Philibert Commerson (18 novembre 1727, Châtillon-les-Dombes - 13 mars 1773, île Maurice) est un médecin, explorateur et un naturaliste français. Son nom est parfois écrit par ses contemporains Commerçon, conformément à la prononciation.
Il est connu pour avoir accompagné Bougainville comme naturaliste dans son voyage autour du monde, et pour avoir secrètement aidé Jeanne Barret à participer au voyage et devenir ainsi la première femme botaniste à avoir fait le tour du monde. Ensemble, ils collectèrent des milliers d'espèces de plantes nouvelles, d'insectes, de poissons et d'oiseaux qui furent offerts au Jardin du roi. Une mort précoce, à l'âge de 45 ans, ne lui laissa pas le temps de publier ses travaux. En 2011, 42 genres nommés par Commerson sont valides et plus de 100 espèces végétales portent son nom. Mais Commerson n'a en fait rien publié lui-même, étant mort prématurément. Il a simplement laissé des herbiers avec des annotations. C'est pourquoi ses noms apparaissent sous une forme comme Comm. ex Juss.
Philibert Commerson est le fils de Georges-Marie Commerson, notaire et conseiller du prince de Dombes, et de Jeanne-Marie Moz. Il vit le jour le 18 novembre 1727 à Châtillon-les-Dombes (actuellement Châtillon-sur-Chalaronne), une petite commune de l'Ain actuel, à une quarantaine de kilomètres au nord de Lyon. Il reçut de la part de son père une éducation très stricte.
Alors qu'il était en classe de 3e, à Bourg-en-Bresse, un professeur lui fait découvrir lors de promenades, les joies de la botanique. Après deux années de rhétorique à Bourg, il poursuit ses études au collège bénédictin de Cluny. Bien que destiné par son père au métier de notaire, Philibert Commerson ne l'entend pas ainsi et part en 1748 étudier la médecine à la Faculté de Médecine de Montpellier où il obtiendra le grade de docteur en 1754. Il exercera peu son métier de médecin mais sa passion dévorante pour les plantes guidera toute sa vie. Voilà comment le décrit, quelques années après sa mort, François Beau, son beau-frère « Le sieur de Commerson né avec un génie rare, montra dès sa plus tendre enfance un goût décidé pour l'étude des sciences naturelles et ce goût devint dans la suite, passion poussée à des excès incroyables » (cité dans Allorge, 2003).
Sa passion pour la botanique est telle, qu'il n'hésite pas à chaparder des plantes et fruits dans le Jardin des plantes de Montpellier de feu Richer de Belleval, au point où son professeur de botanique de l'université lui en interdit l'accès. Ses frasques d'étudiant lui seront pardonnées, car ses talents de collecteur et descripteur de plantes sont reconnus. À l'époque, la botanique constituait une part importante du cursus de médecine et il put s'y investir avec la frénésie de la jeunesse. Il préférait l'observation précise de la Nature aux discours pompeux et creux des Diafoirus brocardés par Molière. Plutôt que de s'incliner pieusement devant le mystère de Dieu, la botanique permet de construire pas à pas, une image ordonnée du monde, validable par l'observation de chacun et pouvant être organisée par la raison.
De cette époque, reste un herbier de la flore du Languedoc.
Un médecin naturaliste de la Bresse 1754-1764
Son diplôme en poche, il quitte Montpellier le 9 septembre 1754 et part herboriser dans les Cévennes, en Savoie puis en Suisse. Sur la route, il va rendre visite à Voltaire à Ferney, près de la frontière suisse. Le philosophe des Lumières ne lui propose pas moins que de devenir son secrétaire mais Commerson décline l'offre et préfère reprendre ses herborisations vagabondes vers sa Dombes natale. Il déclara malicieusement que l'homme avait l'air d'un filou et était en proie à des terreurs nocturnes. Toutefois, toute sa vie sera guidée par l'esprit des Lumières.
À plus de trente ans, Commerson semblait toujours dépendre de ses parents. Il crée dans sa ville natale un petit jardin botanique et se rend en visite dans les autres jardins botaniques de la région. Il se constitue un réseau de correspondants « à graines » qui s'étend jusqu'à Rouen, Genève, la Grande Chartreuse. Sa réputation de naturaliste va jusqu'aux oreilles de Carl von Linné qui le charge de décrire les plantes marines, les poissons et les coquillages de la Méditerranée. On ne sait rien du voyage qu'il fit à cette occasion mais on a quelques notes manuscrites conservées au Muséum et une très belle collection de poissons de la Méditerranée conservée à Stockholm. Un éditeur lui propose de publier un ouvrage d'ichtyologie mais il ne lui donne pas suite. Commerson était un perfectionniste toujours insatisfait de son travail et ne publia jamais rien.
Sa passion de la collecte de spécimens naturalistes était sans limite. « Pendant huit ou neuf années consécutives, raconte son beau-frère, il a passé les étés alternativement dans les Alpes et les Pyrénées pour chercher des plantes et des insectes dans ces montagnes qu'il parcourait trois ou quatre fois de suite ; il vivait de pain et de laitage qu'il achetait à des bergers et couchait dans leur cabane sur des feuillages ».
En 1760, à 33 ans, il épouse la fille d'un notaire, Antoinette Vivante Beau. Le couple s'installe dans un village du Charolais, à Toulon-sur-Arroux, où il ouvre un cabinet de médecin. Son beau-frère, François Beau, est le curé du village.
Après deux années d'union heureuse, sa femme meurt en couches en 1762, en donnant naissance à un fils, Anne François Archambault Commerson (1762-1834). Philibert Commerson très affecté, sombre dans le désespoir.
Il lui faudra deux ans pour accepter la perte de l'être cher. Il s'investit encore plus dans son travail pour oublier sa douleur. Son beau-frère nous indique qu'« Il passait souvent quinze et vingt jours de suite sans dormir et sans prendre un instant de repos pour étudier, observer et rédiger ; il se permettait à peine quelques instants pour prendre à la hâte des nourritures grossières, ne se nourrissant que de pain, de légumes et de fromages, pour donner plus de temps à sa passion pour les sciences... ». Plus tard, il dédia à la mémoire de sa bien-aimée Antoinette Beau, un arbre observé à l'île Maurice, sous le nom de Pulcheria commersonia qui rassemblait leurs deux patronymes (en latin pulcher « beau »), tout comme le fruit renfermait deux semences en forme de cœurs unis. Mais le genre Pulcheria ne restera pas dans la postérité car il ne l'a pas publié. La plante s'appelle maintenant Polycardia phyllanthoides (Lam.) DC. (famille des Celastraceae). Par contre, Lamarck a publié le nom Boea Comm. ex Lam. (1785) (Gesneriaceae), dédié à François Beau par Commerson, pour une plante trouvée au détroit de Magellan.
Paris et le monde scientifique 1764-1766
Commerson va être tiré de sa réclusion par un jeune astronome, Jêrome de Lalande, originaire de la région voisine, qui mène une brillante carrière à Paris. Il écrivait souvent à cet ami d'enfance des lettres empreintes du plus vif enthousiasme pour la botanique. Lalande qui admirait son courage et sa passion, le convainc de « monter à la capitale » pour élargir ses perspectives. En août 1764, Commerson s'installe dans un appartement sis au 13 de la rue des Boulangers, tout près du Jardin du Roy, le futur Jardin des Plantes. Son fils est confié à son oncle maternel, l'abbé Beau.
Pour tenir sa maison, Commerson fait venir de Bourgogne, une jeune servante de 24 ans, Jeanne Barret qu'il avait probablement employée comme gouvernante après la mort de son épouse. D'origine très modeste, son père était un saisonnier agricole, mais très curieuse, elle apprend vite au contact du naturaliste comment classer les herbiers et autres collections d'histoire naturelle. Elle deviendra une botaniste avertie, comme en témoignera plus tard Bougainville. Une grande complicité va s'établir entre eux et probablement beaucoup plus bien qu’il fût de 13 ans son ainé. Plusieurs ouvrages romancés ont brodé sur ces amours secrètes.
À cette époque, Commerson fréquente le monde scientifique de la capitale. Il rencontre les naturalistes de la famille de Jussieu, Michel Adanson et Buffon. Lalande l'introduit aussi auprès des mathématiciens et astronomes qui gravitent autour de l'Observatoire et du Palais du Luxembourg où la belle et brillante mathématicienne, Nicole-Reine Lepaute, tient salon et à qui il dédiera plus tard une plante (l'hortensia).