Les pontons de Rochefort sont un ensemble de trois prisons flottantes, en rade de Rochefort, où des prêtres catholiques réfractaires qui ne voulaient pas prêter serment à la constitution civile du clergé pendant la période de la Terreur (durant la Révolution française), ont été regroupés et internés en vue d’être déportés vers les bagnes de Guyane.
Le 1er octobre 1995, 64 de ces prêtres ont été béatifiés par le pape Jean-Paul II. Leur fête a été fixée au 18 août.
« Ces hommes étaient rayés du livre de la République, on m'avait dit de les faire mourir sans bruit… »
— Capitaine Laly, du ponton les Deux Associés.
Le clergé réfractaire refusant de signer la Constitution civile du clergé et de prêter le serment est si nombreux qu'on ne peut le condamner à la guillotine dans son ensemble : en 1792, il est donc décidé par l'Assemblée constituante de les déporter en Guyane ou à Madagascar via les ports de Nantes, Bordeaux et Rochefort. De longs convois s'acheminent vers l'océan. À Rochefort, où le stationnement est long, le transfert des prisonniers s'effectue sur des navires négriers (réduits à l'état de pontons) qui ne partiront jamais en Guyane : les Deux-Associés (capitaine Laly), le Washington (capitaine Gibert) ainsi que sur un navire ancien, le Bonhomme Richard.
La plupart des prêtres déportés décéderont du typhus dû à l'insalubrité extrême, à l'absence totale d'hygiène, à la nourriture rare et très malsaine et aux mauvais traitements. Les malades du typhus sont transférés sur deux chaloupes-hôpital, puis sous des tentes ; ils y meurent et sont enterrés sur l'île Madame (alors île Citoyenne), et sur l'île d'Aix (dans l'ossuaire des prêtres déportés).
Le 13 juillet 1794, on transfère les prêtres sur l'Indien à la suite d'une visite du Comité de salubrité et, à partir de 1794, un semblant de liberté leur est rendu avec possibilité de lire le courrier et le bréviaire. Les survivants sont libérés le 16 avril 1795. Beaucoup raconteront leurs aventures dans des mémoires publiés ultérieurement, et dont les récits concordent. En 1795 a lieu une seconde déportation.
La déportation sur les pontons de Rochefort aurait au moins concerné 829 prêtres, dont 547 ont péri d'avril 1794 aux premières semaines de 1795 (en tout entre mille et deux mille prêtres déportés). Puis sous le Directoire, à partir de mai 1798, 143 prisonniers, vieillards, infirmes ou convalescents, hors d'état de supporter le voyage vers l'outre-mer, furent déportés à l'île de Ré et à l'île d'Oléron (ils furent enfermés dans les forts). Un des prêtres survivants des pontons évangélisera le Bénin, comme a eu à le rappeler le cardinal Bernardin Gantin lors de la messe du pèlerinage à l'île Madame à l'occasion du bicentenaire de la déportation en 1989.
Soixante-quatre prêtres ou religieux déportés sont béatifiés par Jean-Paul II le 1er octobre 1995 dont Jean-Baptiste Souzy.
En 1880, des ossements de prêtres réfractaires des pontons de Rochefort sont trouvés lors de travaux sur les batteries de Jamblet et de Tridoux sur l'île d'Aix. Ils sont transférés dans la crypte de l'église Saint-Martin, puis dans le maître-autel. Une croix commémorative a été élevée en leur mémoire sur l'île d'Aix.
À l'entrée de l'île Madame, la croix de galets marque l'emplacement où le chanoine Pierre Lemonnier découvre quatre corps disposés en croix, les bras croisés sur la poitrine, le 12 décembre 1913.
Un sanctuaire des prêtres déportés a été construit en leur hommage à Port-des-Barques, qui est, avec la croix de galets, le lieu du pèlerinage diocésain annuel, depuis le premier pèlerinage diocésain officiel qui s'est déroulé le 18 août 1910. Jean-Auguste Eyssautier, évêque de La Rochelle et Saintes, bénit le calvaire à cette occasion. Une chapelle expiatoire est également érigée dans le fortin en 1912.
À Fouras, un calvaire est élevé à la mémoire des prêtres morts sur les pontons et dont 25 reposent sur les rivages de la commune.
Une plaque commémorative est visible au fort Lupin.
Un autel de l'église Saint-Martin de Saint-Martin-de-Ré est dédié aux 1 023 prêtres réfractaires de la seconde déportation emprisonnés dans la citadelle de Saint-Martin-de-Ré sous le Directoire (1798-1801), et dont 61 sont morts en captivité.
À Brouage, une grotte creusée dans l'épaisseur des remparts et dont le fond est tapissé de coquillages disposés en forme de coquille Saint-Jacques faisait partie de l'ancien palais des gouverneurs et avait reçu le nom de « cabinet de rocaille ». Les prêtres déportés en firent une chapelle.
Les soixante-quatre prêtres ou religieux béatifiés par Jean-Paul II, à Rome le 1er octobre 1995 sont :
Jean-Baptiste Étienne Souzy, prêtre du diocèse de La Rochelle ; déporté sur les Deux-Associés ; mort le 27 août 1794.