Les huguenots sont les protestants des royaumes de France et de Navarre pendant les guerres de Religion (1562-1598), au cours desquelles ils s'opposaient aux catholiques. À partir du XVIIe siècle, les huguenots sont appelés religionnaires dans les actes royaux, qui appellent le protestantisme « la religion prétendue réformée ».
Le mot huguenot est également attaché aux protestants émigrés hors de France à la suite des troubles religieux ou des persécutions, d'abord lors du « premier Refuge », dans les années 1560 — avec un pic après le massacre de la Saint-Barthélemy —, puis lors d'une deuxième vague, déclenchée le 18 octobre 1685 par la révocation de l'édit de Nantes et les dragonnades. 200 000 à 300 000 personnes quittent alors la France. Une troisième vague d'émigration a lieu au moment de la guerre de Succession d'Espagne (1701-1714).
Le terme huguenot qualifie parfois le refuge wallon : les protestants des Pays-Bas espagnols méridionaux (soit l'actuelle Belgique et le département français du Nord), férocement persécutés entre 1567 et 1585, se sont massivement réfugiés en Angleterre et aux Provinces-Unies (Pays-Bas actuels), où ils ont fondé les Églises wallonnes qui ont accueilli par la suite les réfugiés huguenots français.
Le mot huguenot apparaît en français au début du XVIe siècle dans les textes ou bien dans la correspondance du pouvoir royal, où ce sobriquet donné par les catholiques français a d'abord, comme celui de papiste ou de parpaillot, une signification péjorative avant que les protestants ne l'adoptent avec fierté dans un sens de supériorité. Il remplace celui de « luthérien », utilisé jusqu'alors, et désigne des calvinistes. Théodore de Bèze, proche collaborateur de Calvin, utilise ce sobriquet dans une lettre parlant du tumulte d'Amboise, écrite de Genève le 6 juin 1560, et propose une étymologie populaire évoquant un légendaire et hérétique roi « Hugonet ».
Cette hypothèse n'est plus retenue. De nombreuses recherches plus ou moins fantaisistes ont depuis tenté d'en trouver l'origine : de Hugues Capet, de la porte Hugon, à Tours, près de laquelle les protestants faisaient leur assemblée. L'Encyclopédie catholique propose cette étymologie : « À Tours, le roi Huguet était un terme générique pour désigner les fantômes qui viennent hanter les vivants, au lieu de faire leur temps au purgatoire. Comme les protestants sortaient la nuit, on commença à les appeler huguenots. Puis l'expression se propagea ».
L'hypothèse qui a le plus de défenseurs considère que ce terme est issu du suisse alémanique Eidgenossen, signifiant « camarades liés par un serment » (membres d'une ligue) désignant des confédérés suisses (Eidgenossenschaft) ou de la corruption de ce mot à Genève Eidgnots, utilisé aussi par les partisans des Guises. Dans une déclaration de 1562, le prince de Condé emploie les mots Aignos et Aignossen. Au sein du Petit-Conseil de Genève, Eidguenots fut le nom donné aux partisans des Cantons suisses, ceux du duc de Savoie étant les Mammelus, par analogie avec les Mamelouks.
En raison de l'émigration massive des protestants français, le mot huguenot est connu internationalement pour désigner les protestants français, mais aussi, particulièrement dans les pays du Refuge, émigré ou descendant d'émigré protestant français :
les dictionnaires anglais connaissent deux sens au mot huguenot : un protestant français des XVIe et XVIIe siècles, ou un protestant français en général (ou relatif à l'église protestante française s'il s'agit d'un adjectif) ;
le dictionnaire allemand donne les deux significations suivantes au mot allemand Hugenotte : soit un calviniste de France, soit un descendant d'un calviniste français émigré de France à l'époque des persécutions ;
le dictionnaire néerlandais se borne à dire du mot néerlandais hugenoot qu'il « désigne depuis 1560 les protestants en France » ;
en espagnol, hugonote est défini comme « un Français qui suit la doctrine de Calvin ».
Les protestants français restent très attachés à la croix huguenote. Ressemblant de très près à la décoration française de l'Ordre du Saint-Esprit, elle est apparue dans des conditions mystérieuses, sans doute à Nîmes. Chargée de symboles, elle regroupe une croix de Malte boutonnée, qui évoque la croix du Languedoc, quatre fleurs de lys formant en creux un cœur entre chacune des branches de la croix, et enfin un symbole du Saint-Esprit, soit un petit oiseau soit « une larme » (censée représenter une langue de feu). Elle reste au début du XXIe siècle un signe de reconnaissance discret entre protestants et un bijou qu'ils prisent.
Les huguenots réfugiés aux Amériques adoptèrent en l'honneur de Marguerite d'Angoulême une marguerite comme symbole, c'est-à-dire huit pétales en étoile, réminiscence des huit béatitudes du martyre évoquées dans le Sermon sur la Montagne.
Durant les guerres de Religion, les partisans d'un camp ou de l'autre se reconnaissaient à l'étendard du régiment de leur parti. La coutume militaire était de les cravater d'une écharpe distinctive. La Ligue portait une cravate verte, couleur que le pape avait donnée à l'occasion de la conférence de Gisors le 13 janvier 1133 aux Flamands partant en croisade. Elle était revenue à l'Espagne, championne du catholicisme Ferdinand d'Aragon et Isabelle la Catholique ont donné à Christophe Colomb un étendard à la croix verte.
De même, les ducs de Guise, feudataires de l'Empire et champions de la Ligue, portaient de sinople leur croix de Lorraine. Les huguenots mirent à la bataille d'Ivry une cravate blanche aux étendards. Le blanc étant la couleur du roi, c'était une surenchère légitimiste, qui ajouta à la confusion, les ligueurs portant ce jour-là la même couleur. Par la suite, les huguenots portèrent durant les combats, en plus de l'écharpe blanche, une casaque blanche. L'enseigne « nette » resta celle de Coligny. L'expression prêtée à Henri IV « Ralliez-vous à mon panache blanc ! » était une invitation adressée aux partisans huguenots à se rallier à leur ancien chef de guerre converti, aux catholiques à renoncer au parti espagnol et aux deux à la paix.
Les catholiques gallicans et réformistes, dits « évangéliques », comme Jacques Lefèvre d'Étaples, furent parmi les prédécesseurs des huguenots. Ils suivirent le mouvement débuté par Martin Luther en Saxe et formèrent les Églises réformées en France, appelées dédaigneusement « religion prétendue réformée » dans les textes officiels.
Les vaudois furent d'autres prédécesseurs des huguenots, avec lesquels ils ont décidé de fusionner en 1532 lors du synode de Chanforan, dans les Dolomites. Les vaudois, comme les protestants après eux, critiquaient l'idolâtrie, le culte de la Vierge, l'enrichissement d'une partie du clergé, accusé de mentir sur la religion pour pratiquer le commerce des indulgences, et prêchaient une religion respectant les écrits de l'Évangile, qu'ils incitaient les populations à lire dans leur propre langue. Les prédicateurs vaudois se déplaçaient de villages en villages avec une Bible manuscrite rédigée en provençal, cachée dans leurs vêtements.
Pour l'historien Patrick Cabanel, les traces de la persécution dont ils ont été victimes en France sont encore constitutives de l'identité même des huguenots : « le huguenot est le protestant par l'origine, le passé (de persécution), la formation intellectuelle, voire psychologique (le fait minoritaire) ». Ce poids de l’histoire est particulier au protestantisme français en Europe, victime de persécutions « déchaînée[s] contre lui par l’un des plus puissants États du temps », qui n'a connu d'équivalent en Europe qu'à l'encontre des Covenanters écossais, ou, au XXe siècle, contre les baptistes dans l’URSS stalinienne ».