Emmanuel Niyonkuru, né le 20 juillet 1962 à Rutegama et mort assassiné le 1er janvier 2017 à Bujumbura, est un banquier et homme politique burundais.
Ancien cadre de la Banque de la République du Burundi, il est sénateur de la circonscription de Muramvya, puis ministre de l'Eau, de l'Environnement, de l'Aménagement du territoire et de l'Urbanisme de 2015 jusqu'à sa mort.
Selon sa biographie officielle, Emmanuel Niyonkuru étudie à l'université du Burundi de 1987 à 1991, à la faculté des sciences économiques et administratives. Il y obtient une licence en économie politique. Il parle le kirundi, le français, l'anglais et partiellement le swahili.
Emmanuel Niyonkuru travaille à la Banque de la République du Burundi du 2 janvier 1992 au 24 août 2015. En 2015, il en est directeur adjoint. Il y occupe auparavant plusieurs fonctions liées à la supervision bancaire, à la stabilité financière, aux ressources humaines, au contrôle des banques, aux établissements financiers et aux institutions de microfinance.
Il participe aussi aux travaux de négociation du protocole portant création de l'Union monétaire de la Communauté d'Afrique de l'Est. Avant sa mort, il est membre du Comité de politique monétaire de la Banque de la République du Burundi et du Comité national chargé de l'élaboration et de la mise en œuvre du plan de développement du marché financier au Burundi.
Emmanuel Niyonkuru est sénateur de la circonscription électorale de Muramvya pour le mandat 2015-2020.
Le 24 août 2015, il est nommé ministre de l'Eau, de l'Environnement, de l'Aménagement du territoire et de l'Urbanisme. Il exerce cette fonction jusqu'à son assassinat, le 1er janvier 2017.
Il est également président en exercice de la conférence des ministres du NELCOM, réunissant les pays des lacs équatoriaux du bassin du Nil, et président de la conférence des ministres de la Commission des forêts d'Afrique centrale.
Emmanuel Niyonkuru est assassiné par un tireur inconnu le 1er janvier 2017, alors qu'il rentre chez lui à Rohero, à Bujumbura, vers 0 h 45 selon la police burundaise. Sa mort est rapportée le jour même par plusieurs médias internationaux.
Cet assassinat intervient dans le contexte de la crise burundaise ouverte en 2015, après la décision du président Pierre Nkurunziza de briguer un troisième mandat. Quelques mois auparavant, une mission d'experts indépendants des Nations unies dénonce de graves exactions dans le pays, conduisant à une résolution préconisant la mise en place d'une commission d'enquête.
Selon Slate Afrique, il s'agit du premier assassinat d'un ministre en fonction depuis le début de la crise politique de 2015. Un mois plus tôt, Willy Nyamitwe, responsable de la communication du président, échappe à une attaque armée, pour laquelle le pouvoir et l'opposition s'accusent mutuellement.
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