Le massacre des Innocents est un épisode relaté dans l'Évangile selon Matthieu en même temps que la fuite en Égypte : le meurtre de tous les enfants de moins de deux ans dans la région de Bethléem. Selon le récit évangélique, ce massacre a été commis sur l'ordre d'Hérode, craignant l'avènement d'un roi des Juifs annoncé par ses propres devins, ou mages, dans la période même de la naissance de Jésus. L'ensemble des Églises les honore comme martyrs au cours du jour des Saints Innocents ; cet événement est fêté le 28 décembre en Occident et en Orient catholique, et le 29 décembre en Orient orthodoxe.
L'historicité de ce récit est remise en cause. D'après certains auteurs, il serait calqué sur un passage de l'Ancien Testament où Pharaon ordonne la mort de tous les nouveau-nés israélites mâles, avant que Moïse ne survienne pour le salut du peuple (cf. Ex 1, 16-22). Parmi les historiens qui contestent l'historicité de ce massacre, on retrouve Géza Vermes et E. P. Sanders. Mais d'autres historiens, dont Paul Veyne, s'appuient sur un texte de Macrobe pour estimer que cet épisode a une base historique, bien qu'il ne se rapporte pas explicitement à la naissance du Christ. Daniel J. Harrington déclare que l'historicité de l'événement est « une question ouverte qui probablement ne [pourra] jamais être définitivement close ».
L'Évangile selon Matthieu (2:16-18) relate l'épisode :
« Alors Hérode, voyant qu'il avait été joué par les mages, se mit dans une grande colère, et il envoya tuer tous les enfants de deux ans et au-dessous qui étaient à Bethléem et dans tout son territoire, selon la date dont il s'était soigneusement enquis auprès des mages. Alors s'accomplit ce qui avait été annoncé par le prophète Jérémie : 'Ainsi parle l'Éternel : On entend des cris à Rama, des lamentations, des larmes amères ; Rachel pleure ses enfants ; elle refuse d'être consolée sur ses enfants, car ils ne sont plus. »
Cette péricope est absente des autres Évangiles canoniques et du reste du Nouveau Testament. En termes exégétiques, elle appartient au Sondergut de Matthieu.
Cet épisode ne se trouve pas non plus dans les premiers apocryphes.
Dans la version slavonne de la Guerre des Juifs de Flavius Josèphe, figure, sans allusion à Jésus, le récit de la visite des Rois mages à Hérode, aussitôt suivie du massacre d'enfants.
L'écrivain Macrobe (c. 395-436) parle d'un massacre d'enfants par Hérode, précisément en Syrie, du nom de la province de Syrie-Palestine qui est accordée, à partir de 135, au territoire où le roi Hérode avait son royaume: « Quand l'empereur Auguste apprit que parmi les enfants de Syrie de moins de deux ans qu'Hérode Roi des Juifs avait fait tuer, se trouvait son propre fils, il dit qu'il valait mieux être le cochon d'Hérode que son fils ».
La majorité des biographes d'Hérode le Grand et des exégètes du Nouveau Testament mettent en doute la réalité historique de cet épisode.
Comme Bethléem était peu peuplée, l’estimation du nombre de garçons en bas âge tués à Bethléem et ses environs serait entre six et vingt selon les chiffres rapportés par la Catholic Encyclopedia et l'exégèse historico-critique. C'est pourquoi les Églises n'insistent plus sur les chiffres, la signification de cet épisode ayant avant tout une portée spirituelle.
David Hill estime que l'épisode ne contient rien d'historiquement impossible mais observe que la principale préoccupation de l'évangéliste Matthieu est le thème de l'accomplissement de l'Ancien Testament. Stephen L. Harris et Raymond Edward Brown soulignent également que l'objectif de l'évangéliste est de présenter Jésus comme étant véritablement le Christ, et le massacre des Innocents comme l'accomplissement des prophéties du Livre d'Osée (en référence à l'Exode) et de Jérémie (en référence à l'exil à Babylone).
Pour André Gounelle, le récit de Matthieu de l'enfance de Jésus est, spirituellement parlant, parallèle à celui de la naissance de Moïse dans l'Ancien Testament ; cependant, il estime qu'il ne faut pas « accuser les évangélistes de fraude ou de malhonnêteté, car ils utilisent des procédés d'écriture et de composition courants à leur époque et largement admis. » et peuvent donc avoir été frappés par le parallèle entre deux persécutions exercées par le pouvoir en place. Pour Michel Remaud, cet épisode s'inscrit dans la logique des massacres déjà attribués à Hérode le Grand, assimilé à Pharaon dans le monde juif du Second Temple. Toujours dans le même sens, Mireille Hadas-Lebel souligne qu'Hérode, « vers la fin de l'an -29, (... avait fait) exécuter la femme qu'il chérissait, son épouse hasmonéenne, Mariamne. Dès lors, il ne fut plus le même homme : (...) les exécutions se multiplièrent, dans le peuple comme à la cour, et jusque dans la famille royale. Ainsi se constitua pour la postérité l'image d'un Hérode massacreur d'innocents ».
Selon Gilbert Picard, le récit évangélique de la naissance et de l'enfance de Jésus baigne dans un climat de conte de fées ; le massacre des enfants juifs sous Hérode n'est attesté par aucune autre source antique et pose de nombreux problèmes de chronologie, un recensement romain en Judée n'étant pas envisageable avant la mort d'Hérode et la transformation de la Judée en province romaine (6 ap. J-C); mais on trouve un récit très similaire chez l'historien romain Suétone : le Sénat romain, avisé par une prédiction qu'un futur roi de Rome devait naître dans l'année, avait envisagé l'élimination de tous les nouveau-nés ; mais les sénateurs dont la femme était alors enceinte avaient réussi à détourner l'application de cette mesure, ce qui avait permis la naissance du futur empereur Auguste.
Pour Paul Veyne, un texte de l'écrivain Macrobe atteste bien l'historicité d'un massacre d'enfants sous Hérode mais sans mention de Bethléem, acte jugé monstrueux par son contemporain l'empereur Auguste, « même si la légende chrétienne l'a annexé ».
Parmi les chercheurs qui soutiennent l'historicité de ce massacre, R. T. France note que « l'assassinat de quelques enfants dans un petit village » n'est pas le pire des crimes que l'on puisse imputer à Hérode. Rudolf Schnackenburg suit la même ligne. Paul L. Maier écrit que les sceptiques tendent à éviter une recherche historique approfondie et conclut que les arguments contre l'authenticité présentent « de très graves défauts ». Paul L. Maier, ainsi que Jerry Knoblet, réaffirme l'historicité de l'événement en se fondant sur le profil psychologique d'Hérode, largement documenté.
L'helléniste Édith Parmentier fait cependant remarquer que si Hérode est connu pour avoir fait exécuter trois de ses fils qu'il soupçonnait de comploter contre lui, aucun n'était un enfant en bas âge : Antipater, tué vers l'époque probable de la naissance de Jésus, avait plus de 40 ans. Macrobe n'était pas un historien mais un compilateur d'anecdotes édifiantes ou amusantes, et cet épisode est destiné à introduire une plaisanterie d'Auguste : « Quand Auguste apprit que parmi les enfants âgés de moins de deux ans qu’Hérode, roi de Judée, avait fait tuer en Syrie, son propre fils aussi avait été exécuté, il déclara qu’il valait mieux être le porc d’Hérode que son fils », qui repose sur un jeu de mots en grec entre ὗες (prononcé /húes/, « porc ») et υἷες (prononcé /huîes/, « fils »).
Le rapprochement entre l'exécution du fils d'Hérode et le massacre des petits enfants ne se retrouve dans aucune autre source et, à l'époque assez tardive où vivait Macrobe (entre le IVe et le VIe siècle), peut très bien traduire une contamination par la tradition chrétienne.
Pour Axelle Neirinck, le thème du massacre des innocent est un mythe qui peut être rattaché aux discours liés aux croisades, aux polémiques antijuives médiévales, et aux guerres de Religion.