Par histoire du Mozambique, on entend ici l'histoire des territoires relevant du Mozambique, avant et après l'indépendance de ce pays, acquise en juin 1975.
La préhistoire du Mozambique dans sa période préhistorique est mal connue.
La protohistoire reste méconnue.
La première difficulté réside dans le choix des noms employés pour désigner les populations : les termes utilisés au XXe siècle ont souvent été ceux des colonisateurs européens. Le terme français « Bochimans », par exemple, est dérivé du mot utilisé par les colons néerlandais « bosjesman », et signifiant littéralement « hommes des buissons », « hommes de la brousse » ou « hommes du bush ».
Les colons anglais ont utilisé la traduction littérale « Bushmen ». Ces Bochimans, des chasseurs-cueilleurs, ont été opposés aux Hottentots, autre terme des colons néerlandais, pour désigner des populations, arrivées du nord, de la vallée du Zambèze et au mode de vie plus pastoral, se consacrant à l'élevage d'animaux, à l'agriculture et maîtrisant le travail du fer et ayant une structure sociale plus hiérarchisée.
À la fin du XXe siècle et début du XXIe siècle, une distance est prise à la fois avec le vocabulaire des colons d'origine européenne et avec ce schéma d'opposition, cette dichotomie. Plusieurs termes sont employés mais les chasseurs-cueilleurs installés initialement sont souvent désignés de peuple San, et les populations pastorales de Khoïkhoï.
Il n'est pas confirmé qu'il y ait eu opposition des populations initiales au profit de nouveaux arrivants : comme dans d'autres contrées du monde, il est possible qu'il y ait eu dans un premier temps un processus de néolithisation des populations en place, par l'évolution du mode de subsistance, transmis ensuite des parents aux enfants, sur fond de tradition orale, puis une arrivée d'éleveurs de troupeaux plus importants, qui se traduit par une prédominance culturelle au sein de peuples déjà acquis aux évolutions majeures (élevage, agriculture, travail du fer, etc.), se traduisant notamment dans la langue utilisée.
Parmi les sites archéologiques récents au Mozambique, Manyikeni, Quélimane, Ngalue (en), Chibuene (de), Sena (Mozambique), Sofala, Tete, Zumbo, ou Matola peuvent être cités. Les études archéologiques, mais aussi génétiques et linguistiques, sont utilisés pour comprendre les évolutions les plus anciennes des populations.
De 500 à 1500 : routes commerciales de l'Océan Indien
La présence de routes reliant ce qui est actuellement le Zimbabwe à l'océan Indien favorise l'implantation de nombreux comptoirs commerciaux par les navigateurs indiens, arabes, indonésiens et chinois. Ainsi un capitaine persan, Ibn Shahriyar, dans son Livre des merveilles de l'Inde, rapporte le témoignage d'un marchand arabe du nom d'Ibn Lakis qui, en 945, voit arriver sur la côte du Mozambique « un millier d'embarcations » montées par des Waq-Waqs qui viennent d'îles « situées en face de la Chine » chercher des produits et des esclaves zeng (noirs), mot arabe qui donne à l'époque son nom (zangi-bar, littéralement « côte des Noirs ») à la côte orientale de l'Afrique, appelée au XXIe siècle « côte swahilie ».
Ces échanges existent donc depuis plusieurs siècles lorsque Vasco de Gama, lors de sa première expédition en 1498, reconnaît la côte est de l’Afrique, établissant des contacts avec les Africains après un débarquement dans la baie de Delagoa, sur le site de la future Lourenço Marques, et avec le sultan Mussa Mbiki (en), dirigeant une petite île de la côte africaine faisant face à Madagascar, dans la baie de Mossuril, dont le nom actuel est île de Mozambique. C'est le nom de ce sultan, Mussa Mbiki, qui donne en portugais Moçambique, qui a servi tout d’abord à désigner l’île puis toute la région côtière environnante.
Liste de sites archéologiques en Afrique australe, dont au Mozambique : Manyikeni, Matola, Quélimane, Sena, Sofala (ville ancienne), Tete, Zumbo...
Liste de civilisations de l'Afrique précoloniale
Commerce interrégional par caravanes en Afrique de l'Est
Traite négrière dans le sud-ouest de l'océan Indien
Expéditions navales ottomanes dans l'océan Indien (1509-1589), Raids ottomans sur la côte swahilie (1585-1589)
Histoire du commerce dans l'océan Indien, histoire maritime de l'Inde (en), liste des ports antiques
Sultanat de Kilwa (957c-1513), Chronique de Kilwa (1520)