La dictature militaire de l'Uruguay commença avec le coup d'État du 27 juin 1973. Après l'échec du plébiscite de 1980, les militaires entamèrent une relative ouverture politique, qui conduit finalement aux premières élections démocratiques (en) en 1984.
Avec un prisonnier politique pour 450 habitants, soit environ « 6 000 détenus » – certaines ONG parlent de 15 000 détenus –, dont au moins 67 enfants, dans un pays de moins de 3 millions d'habitants, l'Uruguay a connu sous ce régime, qui a participé à la « guerre sale » généralisée sur le continent, une des pires répressions politiques au monde. Cent seize morts (assassinés, morts en détention et « suicides ») et cent soixante-douze disparitions forcées (la dernière en 1984) ont été recensés jusqu'à présent. La torture, généralisée, s'appliquait aussi aux enfants et aux femmes enceintes. Tout comme en Argentine, il y eut des bébés volés aux prisonniers politiques et adoptés par les familles des militaires et des policiers (dont celui de la belle-fille du poète argentin Juan Gelman).
La montée des militaires et de la répression précéda toutefois le coup d'État et commença dès les medidas prontas de seguridad (es), des mesures d'exception proclamées à partir de juin 1968 par le gouvernement colorado de Jorge Pacheco Areco, qui établissaient la censure et permettaient la détention sans inculpation. À partir de juin 1970, la guérilla des Tupamaros fut soumise aux tribunaux militaires, tandis que les escadrons de la mort ont ainsi agi, sous l'autorité de l'État, dès avant les élections de novembre 1971, lorsque le Front large (coalition de gauche) s'est présenté. Le premier cas d'un enfant fait prisonnier politique a été enregistré dès 1970, le dernier en 1976.
Après les élections, entachée de fraudes organisées par la dictature brésilienne et sous l'œil du président Nixon, qui mirent au pouvoir le dauphin de Pacheco, Juan María Bordaberry, celui-ci poursuivit la politique répressive de son prédécesseur, tout en démantelant l'appareil de contrôle des prix et des salaires qu'il avait mis en place. Cette libéralisation de l'économie relança l'inflation à un taux annuel de 100 %. En février 1973, Bordaberry tenta de reprendre le contrôle sur l'armée en essayant de changer de ministre de la Défense, mais l'accord de Boiso Lanza (es) le soumit à un Conseil de sécurité nationale. Le général pro-nazi[réf. nécessaire] Mario Aguerrondo, fondateur de la Loge des lieutenants d'Artigas dont un grand nombre des membres furent nommés généraux sous la dictature, fut l'un des adversaires majeurs de Bordaberry lors de cette crise.
Le 27 juin 1973, l'armée dissout le Congrès et le remplace par un Conseil de l'État, tout en maintenant Juan María Bordaberry (Parti colorado) dans ses fonctions. Ce dernier suspend la Constitution et établit un régime dictatorial sous haute surveillance de l'armée, s'auto-proclamant Proceso de reconstrucción nacional (« Processus de reconstruction nationale » ; un terme analogue fut adopté par la junte argentine de 1976-1983). Le 30 juin 1973, la confédération syndicale de la CNT fut dissoute, ce qui ne l'empêcha pas de proclamer une grève générale, qui échoua à empêcher le putsch. Le général Seregni, président du Front large, est arrêté et incarcéré dans les jours qui suivent, aux côtés du général Víctor Licandro et d'un colonel, qui ne seront libérés qu'au début des années 1980.
Ainsi, les services de sécurité uruguayens coopéraient avec leurs homologues latino-américains dans ce qui sera formalisé, en novembre 1975, sous le nom d'opération Condor. De nombreux opposants politiques uruguayens furent ainsi assassinés en Argentine, y compris avant le coup d'État de mars 1976 ; le sous-chef de la police fédérale argentine, Alberto Villar, par ailleurs cofondateur de la Triple A, était ainsi leur correspondant en Argentine. Après mars 1976, les opposants uruguayens passèrent par le centre clandestin de détention Automotores Orletti et le garage El Olimpo avant d'être assassinés en Uruguay. 76 cas de disparitions forcées d'Uruguayens ont ainsi été répertoriés en Argentine et en Uruguay en 1976, 56 l'année suivante.
Par ailleurs, la direction de la guérilla des Tupamaros (MLN-T), hommes et femmes (jusqu'en 1976 pour ces dernières), est maintenue en otage dans des casernes militaires, prête à être exécutée à toute action de la guérilla. Outre les Tupamaros, les militants du Front large en général font l'objet de la répression politique.
Entre le 27 juin 1973 et décembre 1973, 196 personnes furent arrêtées et inculpées de « subversion » ; 432 en 1974 ; 320 en 1977, etc. Cent syndicalistes furent arrêtés en 1977. Les femmes prisonnières politiques sont souvent violées pendant leur détention.
Le régime libéralise massivement l’économie et s'attaque au « coût du travail », décrit comme excessif.
Bordaberry généralise aussi la censure, déjà mise en œuvre sous Jorge Pacheco Areco depuis les medidas prontas de seguridad (es) de juin 1968, en éliminant des bibliothèques nombre de livres d'auteurs tels que Juan Carlos Onetti (emprisonné en 1974 puis expulsé pour avoir participé à un jury organisé par l'hebdo Marcha), Mario Benedetti, Federico García Lorca, Pablo Neruda, Antonio Machado, ou Brecht et Freud.
Le carnaval de Montevideo, les concerts et les spectacles étaient l'objet d'une commission de censure, tandis que de nombreux artistes furent proscrits, arrêtés et/ou expulsés, dont les chanteurs Alfredo Zitarrosa, Aníbal Sampayo, Daniel Viglietti, Joan Manuel Serrat, l'actrice China Zorrilla, le dramaturge Atahualpa del Cioppo (es), etc. ; et allant jusqu'à interdire les cassettes du chanteur de tango Carlos Gardel, ses textes évoquant trop le monde ouvrier, ou encore Le Parrain II de Coppola, en raison des scènes tournées à Cuba, Jesus Christ Superstar ou Vivre libre. Le Centre jésuite de Juan Luis Segundo, un théologien de la libération, fut fermé, sa revue étant censurée dès 1974.
Cela conduisit nombre d'artistes et d'intellectuels à s'exiler (voir exilés uruguayens). L'ambassade mexicaine hébergea ainsi, entre 1975 et 1976, 300 candidats à l'asile politique. Ce sont au total 500 000 Uruguayens qui connaitront l'exil.
L'assassinat de Michelini et de Gutiérrez et la constitution en exil d'un Front anti-dictatorial
En mai 1976, les parlementaires Zelmar Michelini et Héctor Gutiérrez Ruiz furent assassinés à Buenos Aires, en même temps qu'un communiste et deux Tupamaros, dans une opération conjointe des services uruguayens et argentins. L'assassinat, présenté comme une « vengeance » des Tupamaros à l'égard des « traîtres », visait à empêcher la constitution d'un front commun contre la dictature, l'Union artiguiste de libération (UAL), qui intégrait depuis 1974 la fraction Nuevo Tiempo du MLN-T avec le fondateur de l'Union populaire (prédécesseur du Front large) Enrique Erro, Michelini, les Groupes d'action unificatrice (GAU) et l'Agrupación de Militantes Socialistas (AMS).
Erro fut arrêté par le régime d'Isabel Perón (droite péroniste), apprenant en prison l'assassinat de Michelini et Gutiérrez, puis expulsé en novembre 1976. Exilé en Europe, il signa en 1977, aux côtés d'Hugo Cores (Parti pour la victoire du peuple, PVP), de José Díaz et d'Enrique Rodríguez, l'appel visant à créer un Front antidictatorial afin d'unir toutes les forces de la diaspora uruguayenne contre la dictature.
L'opération Morgan (1975-1984)
D'octobre 1975 à juin 1976, le Parti communiste uruguayen (PCU) et le Parti pour la victoire du peuple (PVP) ont été visés par l'« opération Morgan », qui ciblait les militants communistes présents en Uruguay et en Argentine. Dirigée au début par la DNII, elle fut mise en œuvre par l'OCOA et la division no 1 de l'armée, commandée par le général Esteban Cristi. Toutes les parties de l'armée ainsi que la police y participèrent, le commandement en chef étant pleinement informé.
Cette opération fit de nombreuses victimes. Des centaines de militants furent arrêtés et transférés dans des centres clandestins de détention, comme les 300 Carlos, la Tablada ou la Base Aérienne Capitaine Juan Manuel Boiso Lanza, où ils étaient interrogés et torturés. L'enseignante Elena Quinteros fut par exemple séquestrée et assassinée dans le cadre de cette opération, après son enlèvement le 26 juin 1976. On peut également citer le militant syndicaliste et communiste Omar Paitta, enlevé en 1981 et mort à la suite des tortures subies au centre de détention de La Tablada. Au total, l'opération Morgan, dont des aspects continuèrent jusqu'en 1984, aboutit à la torture de milliers de détenus, y compris des mineurs, à 23 disparitions forcées, 23 morts au cours de torture, un assassinat en Argentine (Raúl Feldman, tué lors d'une opération de la Triple A) et 6 décès en prison.