L’histoire de Madagascar désigne l’histoire humaine de ce pays insulaire situé dans la partie occidentale de l'océan Indien, au sud-est de l'Afrique ; pour l’histoire naturelle, voir « géologie de Madagascar », « flore de Madagascar » et « faune de Madagascar ». L'île de Madagascar fait partie du continent africain et la république malgache est donc membre de l'Union africaine. La population de Madagascar est principalement issue d'apports africains, austronésiens et sémitiques.
Origines de la population malgache actuelle
Les découvertes archéologiques permettent d'envisager une première présence de l'espèce humaine à Madagascar il y a environ 8 000 ans. Compte tenu de l'histoire du peuplement africain, il est possible que ces premières populations aient été apparentées aux actuels Khoïsan mais du point de vue génétique et linguistique, rien ne prouve qu'elles se soient maintenues et qu'elles aient contribué au peuplement ultérieur de l'île.
En revanche, les études génétiques, linguistiques et historiques indiquent de manière concordante qu'une partie du peuplement malgache est d'origine austronésienne, (îles de la Sonde) et une autre partie d'origine africaine.
Linguistiquement, le lexique du malgache est composé de 90 % de vocabulaire austronésien. La langue malgache est issue du proto-austronésien, appartenant à la branche proto-malayo-polynésienne (proto-MP) et à la sous-branche proto-Sud-Est barito (proto-SEB) qui partage ces mêmes bases anciennes communes avec les langues dayak actuelles du groupe barito de Bornéo Sud telles que le ma'anyan, dusun deyah, dusun malang, dusun witu et paku actuels.
Une partie du fonds culturel malgache est de type austronésien : coutumes anciennes (comme celle d'ensevelir les défunts dans une pirogue que l'on coule dans la mer ou dans un lac), agriculture sur brûlis (culture du taro-saonjo, de la banane, de la noix de coco et de la canne à sucre), architecture traditionnelle en matériaux végétaux, maisons à base carrée ou rectangulaire sur pilotis), musique (instruments comme la conque marine antsiva, le tambour de cérémonie hazolahy, le xylophone atranatrana, la flûte sodina ou encore la valiha) et danse (notamment la « danse des oiseaux » que l'on retrouve à la fois au centre et dans le Sud).
Selon les études génétiques récentes, « les populations Malgaches montrent un mélange génétique d'environ 68% d'ascendance Africaine et 32% d'ascendance Asiatique ». Toutefois les origines exactes des apports sont encore floues. Un « motif polynésien » (ADN mitochondrial/haplogroupe B/sous-groupe B4a1a1a2) commun et unique au monde a été décelé au sein de différentes ethnies malgaches distantes géographiquement et endogames historiquement tels que les Vezo et les Andriana Merina (cette altération du « motif polynésien » d'origine, commune et propre aux Malgaches, a été baptisée « motif malgache » par les chercheurs en génétique).
Sur le plan morphologique les apports du Sud-Est asiatique pourraient être à l'origine des caractéristiques xanthodermes communes à la majorité de la population de l'île, décrite en 1940 par le professeur Nirinjanahary, et du pli épicanthique de la paupière supérieure qui « bride » les yeux de nombreux Malgaches des côtes ou des hauts plateaux, et dont la peau peut être claire, sombre ou cuivrée.
Il existe différentes hypothèses sur la succession des établissements humains historiques dans l'île, et la question reste sujette à débat scientifique, par exemple, si les primo-arrivants sont austronésiens ou africains.
Certaines théories anciennes ont été influencées par l'idée selon laquelle les populations africaines auraient été incapables de naviguer vers l'île, auquel cas elles seraient arrivées tardivement. Dans ce cas, les populations austronésiennes dont la maîtrise ancienne de la navigation est bien connue (notamment dans le Pacifique) seraient arrivées les premières.
Cependant, on sait aujourd'hui que les populations de la côte africaine orientale avaient également une bonne connaissance de la navigation à des dates anciennes, y compris antérieures à l'arrivée des peuples austronésiens.
Au tout début du peuplement austronésien, appelé « période paléomalgache », les arrivants Vahoaka Ntaolo (du proto-Malayo-Polynésien (PMP) *va-waka = « embarcation », proche du mot malgache vahoaka = « peuple », et Ntaolo du proto-austronésien *tau - ulu - « les hommes premiers », « les anciens », de *tau-hommes et ulu- tête, premier, origine, début) se subdivisèrent, selon leurs stratégies de subsistance, en deux grands groupes : le nom Vazimbas (Vazimba, de *ba/va-zimba- « ceux de la forêt », de *zimba-"forêt" en proto-barito du Sud-Est, aujourd'hui barimba ou orang rimba en malais) désigna alors ceux qui s'installèrent dans les forêts de l'intérieur et le nom Vezo (de *ba/va/be/ve-jau, « ceux de la côte » en proto-malayo-javanais, aujourd'hui veju en bugis et bejau en malais, bajo en javanais) ceux qui choisirent le littoral.
Le qualificatif Vazimba désignait donc à cette période les Ntaolo chasseurs-cueilleurs austronésiens, qui décidèrent de s'établir dans la forêt, notamment dans les forêts des hauts plateaux centraux de la grande île et celles de la côte Est et Sud-Est, tandis que les Vezo étaient les Ntaolo pêcheurs qui restèrent sur les côtes de l'Ouest et du Sud (probablement les côtes du premier débarquement).
Les anciennes traditions orales malgaches relatent que les Vazimbas chasseurs-cueilleurs seraient les premiers habitants de l'île. Le mot austronésien vazimba désignant les « habitants de la forêt » d'une manière générale (y compris les Austronésiens eux-mêmes) il n'est pas à exclure que d'autres humains vazimba aborigènes aient habité dans les forêts de Madagascar avant l'arrivée des vazimba austronésiens, ce qui pourrait expliquer le mythe des « vazimba nains » que les vahoaka ntaolo austronésiens auraient rencontrés et assimilés (ou peut-être décimés) à leur arrivée au Ier millénaire avant notre ère. Les hypothèses ont foisonné à ce sujet : descendants de premiers habitants préhistoriques de type khoïsan ou mélanodermes insulaires de petite taille, aucune n'a pu être confirmée par la phénologie, la génétique ou l'ethnologie comparées et par ailleurs, le mythe des « vazimba nains » a aussi pu être amené par les Austronésiens à partir des îles de la Sonde d'où ils sont venus, et où des populations de type « négrito » (orang asli en malais) ont effectivement existé. Du point de vue des phénotypes, si les populations des hautes terres (Merina, Betsileo, Bezanozano, Sihanaka), plus endogames, présentent des phénotypes majoritairement austronésiens (mongoloides sondadontes), on remarque aussi parfois les phénotypes australoïde et negrito partout à Madagascar (différents du phénotype est-africain bantou et caractérisés par de petites tailles) mais rien ne prouve qu'ils soient aborigènes car ils existent aussi en Insulinde.
Arrivés probablement sur la côte Ouest ou Nord-Ouest de Madagascar en pirogue à balancier (waka) il y a 2 000 ans — selon les archéologues. —, ces pionniers austronésiens sont appelés par tradition orale malgache : Vahoaka-Ntaolo soit « ceux des bateaux » ou « peuple navigateur », terme signifiant simplement aujourd'hui le « peuple » en malgache.
Concernant la raison de la venue des austronésiens, l'histoire de l'océan Indien du début du premier millénaire de notre ère est encore très mal connue. On peut seulement supposer que l'île de Madagascar jouait un rôle important dans le commerce, notamment celui des épices et du bois rare, entre l'Asie du Sud-Est et le Moyen-Orient, directement ou via les côtes africaines.
Les immigrations de la fin du premier millénaire et du début du second (de -700 à 1500)
Dès le milieu du premier millénaire jusqu'à 1500 environ, les Vazimba de l'intérieur autant que les Vezo des côtes accueillirent de nouveaux clans immigrants, connus en malgache par les noms d'origine austronésienne Vahiny ou Vazahas (*va-hiny "les visiteurs", *va-zaha-"ceux qui visitent/cherchent") : moyen-orientaux (Persans Shirazis, Arabes Sabatéens ou Omanais, Juifs mizrahim), est-africains (Bantous) et orientaux (Indiens Gujaratis ou Mahalayams, Javanais, Bugis et autres Malais) qui s'intégrèrent et s'acculturèrent aux sociétés Vézo et Vazimba.