La liste des évêques d'Auxerre recense le nom des évêques qui se sont succédé sur le siège de l'ancien diocèse d'Auxerre, dans l'actuel département de l'Yonne, en France, du IIIe au XIXe siècle. Son siège était la cathédrale Saint-Étienne, à Auxerre. Le diocèse était suffragant de l'archidiocèse de Sens.
Supprimé en 1801, il n'est pas rétabli mais, depuis 1823, le titre d'évêque d'Auxerre est relevé par l'archevêque de Sens, pour le nouvel archidiocèse de Sens-Auxerre.
Le site Internet du diocèse de Sens-Auxerre publie une liste épiscopale — « Les évêques du diocèse de Valence » — de saint Pèlerin à l'évêque Jean-Baptiste-Marie Champion de Cicé. Cette source est, dans l'ensemble, privilégiée pour les graphies et les dates d'épiscopat.
Peuvent également être utilisées la Gallia Christiana (GC), ainsi que les Gesta pontificum autissiodorensium (Les gestes des évêques d'Auxerre, GEA), édition complète, d'après la thèse de l'École des chartes de Pierre Janin (1969) ou la nouvelle édition sous la direction de Michel Sot (3 volumes).
Dans l'Empire romain (IIIe – Ve siècle)
(1er) 258-304 : saint Pèlerin d'Auxerre
(2e) 304-330 : saint Marcellien d'Auxerre
(3e) 331-360 : saint Valérien d'Auxerre
(4e) 361-385 : saint Hellade ou Elade (Elladius)
(6e) 418-448 : saint Germain d'Auxerre
(8e) 451-472 : saint Alode d'Auxerre
Période mérovingienne-carolingienne (476-843) et post-carolingienne (843-987)
(10e) 502-507 : saint Ours d'Auxerre
(11e) 507-515 : saint Théodose (it)
(12e) 516-528 : saint Grégoire d'Auxerre
(15e) 532-560 : saint Éleuthère
(18e) 572-603 ou 605 : saint Aunaire
(19e) 605-621 : saint Didier (Desiderius).