La guerre du Sonderbund (en allemand : Sonderbundskrieg) est une guerre civile à caractère sécessionniste en Suisse et qui s'est déroulée du 3 au 29 novembre 1847. Le Sonderbund, ligue composée de cantons catholiques conservateurs sécessionnistes, s'oppose dans ce conflit à la plupart des autres cantons du pays qui défendent la Confédération suisse, tandis que certains cantons restent neutres. L'issue du conflit joue un rôle clé dans l'émergence de la Suisse moderne en tant qu'État fédéral.
La Suisse du début du XIXe siècle est marquée par des tensions religieuses et politiques entre cantons. Les cantons conservateurs catholiques sont en opposition avec les radicaux. Ainsi, en 1841, plusieurs couvents sont fermés par les radicaux en Argovie. Le parti radical travaille ainsi au renforcement du pouvoir fédéral, tandis que des Corps-Francs tentent des coups de main contre les cantons catholiques, comme la tentative d'invasion du canton de Lucerne par Ulrich Ochsenbein avec 3 500 volontaires le 31 mars 1845, qui échoue face à la résistance des troupes cantonales.
Le 11 décembre 1845, sept cantons conservateurs à majorité catholique (Uri, Schwytz, Unterwald, Lucerne, Zoug, Fribourg et le Valais) s'unissent dans une coalition politique et militaire appelée Sonderbund. Le pacte, d'abord secret, est révélé en juin 1846.
Le 20 juillet 1847, la Diète fédérale vote une motion de dissolution de la coalition, approuvée par une majorité de 12 cantons, refusée par les cantons du Sonderbund. Sur la proposition du canton de Zurich, la Diète tente une ultime médiation pour éviter le conflit armé en envoyant, auprès du gouvernement de chacun des membres de la coalition, deux représentants (un catholique et un protestant) porteurs d'une invitation à renoncer à l'alliance.
Le commandement de l'armée du Sonderbund est pendant longtemps sans chef militaire. L'homme fort de la coalition, le Lucernois Constantin Siegwart-Müller, pense tout d'abord à un étranger (les noms du Polonais Dezydery Chłapowski ou de l'Autrichien Frédéric Charles de Schwarzenberg (de) sont évoqués), mais le conseil de l'alliance impose un commandant suisse. Le général Ludwig von Sonnenberg, puis le colonel Philippe de Maillardoz sont proposés puis refusés au profit du colonel Guillaume de Kalbermatten qui est élu, mais qui refuse le poste (il dirigera ensuite les troupes valaisannes). C'est finalement le colonel grison Jean-Ulrich de Salis-Soglio qui est élu et qui prête serment le 15 janvier 1847. Il nomme comme chef d'état-major Franz von Elgger. Bien que Salis-Soglio soit protestant, son conservatisme et son refus du libéralisme incarné par le Parti radical-démocratique, à l'influence grandissante au niveau confédéral, expliquent son ralliement au Sonderbund.
La levée des troupes du Sonderbund fait l'objet d'une consultation populaire (Landsgemeinde) à Schwytz (le 26 septembre), Uri et Zoug (le 3 octobre), Nidwald, Obwald et le Valais (le 10 octobre). Seuls les cantons de Lucerne et de Fribourg n'ont pas procédé à une consultation. Le 16 octobre, le premier ordre de mobilisation est donné, qui sera terminé le 19 octobre.
Dans le même temps, plusieurs travaux de fortification et de défense sont entrepris dans les cantons coalisés, en particulier dans le canton du Valais où les troupes commandées par Kalbermatten sont massées dès la fin du mois d'octobre entre Saint-Maurice et Saint-Gingolph dans le but de préparer une invasion du Chablais vaudois.
Le 21 octobre 1847, le Genevois Guillaume Henri Dufour est désigné général par la Diète fédérale comme commandant en chef des armées, malgré sa réticence et la pression du canton de Berne pour faire nommer Ulrich Ochsenbein à ce poste. Dufour accepte formellement le poste le lendemain dans une lettre à la Diète dans laquelle il affirme « ...je m'efforcerai de maintenir l'ordre et la discipline dans les troupes fédérales [...] de tout faire pour adoucir les maux inséparables d'une guerre ».
Le 24 octobre, au moment de prêter serment devant la Diète, Dufour demande des explications à propos de ses instructions (rédigées en allemand) et, à la suite d'une remarque peu amène du député vaudois Jules Eytel, refuse son mandat et claque la porte. Deux séances à huis clos ainsi que l'envoi d'une délégation au Genevois sont nécessaires pour que celui-ci revienne sur sa décision et prête finalement serment le 25.
Après avoir publié une proclamation le 26 octobre, Dufour nomme comme commandants de divisions : Peter Ludwig von Donatz (Grisons), Johannes Burckhardt et Eduard Ziegler (Argovie) pour le parti conservateur et Louis Rilliet de Constant (Vaud), Dominik Gmür, Giacomo Luvini (Tessin) et Ochsenbein (Berne) pour les radicaux. Le 30 octobre, la Diète ordonne la mobilisation générale de l'armée et, le 4 novembre, l'exécution par la force de l'arrêté sur la dissolution du Sonderbund.
La stratégie mise en place par Dufour est basée sur la rapidité d'action et l'attaque uniquement en forces largement supérieures, « successivement contre Fribourg, Lucerne, puis le Valais ».
À la fin de la guerre, la Diète le récompense en lui faisant un don de 40 000 francs.
Le canton de Neuchâtel (canton royaliste et conservateur) et Appenzell Rhodes-Intérieures (canton à fort pourcentage de population catholique) se déclarent officiellement neutres. Ils refusent de mettre des troupes à disposition des Confédérés, ce qui irrite certains dirigeants.
Le canton de Vaud en particulier, soupçonne Neuchâtel de soutenir en secret le Sonderbund. Plusieurs incidents éclatent, en particulier la capture d'un bateau à vapeur neuchâtelois par les Vaudois. Le colonel Rilliet-Constant va même, le 29 octobre, demander par écrit à Dufour l'autorisation de marcher sur Neuchâtel. Le général refuse, mais demande au colonel de combler le manque en hommes causé par la défection neuchâteloise en mobilisant des soldats vaudois supplémentaires.
Le 30 octobre, la Diète fédérale somme le canton de Neuchâtel de fournir son contingent, ce que le canton refuse. C'est finalement le roi Frédéric-Guillaume IV de Prusse (prince de Neuchâtel) qui résout le problème en proclamant la principauté « neutre et inviolable » pendant le temps des hostilités.
Le canton de Bâle-Ville résiste un temps aux demandes de la Diète, mais finit par céder et fournit son contingent le 6 novembre, soit deux jours après le début officiel des hostilités.
La première manœuvre est le fait du Sonderbund. Dans le double but d'empêcher la jonction des troupes tessinoises de Luvini et grisonnes d'Eduard de Salis-Soglio (le propre frère du général insurgé) et d'assurer la liaison entre la Suisse centrale et le Valais par le col de la Furka, les troupes uranaises s'emparent sans résistance du col du Saint-Gothard. Les journaux locaux publient alors plusieurs communiqués triomphants, annonçant la coupure du Tessin du reste de la Suisse. Les premiers morts de la guerre surviennent le 4 novembre, un officier et un soldat uranais sont tués par les Tessinois.
À partir du 7 novembre, les troupes du Sonderbund se préparent à lancer une seconde offensive dans la région argovienne du Freiamt. Après avoir détruit un pont sur la Reuss, les troupes, commandées directement par von Salis-Soglio et von Elgger, pénètrent le 12 dans le territoire argovien avec pour but de couper l'armée fédérale et desserrer l'étau fribourgeois. Cependant, après quelques avancées initiales, ils sont stoppés par Ziegler lors des batailles de Geltwil et Lunnern et se retirent avec pertes sur le canton de Lucerne.