Jean Bouilhou, né le 7 décembre 1978 à Pau (Pyrénées-Atlantiques), est un joueur international français de rugby à XV évoluant au poste de troisième ligne aile.
Formé à la Section paloise, il rejoint le Stade toulousain en 1999 où il fait ses débuts professionnels, avec qui il remporte notamment trois Coupes d'Europe en 2003, 2005 et 2010 et quatre championnats de France en 2001, 2008, 2011 et 2012. Il reste à Toulouse durant 14 saisons avant de retourner à la Section paloise de 2013 à 2016 pour y terminer sa carrière de joueur.
Depuis 2020, il est entraîneur des avants du Stade toulousain.
Bouilhou commence à jouer au rugby à XV en minimes à la Section paloise alors qu'il n'a alors pas d'intérêt particulier pour le rugby. Ne rentrant à Pau que pour les week-ends en raison de ses études, il lui était « impossible, dans ces conditions, d'espérer jouer en équipe une. Il se contentait d'être avec les espoirs ».
Jean Bouilhou entre à l'INSA Toulouse en 1996 où il suit une scolarité aménagée (effectuant une année en deux ans). En quatrième année, alors qu'il intègre le Stade toulousain, celui-ci parvient, en accord avec l'école, à un meilleur aménagement de l'emploi du temps du joueur que celui dont il bénéficiait lorsqu'il était encore à la Section paloise, résolvant ainsi les problèmes d'absentéisme qui avaient failli mener à son exclusion.
Il a été marié avec Camille Dintrans, qui est la fille de Philippe Dintrans, ancien talonneur capitaine du XV de France.
Il rejoint, pendant l'intersaison de l'année 1999, le Stade toulousain et fait partie, en 2001, de la « jeune génération », avec Nicolas Jeanjean, Frédéric Michalak et Clément Poitrenaud, à remporter le titre de champion de France face à l'AS Montferrand. À cette période, il joue régulièrement troisième ligne centre. Il honore sa première cape internationale en équipe de France le 30 juin 2001 pour un test contre l'équipe de Nouvelle-Zélande.
Le 11 janvier 2003, il marque son premier essai en coupe d'Europe lors d'un match contre Newport. Le 24 mai 2003, il est titulaire avec le Stade toulousain, associé en troisième ligne à Trevor Brennan et Christian Labit, en finale de la Coupe d'Europe au Lansdowne Road de Dublin face à l'USA Perpignan. Les Toulousains s'imposent 22 à 17 face aux catalans et deviennent ainsi champions d'Europe. La saison suivante, il joue de nouveau la finale de la Coupe d'Europe qui se déroule cette fois au Stade de Twickenham à Londres face aux London Wasps. Il est titularisé en troisième ligne avec Finau Maka et Christian Labit. Les Anglais l'emportent 27 à 20, à la suite d'une erreur de Clément Poitrenaud, empêchant les Toulousains de gagner un deuxième titre consécutif.
En 2005, ils arrivent à se qualifier une troisième fois consécutive en finale de Coupe d'Europe face au Stade français. Il commence le match sur le banc avant de remplacer le capitaine Fabien Pelous à la 44e minute. Les haut-garonnais sont de nouveau champion d'Europe en s'imposant 12 à 18 après prolongation.
Il marque un essai lors du match de coupe d'Europe du 14 janvier 2005 contre les Llanelli Scarlets ainsi que lors du match du 22 octobre de la même année contre la même équipe.
Il commence à être capitaine du Stade toulousain au cours de la saison 2007-2008.
Durant la saison 2007-2008, Jean Bouilhou est souvent capitaine du Stade toulousain, c'est même lui qui sera capitaine lors de la demi-finale de Top 14 (gagnée contre le Stade-Français) et durant la finale du Championnat de France le 28 juin 2008 remportée 26 à 20 au Stade de France contre l'ASM Clermont.
Il est, à égalité avec Rob Linde et Lionel Nallet, le meilleur voleur de balles en touche du championnat de France 2010.
En novembre 2012, il est sélectionné dans l'équipe des Barbarians français pour affronter le Japon au Stade Océane du Havre. Les Baa-Baas l'emportent 65 à 41.
Capitaine, joueur emblématique et rarement absent, il est un joueur central et moteur dans le collectif toulousain. Le 1er novembre 2012, lors du match Toulouse-Racing Métro 92, il dispute son 375e match sous le maillot toulousain, battant le précédent record de Fabien Pelous. La saison 2012/2013 est la dernière pour Jean Bouilhou au Stade toulousain.
Il signe, en effet, le 3 juin 2013 à la Section paloise, et fait ainsi un retour auréolé de gloire au sein du club qui l'a formé. La section remporte le championnat de France de Pro D2 en 2015. En 2015-2016, Jean Bouilhou joue une dernière saison en Top 14 avant de mettre un terme à sa carrière.
Après avoir pris sa retraite, Jean Bouilhou est de retour au Stade toulousain en 2016 pour intégrer le staff sportif et devenir entraîneur adjoint chargé du secteur de la touche. En 2018, tout en restant entraîneur adjoint de l'équipe première, il devient entraîneur de l'équipe espoirs du Stade toulousain au côté de son ancien coéquipier stadiste Clément Poitrenaud. Le club remporte le Bouclier de Brennus à l'issue de cette saison.
En 2019, il quitte le Stade toulousain pour rejoindre l'US Montauban en tant que coentraîneur, responsable des avants. Il remplace Pierre-Philippe Lafond aux côtés de Jean-Frédéric Dubois, entraîneur des arrières et ancien coéquipier de Bouilhou à Toulouse de 2004 à 2007.