Emmanuel Hubert, né le 30 décembre 1970 à Saint-Malo, est un ancien coureur cycliste français. Coureur professionnel de 1995 à 1997, il est directeur sportif d'équipes cyclistes professionnelles à compter de 2005. De 2019 à 2025, il dirige Arkéa-Samsic puis Arkéa-B&B Hôtels.
Emmanuel Hubert prend sa première licence cycliste à la Roue d'or fougeraise, à 15 ans. Il évolue au Centre Louison Bobet, au VC Pontivy et à l'ASPTT Paris. En 1994, il est champion de France du contre-la-montre par équipes avec l'équipe du comité Île-de-France et dispute le championnat du monde sur route amateur, dont il prend la 37e place.
Stagiaire au sein de l'équipe Gan en fin de saison 1994, Emmanuel Hubert devient professionnel au sein de l'équipe Le Groupement en 1995. Cette équipe est cependant dissoute en cours de saison. Il poursuit l'année avec une équipe de la Fédération française de cyclisme, avec laquelle il gagne le Tour de l'Ain et une étape du Tour de l'Avenir. L'année suivante, il est recruté par Gan. Il met fin à sa carrière de coureur à l'issue de la saison 1997.
Il devient directeur sportif de l'équipe Agritubel en 2005. Après la dissolution de cette équipe en 2009, il devient directeur sportif de l'équipe Bretagne-Schuller en 2010. Depuis 2014 il est le manager général de cette équipe, renommée Fortuneo-Oscaro, à la suite de la démission de Joël Blévin. L'équipe devient Fortuneo-Samsic en 2018, Arkéa-Samsic en 2019 puis Arkéa-B&B Hôtels en 2023, laquelle équipe disparaît définitivement du circuit professionnel en 2025.
Suite à cette cessation de sponsors, Emmanuel Hubert se reconvertit dans le commerce en ouvrant un établissement d'alimentation et de restauration rapide à Lecci en Corse.
3e du Loire-Atlantique Espoirs
Champion de France du contre-la-montre par équipes (avec Stéphane Boury, Didier Faivre-Pierret et Jean-Yves Mançais)
Classement général du Tour de l'Ain
3e du Tour du Poitou-Charentes
Résultats sur les grands tours
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