Lons-le-Saunier (prononciation : [lɔ̃s.lə.so.nje] ) est le chef-lieu du département du Jura, dans la région culturelle et historique de Franche-Comté et la région administrative Bourgogne-Franche-Comté. La ville est située à une altitude de 255 mètres.
Lons-le-Saunier doit son nom à ses salines, d'abord exploitées par les Romains, qui ont fait la fortune de familles de Bourgogne, de Vienne et de Chalon à partir du Moyen Âge, mais aussi de nombreuses abbayes et couvents.
Elle compte 17 320 habitants en 2018 dans une agglomération de 26 700 habitants. Ses habitants sont nommés les Lédoniens et les Lédoniennes.
La ville est au cœur du Revermont, au pied du premier plateau du massif jurassien à l'est et au sud, tandis que s'étend à l'ouest la plaine de la Bresse et au nord le vignoble.
La ville est située à des distances relativement similaires (60 à 80 kilomètres à vol d'oiseau) de Besançon, Chalon-sur-Saône, Dijon, Bourg-en-Bresse et Genève en traversant le massif.
Lons-le-Saunier est la troisième plus petite préfecture de département de France par sa superficie après Basse-Terre et Bobigny.
Le territoire de la commune est limitrophe de ceux de neuf communes :Les communes limitrophes sont Chille, Courbouzon, Macornay, Montaigu, Montmorot, Pannessières, Perrigny et Villeneuve-sous-Pymont.
La ville et ses environs reposent sur un faisceau du massif du Jura et sur un gisement de houille de 35 km2 enfoui entre 600 et 700 mètres de profondeur. Il est découvert par plusieurs campagnes de prospection engagées entre 1943 et 1961, mais le charbon n'est pas exploité, seul un captage de gaz de houille est ouvert entre 1948 et 1964. Elle repose aussi sur le bassin salifère comtois.
La ville est traversée par la Vallière qui prend sa source dans la reculée de Revigny. Autrefois à l'air libre, la rivière a été couverte dans les années 1950 pour des aspects de salubrité (les égouts s'y déversaient). Aujourd'hui, on ne trouve plus qu'un petit tronçon à ciel ouvert en amont de la ville et qui longe le parc des Bains et il ne subsiste qu'un seul pont : le pont de la Guiche.
Il existe une source d'eaux thermales froides (13 °C) et fortement salées (environ 11 g de NaCl/litre).
La région viticole s'étendant au nord est particulièrement réputée, avec notamment les vignobles de l'Étoile, Château-Chalon et Arbois.
Le premier plateau au sud et à l'est offre un attrait touristique avec les lacs de Chalain, Clairvaux-les-Lacs et Vouglans, et les stations de moyenne montagne assez proches comme Les Rousses.
Plusieurs études ont été menées afin de caractériser les types climatiques auxquels est exposé le territoire national. Les zonages obtenus diffèrent selon les méthodes utilisées, la nature et le nombre des paramètres pris en compte, le maillage territorial des données et la période de référence. En 2010, le climat de la commune était ainsi de type climat des marges montagnardes, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique (CNRS) s'appuyant sur une méthode combinant données climatiques et facteurs de milieu (topographie, occupation des sols, etc.) et des données couvrant la période 1971-2000. En 2020, le climat prédominant est classé Cfb, selon la classification de Köppen-Geiger, pour la période 1988-2017, à savoir un climat tempéré à été frais sans saison sèche. Par ailleurs Météo-France publie en 2020 une nouvelle typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat semi-continental et est dans la région climatique Jura, caractérisée par une forte pluviométrie en toutes saisons (1 000 à 1 500 mm/an), des hivers rigoureux et un ensoleillement médiocre. Elle est en outre dans la zone H1c au titre de la réglementation environnementale 2020 des constructions neuves.
Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 10,8 °C, avec une amplitude thermique annuelle de 17,4 °C. Le cumul annuel moyen de précipitations est de 1 240 mm, avec 1,3 jours de précipitations en janvier et 8,9 jours en juillet. Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, sur la commune de Montmorot à 2 km à vol d'oiseau, est de 11,8 °C et le cumul annuel moyen de précipitations est de 1 147,4 mm.
La température maximale relevée sur cette station est de 39,8 °C, atteinte le 12 août 2003 ; la température minimale est de −19,6 °C, atteinte le 9 janvier 1985.
Milieux naturels et biodiversité
La commune possède une réserve naturelle régionale (RNR), la Côte de Mancy, créée en 2010, réserve qu'elle partage avec la commune de Macornay. De 1996 à 2008, c'était une réserve naturelle volontaire.
Au 1er janvier 2024, Lons-le-Saunier est catégorisée centre urbain intermédiaire, selon la nouvelle grille communale de densité à sept niveaux définie par l'Insee en 2022.