L’ordre de Saint-Jean de Jérusalem, aussi appelé ordre des Hospitaliers ou encore La Religion (terme principalement utilisé dans la marine de l'Ordre) est un ordre religieux catholique hospitalier et militaire qui a été fondé initialement dans un but hospitalier vers 1080, quelques années avant la première croisade (1095-1099), et qui a existé jusqu’aux environs de l’année 1800. Il est généralement connu, dès le XIIe siècle, sous le nom d’Ordo Hospitalis Sancti Johannis Hierosolymitani.
L'origine de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem remonterait à la fin du XIe siècle dans l'établissement des marchands amalfitains à Jérusalem et la création d'hôpitaux, d'abord à Jérusalem, puis en Terre sainte, d'où son nom d'ordre des « Hospitaliers ». À la suite de la dévolution des biens de l'ordre du Temple, il va s'enrichir, posséder des établissements, prieurés et commanderies dans toute l'Europe catholique. À l'instar des Templiers, il assume rapidement une fonction militaire pour défendre les pèlerins qu'il accueille et soigne sur les chemins de Jérusalem, puis pour combattre les Sarrasins aux côtés des Francs de Terre sainte.
Après l'expulsion des Croisés de Terre sainte (1291), l'Ordre s'installe à Chypre avant de conquérir l'île de Rhodes (1310) et de devenir une puissance maritime pour continuer à être le rempart de la chrétienté contre les Sarrasins. À la suite de la disparition de l'ordre du Temple en 1314, les Hospitaliers reçoivent les biens des Templiers, ce qui fait d'eux l'ordre le plus puissant de la chrétienté.
Expulsé de Rhodes en 1523 par la conquête turque, l'Ordre s'installe à Malte en 1530, dont il est considéré comme le souverain par décision de Charles Quint. Avec sa flotte maritime de guerre, l'Ordre se transforme en une puissance politique qui prend de plus en plus d'importance en Méditerranée centrale jusqu'à la bataille de Lépante (1571) et jusqu'aux premiers traités des royaumes d'Europe avec les Ottomans. Après quoi, il se consacre surtout à des opérations de guerre de course pratiquant des « razzias sans gloire », l'esclavage et faisant des prisonniers dans la guerre de course pour négocier leur rachat, permettant un développement économique de l'île. Il transforme Malte en magasins d'échanges du commerce méditerranéen avec une quarantaine reconnue dans tous les ports de Méditerranée.
En France, la Révolution va bouleverser un équilibre fragile : l'Ordre sert au commerce français et doit donc être préservé pour cela. Il est d'abord considéré comme une puissance étrangère au sens de l'article 17 du décret de confiscation des biens du clergé et des ordres religieux des 23 et 28 octobre 1790. Le 19 septembre 1792, l'Assemblée nationale législative décréte l'urgence, l'avant-dernier jour de la session avant la Convention nationale et la veille de la bataille de Valmy, c'est le décret de Jean-César Vincens-Plauchut, qui décide de la mise sous séquestre et la vente de tous les biens de l'Ordre.
En 1798, le général Napoléon Bonaparte sur la route de l'Égypte, prend Malte et expulse le grand maître hospitalier et les Hospitaliers de l'archipel maltais au nom de la première République française. Le 16 juin, il y abolit également l'esclavage des musulmans, des Juifs et des chrétiens détenus principalement par les Hospitaliers, dont celui des bonnivagli (personnes mises en servitude pour dettes). L'Ordre qui s'était placé sous la protection de Paul Ier de Russie, voit une majorité de ses Hospitaliers s'exiler à Saint-Pétersbourg où ils élisent le tsar comme grand maître en 1798.
Mais avec l'abdication du grand-maître Ferdinand von Hompesch zu Bolheim en 1799 et la mort de Paul Ier en 1801, s'ouvre pour l'Ordre une période noire qui ira jusqu'à sa chute, son éclatement ou une survivance improbable en ordres concurrents. En plus des ordres historiques issus de la scission protestante comme le très vénérable ordre de Saint-Jean, son principal successeur catholique est l'ordre souverain militaire et hospitalier de Saint-Jean de Jérusalem, de Rhodes et de Malte, fondé officiellement en 1961.
À la différence des Bénédictins ou des ordres mendiants, les ordres militaires ne se sont intéressés qu'assez tard à leur histoire. À l'origine les textes historiques se limitent à l'obituaire, qui incorpore progressivement à partir du XIVe siècle des détails sur la vie des membres de l'Ordre, mais aussi des développements légendaires. Il a été un temps où les Hospitaliers faisaient remonter leurs origines aux bibliques Maccabées. Il ne faut pas oublier Guillaume de Tyr et ses continuateurs dont les textes publiés au milieu du XVIe siècle sont traduits en italien en 1562. En relatant les croisades, ils peignent aussi une histoire des Hospitaliers.
Les premiers textes à caractère historique émanant des Hospitaliers sont l’œuvre de Guillermo de Santo Stefano (en), commandeur de Chypre. Il est le premier à faire une recension des textes législatifs de l'Ordre et vers 1303, il entreprend une compilation qui regroupe la règle et les statuts de l'Ordre, une chronologie des grands maîtres, un recueil des décisions disciplinaires, les Miracula et une étude critique sur les origines de l'Hôpital, l’Exordium Hospitalis.
Confronté à des critiques extérieures, ou plus simplement pour valoriser ses actions et encourager les donations, l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem va susciter des annales. Au milieu du XVe siècle, Melchiore Bandini, chancelier de l'Hôpital, est l'auteur d'un ouvrage perdu depuis, mais dont, au XVIe siècle, Giacomo Bosio (1544-1617) a encore la mémoire.
La Descriptio obsidionis Rhodie urbis de Guillaume Caoursin, est un texte au service de la propagande de l'Ordre ; il connaît un grand succès et les éditions et traductions se multiplient entre 1480 et 1483.
Un document intéressant pour l'histoire des ordres militaires est un texte écrit vers la fin du XVe siècle par un frère de l'ordre Teutonique, la Chronik der vier Orden von Jerusalem. Cette chronique met en lumière, dans sa première partie, l'origine hiérosolymitaine des ordres militaires ainsi que des chanoines du Saint-Sépulcre. Si l'origine des Teutoniques et des Chanoines est quelque peu anticipée, celle des Templiers et des Hospitaliers est relativement bien cernée.
Heindrich Pantaleon (de) (1522-1595) publie, à Bâle en 1581, une première histoire basée sur les archives de l'Ordre : Militaris ordinis Johannitorum, Rhodiorum aut Melitensium equitum rerum memorabilium […] pro republica christiana […] gestarum ad praesentem usque 1581 annum. Mais l’œuvre majeure de cette période est l’Istoria della sacra Religione et illustrissima militia de San Giovanni Gerosolimitano que Bosio publie en trois volumes à Rome entre 1594 et 1602. L’Istoria de Bosio est traduite en français et complétée par un frère de l'Ordre, Anne de Naberat, publiée en 1629 à la demande du grand maître Alof de Wignacourt. Bosio et Nabérat font un récit narratif et clairement réclamé comme hagiographique. Malgré cela, ce texte est d'une grande valeur historique, Bosio s'appuie sur des sources incontestables.
En 1726 parait l’œuvre de l'abbé René Aubert de Vertot. Il a, précédemment à l'écriture, fait la recension de toutes les sources alors disponibles. S'il doit à Giacomo Bosio, il utilise les sources regroupées par François Pithou (1544-1624), par Jacques Bongars, Jacques de Vitry, Marino Sanuto le Jeune, mais aussi Guillaume de Tyr, Heindrich Pantaleon (de), Bosio et son continuateur Bartolomeo dal Pozzo (it).
Avec Joseph Delaville Le Roulx, l'histoire des Hospitaliers se veut plus scientifique. Il fait un énorme travail de documentation : il publie en quatre volumes entre 1894 et 1906 près de 5 000 documents ayant trait aux deux premiers siècles de l'histoire de l'Ordre, Cartulaire général de l'ordre des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem (1100-1310). Ses deux volumes Les Hospitaliers en Terre sainte et à Chypre, publié en 1904, et Les Hospitaliers à Rhodes jusqu'à la mort de Philibert de Naillac, publié en 1913, se présentent comme un travail érudit et de qualité.