En biologie et en écologie, l'extinction est la disparition totale d'une espèce ou d'un groupe de taxons, réduisant ainsi la biodiversité.
Les écologues distinguent cette extinction numérique de l'extinction fonctionnelle, qui est la réduction de taille de la population d'une espèce telle qu'elle conduit à la raréfaction ou à l'extinction d'autres espèces dans la communauté, ce qui altère la fonctionnalité et la stabilité de l'écosystème.
À travers l'évolution, de nouvelles espèces apparaissent par le processus de la spéciation — où de nouvelles variétés d'organismes émergent et se développent quand elles sont capables de trouver et d'exploiter une niche écologique — et des espèces disparaissent quand elles ne sont plus capables de survivre dans des conditions changeantes ou face à une concurrence qu'elles ne peuvent affronter. Typiquement, une espèce s'éteint en 5 à 10 millions d'années (hors période de crise bio géologique), bien que certaines espèces, appelées fossiles vivants, survivent pratiquement inchangées pendant des centaines de millions d'années, comme la famille des Ginkgoaceae, qui date d'environ 270 millions d'années. Seulement 1/1000 des espèces ayant existé sont encore vivantes aujourd'hui.
Les données paléontologiques montrent que les taux d'extinction étaient invariablement faibles avant l'expansion humaine sur toute la planète, et que les extinctions de masse étaient des événements rares. Démarrant approximativement il y a 100 000 ans et coïncidant avec la croissance du nombre et de la répartition des humains, l'extinction des espèces a augmenté à un taux sans précédent depuis la grande extinction du Crétacé, atteignant un taux d'extinction de 1–2,2 % des espèces dans les dernières décennies du XXe siècle (une espèce sur 1 000 tous les 1 000 ans selon l'Évaluation des écosystèmes pour le millénaire). Ce phénomène est connu sous le nom d'extinction de l'Holocène et représente la sixième extinction massive.
Au début des années 2000, des experts estiment que plus de la moitié des espèces alors vivantes pourraient s'éteindre avant 2100. Cette prévision a été contestée par Bjørn Lomborg, mais fin 2014 une nouvelle évaluation publiée dans la revue Nature conclut qu'il reste impossible de précisément quantifier toute la biodiversité, mais que pour les espèces connues la situation s'aggrave : les amphibiens sont les plus menacés (41 % d'espèces en danger), devant les oiseaux (26 %) et les mammifères. 60 % des coraux pourraient mourir avant même 2050. Si l'on considère la fourchette d'une évaluation prospective (36 000 espèces disparaissant par an vers 2010-2014) la 6e extinction (75 % des espèces auraient alors disparu) pourrait advenir vers 2200 (si rien de plus n'est fait pour l'éviter).
Aux causes anciennes et naturelles d'extinction (chasse, surexploitation...) se sont ajoutées des causes anthropiques récentes telles que les effets des pollutions, de la surexploitation des ressources naturelles, de la destruction des habitats ou de l'insularisation induite par la fragmentation écologique croissante des paysages. Ces effets pourraient dans un proche avenir être exacerbés par les effets du dérèglement climatique. Depuis 1900, les disparitions d’espèces ont été multipliées par 100, soit un rythme sans équivalent depuis l’extinction des dinosaures.
Selon le Rapport d'évaluation mondial sur la biodiversité et les services écosystémiques (en) de 2019, publié par la Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques, la biomasse de mammifères sauvages a diminué de 82 %, les écosystèmes naturels ont perdu environ la moitié de leur superficie et un million d'espèces sont menacées d'extinction, tout cela en grande partie à la suite d'actions humaines. 25 % des espèces végétales et animales sont menacées d'extinction.
Une espèce est réputée « disparue » quand le dernier membre de cette espèce est mort. L'extinction devient donc une certitude quand il n'y a plus d'individu survivant capable de se reproduire et d'engendrer une nouvelle génération.
Une espèce est dite « fonctionnellement éteinte » lorsque les individus survivants ne peuvent plus se reproduire, à cause d'une santé faible, de l'âge ou d'une distribution éparse sur une grande étendue, d'un nombre trop réduit d'individus, ou encore à cause d'un manque d'individus d'un des deux sexes (pour les espèces à reproduction sexuée) ou pour d'autres raisons.
Établir l'extinction (ou pseudo-extinction, voir chapitre suivant) d'une espèce requiert une définition claire de cette espèce. Si elle est déclarée éteinte, l'espèce en question doit être identifiable de manière unique, bien différenciée de ses ancêtres, espèces descendantes ou proches. L'extinction d'une espèce (ou remplacement par une espèce descendante) joue un rôle clé dans l'hypothèse de l'équilibre ponctué de Stephen Jay Gould et Niles Eldredge[réf. nécessaire].
En écologie, le terme extinction est souvent utilisé informellement en référence au phénomène d'extinction locale (ou extirpation), dans lequel une espèce cesse d'exister dans une zone d'étude donnée, mais vit encore ailleurs. Une extinction locale peut être suivie d'une recolonisation naturelle, ou d'une réintroduction d'individus de cette espèce prélevés dans d'autres régions (avec parfois des échecs, quand la niche écologique a été occupée ou modifiée par d'autres espèces).
L'extinction d'une population sauvage d'une espèce peut avoir des répercussions écopaysagères, et notamment provoquer des extinctions supplémentaires, dites « extinctions en chaîne » ou coextinctions.
Quelques auteurs[réf. souhaitée] ont voulu nuancer le phénomène d'extinction en distinguant :
les espèces disparues sans laisser aucune espèce-fille (extinction totale, avec perte du patrimoine génétique) ;
les espèces disparues qui ont laissé une ou plusieurs espèces-filles (qui leur ont survécu, en évoluant plus ou moins par rapport à leur espèce-mère, mais qui en porteraient la plupart de l'information génétique). Ils appellent ce type d'extinction pseudo-extinction.
Cette approche veut insister sur la continuité d'une partie du patrimoine génétique, mais outre que celle-ci est déjà prise en compte par la théorie de l'évolution, la notion de pseudo-extinction prend mal en compte la définition admise de l'espèce. De plus elle est porteuse d'ambiguïté, en effet les filiations et fonctions du patrimoine génétique sont encore mal comprises et il est difficile de savoir à partir de quand on pourrait considérer qu'une « espèce-fille » est devenue une espèce indépendante (toutes les espèces descendantes peuvent-être d'un même organisme originel, en poussant ce concept à son extrême, il faudrait reclasser toutes les extinctions en pseudo-extinctions). Les espèces domestiquées seraient alors à considérer comme leurs ancêtres ou parents sauvages proches, la disparition de l'aurochs ou du Hyracotherium n'étant par exemple qu'une pseudo-extinction.
La réalité d'une pseudo-extinction est délicate à établir autrement que par des faisceaux d'indices liant fortement une espèce vivante aux membres d'une espèce préexistante. Par exemple, il est parfois soutenu que le Hyracotherium disparu, qui était un ancien animal similaire au cheval, est pseudo-éteint plutôt qu'éteint, parce qu'il y a plusieurs espèces vivantes du genre Equus, incluant les zèbres et les ânes. Cependant, comme les espèces fossiles ne laissent pas ou peu de matériel génétique, il est impossible de dire si Hyracotherium a évolué vers les espèces de chevaux modernes ou simplement évolué depuis un ancêtre commun. La pseudo-extinction est plus simple à démontrer pour des groupes taxonomiques plus importants. Il est dit que les dinosaures sont pseudo-éteints, car certains de leurs descendants, les oiseaux, existent encore aujourd'hui.
Pour les espèces ubiquistes et à large aire de répartition, déterminer le moment de l'extinction est difficile, et habituellement fait rétrospectivement, voire sans certitudes, comme l'illustre le phénomène dit de « taxon Lazare » dans lequel une espèce présumée éteinte « réapparaît » subitement (typiquement dans un enregistrement fossile) après une période d'apparente absence.