Ernst Haeckel (/ˈɛɐ̯nst ˈhɛkl̩/), né le 16 février 1834 à Potsdam et mort le 9 août 1919 à Iéna, est un biologiste, philosophe et libre penseur allemand. Il fait connaître les théories de Charles Darwin en Allemagne et développe une théorie des origines de l'être humain.
Haeckel est médecin, puis professeur d'anatomie comparée et est l’un des premiers scientifiques qui comprend la psychologie comme une branche de la physiologie. Il participe également à l'introduction de certaines notions de la biologie moderne comme celles d’« embranchement » ou d'« écologie ». Haeckel désigne également la politique comme de la biologie appliquée. Il esquisse sur des bases scientifiques[réf. nécessaire] l'idéologie Weltanschauung du monisme et fonde le 11 janvier 1906 le Deutscher Monistenbund (Union moniste allemande) à Iéna.
Ernst Haeckel contribue beaucoup par ses écrits à la diffusion de la théorie de l'évolution. Il passe pour un pionnier de l'eugénisme, bien qu'il n'ait eu lui-même aucune conception eugéniste, car il escomptait, confiant dans les progrès dus à l'évolution, un plus grand développement et aucunement une « dégénération ». Comme d'autres organisations de libres penseurs, l'union moniste allemande fut interdite en 1933 par les nazis. Les idéologues nazis ont utilisé des extraits de ses écrits comme justification de leurs théories racistes et du darwinisme social, mais en même temps, ils ont déclaré que des éléments essentiels de la vision du monde de Haeckel étaient incompatibles avec le point de vue du national-socialisme.
Sa mémoire est entachée par l'usage qu'il fait de dessins frauduleux pour mieux appuyer sa « théorie de la récapitulation ».
Ernst Haeckel est né en 1834 à Potsdam de Charlotte et Philipp August Haeckel, un conseiller du gouvernement. En 1852, il obtient son Abitur (diplôme d'études secondaires). Puis il entreprend des études de médecine et de sciences naturelles à Wurtzbourg, à Berlin et à Vienne, principalement chez Albert von Kölliker, Franz von Leydig, Rudolf Virchow, chez qui il travaille plus tard brièvement comme assistant, et chez Johannes Müller.
En 1857 et 1858, Ernst Haeckel obtient son doctorat de médecine, puis il obtient son autorisation d'exercer la médecine (Approbation). De 1859 à 1860, Haeckel fréquente un cours de biologie marine dans la baie de Naples en Italie avant de revenir en Prusse pour y exercer la médecine. La profession de médecin parait alors à Haeckel moins désirable, car il craint le contact avec des patients souffrants.
En 1861, après seulement une année de pratique, il obtient son habilitation et un poste de conférencier (Privat-docent) en anatomie comparée à l’université d'Iéna avant de devenir, l’année suivante professeur extraordinaire d’anatomie comparée à l’institut de zoologie de l’université.
En 1862, il épouse sa cousine Anna Sethe.
En 1862, il tient son premier cours magistral sur l'origine des espèces. En 1865, il devient docteur honoris causa en philosophie et obtient un poste de professeur titulaire en zoologie, qui fait partie à cette époque de la faculté de philosophie d’Iéna.
De 1866 à 1867, Ernst Haeckel entreprend un voyage dans les îles Canaries et prend part à la première ascension hivernale du Teide. À cette époque il rencontre Thomas Huxley, Charles Lyell et Charles Darwin. Après avoir rendu visite à ce dernier en Angleterre en 1866, il devient son disciple. Il est un partisan convaincu de la théorie de l'évolution et popularise le travail de Darwin en Allemagne.
En 1867, il épouse Agnes Huschke, de qui il a un fils, Walter, en 1868 et deux filles Elisabeth (1871) et Emma (1873).
De 1866 à 1873, il voyage sur les côtes de la mer du Nord (Norvège en 1869), en Dalmatie (1871), sur les côtes de la mer Rouge (1873), en Turquie et en Grèce, pour y poursuivre ses recherches sur les animaux inférieurs.
À partir de 1876, Haeckel est vice-recteur de l'université d'Iéna et il entreprend une série de conférences dans toute l'Allemagne. Jusqu'en 1879, il réalise de nombreux voyages vers l'Angleterre et l'Écosse, au cours desquels il rencontre à plusieurs reprises Charles Darwin, ainsi qu'un voyage à Corfou.
En 1881-1882, il parcourt les mers tropicales et Ceylan.
En 1882, Haeckel prend part à la construction de la villa Medusa et à l'installation de l'institut de zoologie de l'université d'Iéna.
Il voyage en 1887 en Palestine, en Syrie et en Asie Mineure ; en 1890 en Algérie, en 1897 à travers le sud de la Finlande et de la Russie, en 1899 en Corse et en 1900 pour la deuxième fois sous les tropiques. C'est également à cette époque que démarre son amitié avec Frida von Uslar-Gleichen (1864-1903).
Haeckel a également une activité politique : il est membre de la Ligue Pangermanique et devient en 1905 membre d'honneur de la « Société pour l'Hygiène de la Race » (Gesellschaft für Rassenhygiene). Afin de répandre son idéologie moniste, il fonde en 1906 l'union moniste à l'institut de zoologie d'Iéna.
En 1907, il entreprend son dernier grand voyage vers la Suède. En 1908, il fonde le musée de phylogénie d'Iéna.