L’histoire de l'Iran (ou Perse) couvre des milliers d'années, depuis les cultures antiques du plateau iranien, comme l'ancienne civilisation de Jiroft dans la province de Kerman et de Shahr-e Sokhteh (« la cité brûlée ») dans la province de Sistan-et-Baloutchistan. Ces cultures sont suivies par le royaume d'Élam, entre les actuelles provinces du Khouzistan et du Fars, par la civilisation de Lorestan et par la floraison de celle de Marlik dans la province du Guilan. Viennent encore les Mannéens, à l'origine installés au sud du lac d'Orumieh, près de l'actuelle ville de Piranshahr dans la province du Kordestan, qui se sont répandus dans l'ensemble des provinces d'Azerbaïdjan, puis les peuples mèdes et perses qui fondent l'empire achéménide. Enfin arrivent les Parthes, les Sassanides et jusqu'à l'actuelle république islamique d'Iran.
Le territoire actuel de l'Iran a livré des vestiges d'occupation humaine et des vestiges culturels datant du Paléolithique. Des instruments de pierre du Paléolithique inférieur ont été retrouvés dans le Baloutchistan iranien. C'est dans cette région d'Iran qu'a été mise au jour une grande quantité d'outils en pierre qui sont parmi les plus anciens découverts en Iran, ayant un âge estimé à 800 000 ans. Près de Tabriz ont aussi été découverts les vestiges d'un campement de chasseurs qui daterait de cette période.
Cependant, peu de vestiges de cette époque ont été retrouvés du fait du faible nombre de prospections et de fouilles archéologiques réalisées dans la région. Dans de nombreuses régions montagneuses de l'Asie centrale, le dépôt d'importantes couches sédimentaires survenu lors des glaciations du Pléistocène supérieur (fin du Paléolithique) a également contribué à faire disparaître de nombreux sites.
Des grottes occupées pendant le Paléolithique moyen (Qaleh Bozi, Mar Tarik), ainsi que des vestiges moustériens ont aussi été découverts. Des preuves d'une occupation moustérienne ont en effet été retrouvées dans le bassin occidental de la rivière Helmand, et les archéologues espèrent en découvrir d'autres dans cette région qui s'étend jusqu'en Afghanistan. Ces vestiges font partie d'un continuum d'occupation du Moustérien ainsi que des vestiges physiques néandertaloïdes s'étendant depuis la chaîne des Tian Shan à travers l'Asie centrale et le Proche-Orient, le sud de la Russie, l'Europe orientale et occidentale ainsi que le nord de l'Afrique jusqu'à l'Atlantique.
Pendant le Paléolithique supérieur, on constate un développement des arts et l'utilisation de nouvelles méthodes du travail de la pierre dans la grotte de Yafteh du Baradostien, une culture régionale qui précède le Zarzien.
Au nord-ouest de l'Iran, la transition vers une économie de production de biens commence durant le Mésolithique (10 000 ans av. J.-C.), puisqu'il existe un site en ayant les caractéristiques dans la région de la mer Caspienne. À Ghar-e Karmarband ont été découverts des vestiges qui prouveraient l'élevage de porcs sauvages. Parallèlement ont été découverts des restes de gazelles perses, de taureaux sauvages et de rennes. Une sépulture de petite fille a aussi été retrouvée, son corps était peint à l'ocre rouge, et elle portait des pendentifs de pierre polie, d'os et de coquillages, ainsi que des cônes d'argile qui pourraient être parmi les premiers essais d'exploitation de ce matériau, ce qui amènerait plus tard à la poterie. Pendant cette période commencent les premières tentatives de domestication des ovins. Ce processus, commencé pendant le Mésolithique, se serait terminé au début du Néolithique.
Au cours du Néolithique débute le processus de sédentarisation, de production stable d'aliments à travers le développement de l'agriculture et de l'élevage, ainsi que la mise en place de routes commerciales (sur de courtes distances) entre des communautés relativement proches. La société et les arts se développent de façon de plus en plus complexe. L'évolution vers une économie néolithique peut être observée en Iran occidental, dans les monts Zagros avec notamment le site de Ganj Dareh daté entre 10 000 et 9 700 ans, qui donne les premières preuves de domestication de chèvres à partir de 9 900 ans, et au nord de l'Irak, par exemple avec le site de Jarmo.
L'entrée dans le Néolithique est datée en Iran entre le VIIe et le VIe millénaire av. J.-C. Turang Tepe et Yarim Tepe fournissent les preuves que la vallée de Gorgan possédait des centres d'agriculture au VIe millénaire av. J.-C., ainsi que des habitations faites en brique de deux types différents : certaines avec un foyer en hauteur et des murs recouverts de fumée, d'autres sans espaces pour le feu, plus petites avec un sol péniblement rendu lisse. Des figurines d'argile très stylisées ont été découvertes dans ce dernier type d'habitations, ainsi que des ornements d'os et d'obsidienne. Ces cultures auraient eu des contacts étroits avec leurs voisines de Yarim Tepe, Jeitun (sud du Turkménistan) et Tepe Sialk II (près de Kashan au centre de l'Iran), situées à l'extérieur de la vallée de Gorgan.
L'Âge du cuivre, caractérisé par l'apparition d'éléments de cuivre et de céramiques peintes en Susiane (Sud-ouest de l'Iran, sur le territoire de l'actuel Khouzistan) et à Sialk (centre de l'Iran), s'étend en Iran tout au long du IVe millénaire av. J.-C., comme le montrent des restes archéologiques parmi lesquels on trouve des céramiques ayant des formes animales ou abstraites de grande qualité ; certaines de ces pièces avaient apparemment un usage rituel. Les routes commerciales s'étendent à cette époque et des installations urbaines commencent à surgir, dans un processus régional qui se déroule entre l'Anatolie, la Mésopotamie, le Complexe archéologique bactro-margien et la civilisation de la vallée de l'Indus.
Les archéologues commencent à peine à connaître les origines des civilisations installées sur cette terre comme la civilisation de Jiroft datant d'il y a 5 000 ans. Elle est voisine de la civilisation proto-élamite, centrée sur Anshan (Tell-e Malyan), actuellement dans le Fars, dont l'écriture particulière (peut-être attribuable en fait à la civilisation de Jiroft) est attestée à Tepe Yahya dans le Fars, Tepe Sialk, Tepe Ozbaki (près de Téhéran), et même à Shahr-e Sokhteh dans le Séistan.
Les Sumériens sont aussi opposés au royaume d'Aratta, qui apparaît dans plusieurs légendes mettant en scène les rois d'Uruk, préfigurant les conflits des périodes historiques entre l'Élam et les royaumes mésopotamiens.
L'Iran entre dans l'histoire avec le royaume élamite, successeur de la période proto-élamite (dont l'écriture n'est toujours pas comprise), qui atteste d'une très grande longévité, puisque c'est une puissance notable de la fin du IIIe millénaire, jusqu'au milieu du Ier millénaire, quand son héritage est repris par l'Empire perse naissant. Le royaume élamite est centré sur les villes d'Anshan (Tell-e Malyan) dans le Fars, en pays proprement élamite, et Suse, qui est à la jonction entre les zones élamite et mésopotamienne, et sert de lien entre les deux. Ses souverains ont laissé des inscriptions dans les langues mésopotamiennes (sumérien et akkadien, écrits cunéiformes), mais ils ont aussi adapté l'écriture cunéiforme à leur langue dès le XXIVe siècle av. J.-C. au moins. L'apogée de ce royaume est le IIe millénaire av. J.-C., notamment aux XVIIIe et XIIe siècles av. J.-C., quand certains de ses rois réussissent à dominer temporairement la Mésopotamie (nominalement ou effectivement). D'autres royaumes iraniens sont connus par les sources mésopotamiennes, en plus d'Aratta mentionnée plus haut : Awan, Simashki, et Zabshali, liés à l'Élam, Hamazi dans le Zagros occidental et Marhashi, situé plus à l'est.
C'est au cours du IIe millénaire av. J.-C. (la date précise est encore débattue) qu'arrivent sur le plateau iranien divers peuples, provenant d'Asie centrale. Ces peuples iraniens parlaient une variété de dialectes du vieux-perse, une des langues iraniennes appartenant à la famille des langues indo-européennes, apparentées à l'avestique et au sanskrit védique.