France de ne pas annexer le Cambodge.
Les premières décennies du protectorat sont l'occasion de frictions entre les autorités françaises de Saïgon et la cour de Phnom Penh. La France, trouvant la monarchie cambodgienne trop dispendieuse, impose une réduction de son train de vie et des réformes structurelles, incluant notamment l'abolition de l'esclavage au Cambodge. Après vingt ans d'administration indirecte, les autorités du protectorat souhaitent rationaliser le système d'exploitation et l'étendre au pays tout entier. Le 4 juin 1884, le gouverneur de Cochinchine Charles Thomson se rend à Phnom Penh avec des troupes et exige du roi Norodom, alors malade et alité, qu'il signe une convention sur les douanes en vue d'une union douanière de l'Indochine française. À l'aube du 17 juin, le palais du roi est envahi par des troupes françaises et Thomson, alléguant que le roi aurait manqué de respect à la République lors d'une audience antérieure et l'informant qu'il renonce à la convention des douanes déjà signée, ordonne au roi de signer dans la demi-heure un nouveau traité qui renforce le protectorat en donnant la gestion des affaires intérieures aux Français. Malgré les protestations du roi adressé au président de la République, le traité, qui transforme le protectorat du Cambodge en colonie de fait, est ratifié par le gouvernement français.
Des troubles se manifestent au Cambodge et, le 7 janvier 1885, une révolte éclate : des partisans du prince Si Votha, demi-frère du roi et lui-même prétendant à la couronne, attaquent les Français dans le district de Sambor. La rébellion s'étend bientôt à tout le pays, tenant les forêts et les rizières. Le port de Kampot est tenu par les rebelles, qui y pillent le télégraphe et l'entrepôt d'opium. La révolte est animée aussi bien par les opposants au roi que par les lettrés partisans de l'ordre traditionnel et par Duong Chac, troisième fils du roi. Les Français, qui doivent dans le même temps gérer en Annam la dissidence de l'empereur Hàm Nghi, mènent une politique de répression implacable. Devant les difficultés, les Français négocient en 1886 un nouvel accord avec le roi, qui récupère une partie de ses pouvoirs et appelle les insurgés à déposer les armes, puis s'emploie à pacifier le pays. Les Français ne renoncent cependant pas à réformer le Cambodge et, en 1888, le résident général spécifie que la convention de 1884 demeure valide, mais sera appliquée de manière progressive.
En octobre 1887, la France proclame l'Union indochinoise, fédération comprenant le Cambodge et les trois régions constitutives du Vietnam actuel, les protectorats du Tonkin et de l'Annam, et la colonie de Cochinchine. Le protectorat du Laos est ajouté à l’union après avoir été libéré de la suzeraineté du Siam en 1893. Le responsable de l'administration coloniale au Cambodge, subordonné au Gouverneur général de l'Union et appointé par le ministère de la marine et des colonies à Paris, est le résident supérieur. Les résidents ou gouverneurs locaux sont postés dans tous les centres principaux des provinces. En 1896, un accord entre la France et le Royaume-Uni sur les sphères d'influence au Siam permet au Cambodge de récupérer la province d'Angkor. En 1897, le roi octroie une constitution en vertu de laquelle le résident supérieur préside le conseil des ministres et contresigne les décisions royales, les nominations et les révocations de fonctionnaires. La France entame une politique de grands travaux au Cambodge, creusant des canaux et construisant des quais pour la navigation. Malgré ces efforts et ce contrôle politique renforcé, les Français doivent gérer un protectorat à l'économie stagnante, qui ne connaît qu'un développement médiocre. Le Cambodge ne devient pas une terre de colonisation, au contraire du territoire vietnamien : les missionnaires demeurent peu nombreux et seuls 825 Européens, dont 80 % de fonctionnaires ou de militaires, vivent au Cambodge en 1904. Le recensement de 1937 relève 2 534 « Européens ou assimilés » vivant au Cambodge.