La guerre du Sahel, aussi appelée le conflit armé au Sahel, l'insurrection islamiste au Sahel, ou l'insurrection djihadiste au Sahel, est un conflit armé opposant les États de la région du Sahel — en particulier le Mali, le Niger, la Mauritanie, le Burkina Faso et le Tchad — et leurs alliés à des groupes salafistes djihadistes liés à al-Qaïda ou à l'État islamique.
Ce conflit est une conséquence indirecte de la décennie noire de la guerre civile algérienne (1992-2002).
À la recherche de bases arrière, les rebelles islamistes algériens décident de s'implanter dans le désert à partir du début des années 2000. Progressivement, ces derniers finissent par mener des actions de guérilla, de terrorisme et des prises d'otages dans la région ; surtout, ils tissent peu à peu des liens avec les populations locales et diffusent l'islamisme radical qui finira par aboutir au recrutement d'autochtones, voire à la naissance de nouveaux mouvements très ancrés localement tels qu'Ansar Dine, le MUJAO ou encore la katiba Macina.
La France intervient militairement en soutien aux États de la région : d'abord au Mali en 2013 avec l'opération Serval, puis dans l'ensemble du Sahel de 2015 à 2022 avec l'opération Barkhane.
Début de l'implantation djihadiste au Sahel
Dès le milieu des années 1990, au moment de la guerre civile algérienne, des rebelles islamistes algériens nouent des contacts avec des trafiquants du nord du Mali et du Niger afin de bénéficier d'un soutien logistique en carburant, en vivres et en pièces de rechange. Mais les djihadistes s'implantent véritablement dans le Sahel à partir de 2003. Mokhtar Belmokhtar, le chef du Groupe salafiste pour la prédication et le combat (GSPC) dans le sud de l'Algérie est alors en difficulté contre les troupes de l'armée nationale populaire. En décembre 2002, après une embuscade près d'In Salah, où plusieurs de ses hommes sont tués, Belmokhtar choisit de franchir la frontière et de se réfugier au Mali. Il gagne Lerneb, près de la frontière mauritanienne et noue une alliance avec la tribu arabe des Bérabiches en épousant une fille de l'influente famille des Hamaha de la chefferie des Oulad Idriss. Belmokhtar enrichit sa belle-famille et dispose désormais d'une assise locale, il bénéficie d'une protection de la tribu et trouve les moyens de blanchir son argent. Par la suite, d'autres djihadistes suivent son exemple, notamment Nabil Abou Alqama. Le gouvernement malien, qui ne tient pas à s'attirer l'hostilité des djihadistes, ne réagit pas.
En 2003, les premières prises d'otages d'occidentaux commencent. En février et en mars, 32 touristes, majoritairement Allemands et Autrichiens, sont enlevés par Abderazak el Para, qui pour échapper à l'armée algérienne choisit de se réfugier au Mali. Les otages sont divisés en plusieurs groupes, certains sont délivrés par les militaires algériens, d'autres sont confiés à Mokhtar Belmokhtar. Des négociations sont engagées entre les ravisseurs et deux notables envoyés par le gouvernement malien ; Iyad Ag Ghali et Baba Ould Cheikh. À l'issue des discussions, les otages sont relâchés le 18 août en échange d'une rançon de cinq millions d'euros qui enrichit considérablement les djihadistes et va les pousser à poursuivre ce type d'action.
De son côté, Abderazak el Para se rend au Tchad, mais traqué par l'armée nationale tchadienne aidée par les renseignements américains, il s'enfuit vers le nord et est capturé le 16 mars 2004 par des rebelles toubous du Mouvement pour la démocratie et la justice au Tchad (MDJT). En 2004, il est remis aux Libyens qui eux-mêmes le remettent aux Algériens.
Le 4 juin 2005, en représailles à une série d'arrestations d'islamistes mauritaniens et en raison de la participation annoncée de l'armée mauritanienne à des manœuvres militaires coordonnées avec l'armée américaine dans le Sahara, Mokhtar Belmokhtar attaque la caserne militaire de Lemgheity, en Mauritanie : 17 soldats mauritaniens sont tués et 35 faits prisonniers, puis relâchés. Le combat de Lemgheity a un certain retentissement du côté des djihadistes. Au nom d'Al-Qaïda, Abou Moussab Al-Zarqaoui, le chef d'Al-Qaïda en Irak, félicite notamment les « moudjahidines maghrébins » pour leur victoire. Mais surtout, celle-ci permet au GSPC de rétablir son rapprochement avec al-Qaïda. L'allégeance est acceptée par Oussama ben Laden et le 24 janvier 2007, le GSPC devient officiellement Al-Qaïda au Maghreb islamique (AQMI).
À l'été 2007 cependant, Abdelmalek Droukdel, le chef du GSPC puis d'AQMI, jugeant Belmokhtar trop indépendant, lui retire la charge d'« émir du Sahara » et de chef de la « région IX », qu'il remet à Yahia Djouadi, dit Abou Amar. Droukdel divise la zone du Sahara en deux ; la première, comprenant le sud-ouest de l'Algérie et le nord du Mali et de la Mauritanie, va à Belmokhtar ; tandis que la seconde, comprenant le nord-est du Mali, le nord du Niger et l'ouest du Tchad, va à Abou Zeïd. Belmokhtar s'oppose à la décision du commandement d'AQMI d'implanter de nouvelles katiba dans le sud et rapidement une forte rivalité l'oppose à Abou Zeïd. Les désaccords avec ce dernier portent notamment sur la stratégie de financement ou sur les modes opératoires.
Le 24 décembre 2007, trois hommes de la katiba de Belmokhtar, la katiba Al-Moulathimin (Les Enturbannés), attaquent un groupe de cinq touristes français et tuent quatre d'entre eux près d'Aleg en Mauritanie. Cette tuerie entraîne l'annulation du Paris-Dakar 2008.
Après l'attaque de Lemgheity en 2005, d'autres affrontements éclatent entre les groupes djihadistes et les forces mauritaniennes. Dans la nuit du 14 au 15 septembre 2008, une patrouille de l'armée tombe dans une embuscade à Tourine, près de Zouerate : douze cadavres sont retrouvés décapités une semaine plus tard.
Entre 2005 et 2008, la Mauritanie traverse deux coups d'État et se montre peu active contre les djihadistes. L'arrivée au pouvoir du général Mohamed Ould Abdel Aziz change la donne, ce dernier reprend en main l'armée et les renseignements avec l'aide de la France et des États-Unis, puis passe à l'offensive contre AQMI. En 2008, une large partie du désert mauritanien — longue de 800 kilomètres et large de 200 kilomètres — est déclarée zone militaire interdite, aucun civil n'a le droit d'y pénétrer. Le pays forme également des groupes spéciaux d’intervention (GSI), des unités mobiles chargées de patrouiller dans le désert.
En 2010, selon des documents américains reçus par l'agence Reuters, la Mauritanie aurait tenté de nouer un pacte de non-agression avec AQMI. Ces documents avait été saisis par les forces spéciales américaines lors de l'assaut contre la cache de Ben Laden. En échange, al-Qaïda avait demandé la fin des attaques de l'armée mauritanienne contre ses hommes, la libération de prisonniers et le versement chaque année d'une somme de 10 à 20 millions d'euros pour éviter des enlèvements de touristes.
Mais en 2010 et en 2011, l'armée mauritanienne mène plusieurs raids contre AQMI au Mali. Le 22 juillet, dans la région de Tombouctou, elle attaque un camp d'AQMI avec les forces spéciales françaises afin de libérer un otage, Michel Germaneau. Six djihadistes sont tués lors de l'opération, mais l'otage français ne se trouve pas sur les lieux. Du 17 au 19 septembre, un nouveau raid est mené au Mali, à Areich Hind. Le 24 juin 2011, l'armée mauritanienne et l'armée malienne attaquent la forêt de Wagadou, près de Nara. Le 5 juillet 2011, les troupes mauritaniennes et AQMI s'affrontent à Bassikounou. Selon des sources mauritaniennes, une cinquantaine de djihadistes auraient été tués dans ces combats contre 10 morts du côté de l'armée, AQMI ne reconnaît de son côté que cinq morts ou disparus parmi ses combattants et affirme avoir tué au moins une quarantaine de soldats mauritaniens.
Au Mali, les djihadistes s'implantent dans le nord du pays, dans les zones peuplées par les Touaregs. Le 27 septembre 2006, un accrochage oppose les rebelles touaregs de l'ADC et le GSP. En février 2007, de violents combats ont lieu entre AQMI et les hommes d'Ibrahim Ag Bahanga à Tin Zaouatine, mais par la suite les deux forces cohabitent et évitent de s'affronter. En 2005, une petite cellule de deux ou trois hommes du Groupe islamique combattant en Libye est également démantelée à Bamako avec le concours de la DGSE.