En France, on appelle guerres de Religion les huit guerres civiles d'origine religieuse qui se sont succédé dans le royaume de France de 1562 à 1598, opposant partisans du catholicisme et partisans du protestantisme (les « huguenots ») dans des opérations militaires pouvant aller jusqu'à la bataille rangée. Les catholiques sont en général soutenus par le pouvoir royal et son armée, mais les deux camps disposent de leurs propres forces militaires, la noblesse française étant divisée entre les deux confessions, y compris la haute noblesse.
Le fondement religieux de cette division est le mouvement de réforme de l'Église catholique commencé en 1517 par le moine allemand Martin Luther, excommunié et mis au ban de l'Empire en 1520, mais qui, soutenu contre l'empereur Charles Quint par plusieurs princes allemands (surnommés « protestants » à partir de 1529), est à l'origine d'un long conflit dans le Saint-Empire, conclu en 1555 par la paix d'Augsbourg qui permet à chaque prince de choisir la confession de ses États, selon le principe du cujus regio, ejus religio. En France, le protestantisme, réprimé dès les années 1520, ne se développe que dans les années 1540 avec le calvinisme, lancé par le Français Jean Calvin, chef religieux des réformés (calvinistes) français.
À la fin du règne d'Henri II, il se forme deux factions : une protestante et une catholique. L'affaiblissement du pouvoir royal après la mort d'Henri II, sous la régence de Catherine de Médicis, accentue l'antagonisme entre protestants et catholiques qui dégénère en guerre civile. Les conflits se succèdent dès lors, entrecoupés de périodes de paix précaire, après la promulgation d'un édit de pacification autorisant plus ou moins le culte protestant. Les plus extrémistes, notamment la famille de Guise qui dirige la faction catholique, refusent cette solution.
La huitième guerre de Religion est particulièrement longue et violente, car dès 1584, il s'agit pour la faction catholique devenue un parti (la Ligue catholique) d'empêcher Henri de Navarre, chef de la faction protestante, de devenir roi de France à la mort d'Henri III. Après l'assassinat du roi en 1589 par Jacques Clément, un frère mendiant, catholique radical, le roi protestant Henri IV monte sur le trône avec le soutien d'une partie de la noblesse catholique. Ce n'est cependant qu'après sa conversion au catholicisme (1593) et au bout de neuf ans de combats qu'a lieu la reddition des derniers rebelles : vainqueur le 28 mars 1598 du duc de Mercœur retranché dans Nantes, Henri IV promulgue en avril le huitième édit de tolérance, l'édit de Nantes, qui, cette fois, est respecté.
Par la suite, le siège de La Rochelle et la paix d'Alès, en 1629, privent les protestants de leur potentiel militaire. En 1685, l'édit de Fontainebleau révoque l'édit de Nantes (1598), constatant que « la meilleure et la plus grande partie de nos sujets de ladite Religion Prétendue Réformée ont embrassé la catholique […] ». Les persécutions continuent avec la guerre des Camisards au début du XVIIIe siècle, jusqu'à leur suspension par Louis XVI en 1787 (édit de Versailles).
Contexte des guerres de Religion
L'Église catholique est confrontée depuis les années 1520 au mouvement de la Réforme, d'abord incarné par le moine allemand Martin Luther (à partir de 1517), très puissant dans l'Empire dès les années 1520 (paix d'Augsbourg, 1555), puis par le Français Jean Calvin, dont la doctrine touche les cantons suisses, les provinces des Pays-Bas, l'Écosse et la France.
En France, le calvinisme pénètre une partie importante de la noblesse, y compris la haute noblesse, entraînant un vaste mouvement de conversion d'une partie de la noblesse française à partir de 1555, ainsi que certaines villes, particulièrement dans le sud (La Rochelle, Montauban, Nîmes) et l'ouest (Saumur, Fontenay-le-Comte) et dans certaines régions (Cévennes). François Ier puis Henri II ont mené une politique répressive mais n'ont pas réussi à juguler le protestantisme.
Les catholiques sont divisés entre les partisans de la tolérance (acceptant en particulier la liberté de conscience), issus de l'humanisme érasmien, et les partisans de la répression de ce qu'ils considèrent comme une hérésie. Un des enjeux de cette division est la liberté du culte (public) à accorder aux protestants. Pour les intransigeants, si un culte public est autorisé, ce ne peut en aucun cas être à l'intérieur des villes (l'édit de Nantes énumère les villes où le culte protestant ne peut avoir lieu que hors les murs, voire à une certaine distance). Le massacre de la Saint-Barthélemy (1572) est pour une part issu de la révulsion des catholiques parisiens au spectacle de la noblesse protestante venue assister au mariage de l'hérétique Henri de Navarre avec la catholique Marguerite de Valois (Henri est d'ailleurs contraint d'abjurer le protestantisme pour échapper au massacre).
Du côté protestant, il y a aussi des intransigeants mais étant donné que les protestants sont minoritaires dans la population, ils sont moins influents que dans le camp catholique.
L'affaiblissement du pouvoir royal
Ces troubles coïncident avec un affaiblissement de l’autorité royale, alors que François Ier et Henri II avaient mis en place un régime qui ne souffrait aucune contestation de leur pouvoir.
Lorsqu'Henri II meurt accidentellement le 10 juillet 1559, à l'âge de 40 ans, il laisse quatre fils encore très jeunes : François (1544-1560), Charles (1550-1574), Henri (1551-1589) et François-Hercule (1555-1584).
Le règne de François II est très court. La reine-mère Catherine de Médicis (1519-1589) devient officiellement régente à l'avènement de Charles IX, encore très jeune, et continue de jouer un rôle important par la suite. Entre les deux camps opposés, Catherine de Médicis hésite entre tolérance et répression.
Parallèlement, l'absence d'héritier mâle chez les enfants d'Henri II fragilise encore la royauté, surtout sachant que le premier prince du sang à partir de 1562 (mort d'Antoine de Bourbon) est Henri de Navarre, dont la mère, Jeanne d'Albret, est une calviniste convaincue. Ce problème deviendra crucial dans les années 1580.
Le caractère encore féodal du pays apparaît nettement avec l'indépendance croissante des princes et des partis qui augmentent dangereusement le réseau de leurs clientèles.
Les États généraux, réunis à quatre reprises (1560, 1561, 1576, 1588) sous les derniers Valois, sont l'expression de cet affaiblissement de l'autorité royale puisque le roi tente d'obtenir l'appui de ses sujets pour pouvoir faire respecter ses décisions. À cette occasion, le pouvoir royal est remis en cause par des hommes de loi et des lettrés[réf. nécessaire] qui aspirent à une subordination du roi à l'égard de ces assemblées. C'est par exemple le cas de François Hotman, penseur calviniste auteur de la Franco-Gallia en 1573, après le massacre de la Saint-Barthélemy.
Les rois successifs étant en minorité, trois clans nobiliaires, liés par divers liens de famille, tentent de s’imposer pour contrôler le pouvoir royal. Ces trois clans s'identifient plus ou moins à une tendance religieuse : les ultra-catholiques (Guise) ; les catholiques modérés (Montmorency) ; les protestants (Bourbon, et leur branche cadette des Condé ; Châtillon-Coligny).