L'histoire de l'Afrique du Sud est très riche et très complexe du fait de la juxtaposition de peuples et de cultures différentes qui se succèdent et se côtoient depuis la Préhistoire. Le peuple San y est présent depuis au moins 25 000 ans et les Bantous depuis au moins 1 500 ans. Les deux peuples auraient généralement cohabité paisiblement. L'histoire écrite débute avec l'arrivée des Européens, en commençant par les Portugais qui décident de ne pas coloniser la région, laissant la place aux Néerlandais. Les Britanniques contestent leur prééminence vers la fin du XVIIIe siècle, ce qui mènera notamment au Grand Trek afrikaner et, à la fin du XIXe siècle, aux deux guerres anglo-boer. Le XXe siècle est marqué par le système législatif séparatiste et ségrégationniste de l'apartheid puis par l'élection de Nelson Mandela, premier président noir d'Afrique du Sud, à la suite des premières élections nationales multiraciales au suffrage universel organisées dans le pays.
L'histoire la plus ancienne est mal connue en raison notamment de l'absence d'écrits et de la difficulté à dater les évènements concernant un territoire étendu et peu peuplé.
Des découvertes archéologiques, dont celle de l'enfant de Taung en 1924, ont permis d'affiner la compréhension des genres Australopithecus, Paranthropus et Homo, faisant de l'Afrique du Sud un des foyers de l'hominisation. De nombreux fossiles, trouvés dans les grottes de Sterkfontein, Swartkrans, Kromdraai et Makapansgat, indiquent que des australopithécinés vivaient sur le plateau du Highveld il y a environ 2,5 millions d'années. Il est généralement admis que Homo sapiens, l'humain moderne, remplace Homo erectus il y a environ 100 000 ans. Des fossiles controversés, trouvés sur le site des grottes de la rivière Klasies, dans la province du Cap-Oriental, indiqueraient que l'humain moderne vivait en Afrique du Sud il y a plus de 90 000 ans.
L'Afrique du Sud compte également de nombreux sites du Middle Stone Age tels que Blombos, Diepkloof ou Border Cave. Ces sites ont livré des vestiges interprétés comme des indices de l'émergence de la modernité culturelle : blocs d'ocre gravés, perles en coquillage (Blombos), coquilles d'œuf d'autruche incisées (Diepkloof), os incisés (Border Cave).
L'historiographie sud-africaine a longtemps été largement eurocentrée, relatant majoritairement les faits postérieurs aux premières explorations européennes. Elle a aussi longtemps été très ethnicisante, retranscrivant de manière isolée et essentialisante l'histoire des différents groupes qui font l'Afrique du Sud, masquant ainsi les phénomènes de passage et d’échange entre ceux-ci. L'opposition entre une Afrique du Sud précoloniale « brune » à l’ouest, habitée par des populations khoesan et une Afrique du Sud « noire » à l’est, peuplée de populations bantou va par exemple irriguer au XIXe et XXe siècles l’opposition entre « Coloureds » et « Noirs Africains ». En opposition à cette vision de l'histoire, à partir des années 1970, des chercheurs questionnent les frontières de ces catégorisations en mettant en lumière les processus d'interconnexion et d'échange entre groupes. S'il est nécessaire de parler de l'histoire des Khoikhoi, des San ou des Bantou pour comprendre l'Afrique du Sud précoloniale, il faut donc également aborder ces catégorisations avec précaution en n'oubliant pas qu'elles sont des constructions socio-historiques.
Les recherches historiques ont permis d'établir qu'avant l'expansion des agriculteurs bantou vers 1600-1 700 ans AP, l'Afrique du Sud actuelle était majoritairement habitée par des populations Khoisan. Le terme « Khoisan » (ou « Khoïsan », ou « Khoesan ») est un mot composé inventé dans les années 1920 par l'anthropologue allemand Leonhard Schultze (en). Il est dérivé des noms des deux groupes dans lesquels les Khoisan sont traditionnellement classés : les Khoikhoi qui élevaient des bovins et des moutons, et les San chasseurs-cueilleurs. Malgré les différences liées à leurs modes de subsistance, les groupes khoisan, par ailleurs très divers, partagent un grand nombre de traits communs en matière d'organisation territoriale, de relations entre les genres, de parenté, de rituels, de langues et de cosmologie.
La culture de populations de chasseurs cueilleurs San est attestée depuis environ 20 000 ans AP. Il est difficile de reconstituer précisément l'histoire et l'évolution de ces groupes répartis aujourd'hui majoritairement sur les territoires désertiques et semi-arides des actuels Afrique du Sud, Namibie et Botswana. Les San seraient actuellement environ 100 000 en Afrique australe et certaines sources mentionnent le fait que leur nombre n'a jamais excédé une cinquantaine de milliers d'individus sur le territoire de l'actuelle Afrique du Sud. Ces chasseurs-cueilleurs n'ont, en termes modernes, laissé presque aucune empreinte écologique, excepté des peintures rupestres. Il existe un débat entre historiens (nommé le « débat du Kalahari ») pour savoir si les San ont toujours majoritairement habité les zones désertiques ou s'ils y ont été repoussés sous les effets de la colonisation.
Le terme de « San » est un exonyme d'origine Khoikhoi dont le sens étymologique est aujourd'hui partiellement masqué. Certaines sources avancent que cette désignation serait plutôt péjorative et stigmatisante d'autres expliquent qu'elle pourrait signifier, en écho à leur statut de chasseurs cueilleurs, « ceux qui ramassent ». Les San se désignent eux par les noms des différents groupes qu'ils composent : !Kung, ǀXam, ǂKhomani, Nǀu, Gǀanda, Domkhoe, Kǀhessákhoe, Gani, Tanne, Tsʼexa, Ncoakhoe, ǂHaba, Tsoa, Cire Cire, Deti, Ganádi, Shwakhwe, Nǀookhwe, Kǀoreekhwe, ǁʼAiye, ǀTaise, Tshidi, Danisi, Cara, ǀXaio, Auen, Kua, Xgana et Cgui, etc. Bien qu'imparfaite la désignation englobante de San est aujourd'hui préférée au terme animalisant de « Bochiman » (en anglais « Bushmen », littéralement « homme des bois ») introduit lors de la colonisation européenne.
Contrairement à une idée répandue, les San ne sont majoritairement pas nomades. Des travaux anthropologiques sur le groupe San des !Kung ont permis de montrer qu'ils vivent en « bandes » d'environ 25 personnes, au plus près des points d'eau permanents et se dispersent pendant la saison humide pour exploiter un territoire plus vaste. Chaque « bande » exploite une zones définie par un réseau de points d'eau et l'accès à des ressources végétales et animales.
Vers 2500 - 2 000 ans AP, des éleveurs semi-nomades khoïkhoï, et peut-être dans un premier temps seulement leur culture, se diffusent sur le territoire actuel de l'Afrique du Sud dans un processus de néolithisation (c'est-à-dire d'introduction d'animaux domestiques, de techniques d'élevage et de production de céramiques). Avant que la colonisation et l'épidémie de variole de 1713 ne viennent profondément perturber les sociétés khoïkhoï, les voyageurs et colons européens des XVIIe et XVIIIe siècles décrivent des populations vivant en villages (appelés kraal en afrikaans) dont les huttes hémisphériques délimitent un espace central servant d'enclos à bétail. Les huttes sont constituées de nattes appliquées sur une armature de branches et sont facilement démontables et transportables à dos de bœuf lors des transhumances entre pâturages d'été et d'hiver. Les Khoïkhoï se regroupent en groupes plus larges à certaines occasions et migrent parfois vers d'autres territoires. Au XVIIe leur nombre est évalué entre 100 000 et 200 000 personnes, réparties en différents groupes formant une chaine de sociétés plus ou moins interconnectées et qui se sont probablement formés par segmentation successives de lignages.
Les Européens qualifieront ces éleveurs khoïkhoï d'« Hottentots », terme aujourd'hui considéré comme dépréciateur et insultant.
Si le terme de Khoisan est contesté étant donné qu'il rassemble des populations fortement hétérogènes, son utilisation permet de penser ensemble des groupes qui partagent certaines caractéristiques communes.
La première de ces caractéristiques est la langue. Les linguistes ont en effet identifié une famille de langues khoisan (cf. carte ci-contre) composée de quatre sous-groupes (Khoe, !Kung, !Ui-Taa, ≠Hõã). Bien que les experts aient du mal à reconstituer l'histoire de cette famille, dont la grande diversité fait douter certains de leur parenté, l'existence de clics plaide en faveur d'une langue originelle commune (dont l'aire d'influence a potentiellement pu s'étendre au-delà de la seule Afrique australe comme le laisse supposer la présence de possible isolat en Tanzanie actuelle).