Les Covenantaires formèrent un important mouvement religieux et politique en Écosse au XVIIe siècle. Du point de vue religieux, ce mouvement s'attacha surtout à promouvoir et à développer le presbytérianisme, et à en faire une forme de gouvernement souhaitée par le peuple, en opposition avec l'épiscopalisme, qui avait les faveurs de la couronne. Du point de vue politique, ce mouvement vit d'importantes évolutions du caractère et du fonctionnement du Parlement écossais, qui commença à se démarquer progressivement de ses origines médiévales. Dans son ensemble, ce mouvement était essentiellement conservateur dans le ton, mais il amorça une révolution qui embrasa l'Écosse, l'Angleterre et l'Irlande, et qui fut appelée les guerres des Trois Royaumes.
Le nom « Covenantaire » provient de « covenant », qui est un mot de l'ancien français, passé dans le moyen anglais, qui signifiait à l'origine « convention, chose convenue », et qui désigna, dans la loi anglaise, un accord formel, une promesse solennelle. En Écosse, le terme prit le sens biblique d'« Alliance » ou de « Promesse ». Le premier engagement de ce genre fut signé par les Écossais de toutes les classes, en 1588, lorsque l'Invincible Armada de Philippe II d'Espagne menaçait l'Angleterre et la Réforme. Il contenait une profession de foi protestante, une réprobation de l'Église romaine et un serment de défense mutuelle et d'union. L'échec de l'invasion espagnole rendit cette confédération sans objet. Au siècle suivant, le National Covenant de 1638, qui prit comme base des documents précédents du même genre, était surtout intéressé à préserver la Réforme écossaise de toute innovation issue de la couronne anglaise. Son document jumeau de 1643, Solemn League and Covenant, se préoccupait également de religion, même s'il s'agissait principalement d'un traité d'alliance entre les Covenantaires d'Écosse et le Parlement d'Angleterre, soucieux de se soutenir lors de leur opposition au roi Charles Ier pendant la Première Révolution anglaise.
Les covenantaires sont ainsi nommés, car ils se lièrent par des engagements, ou des covenants, à maintenir la Réforme protestante en Écosse. Lorsqu'en décembre 1557, les Réformateurs se retrouvèrent aux prises avec le gouvernement écossais, dirigé à l'époque par Marie de Guise, reine-régente catholique, un certain nombre de seigneurs adhérèrent à un pacte solennel ou à un covenant, s'engageant à ce que la Congrégation du Christ s'unît pour se défendre contre la Congrégation de Satan. En tant que type d'association, il s'agissait d'une forme embryonnaire, mais il s'inspirait néanmoins des pactes d'assistance mutuelle contenus dans les anciens accords de vassalité.
Plus tard, en 1581, Jacques VI, pour tenter de désarmer les critiques qui soulignaient l'influence croissante des catholiques à la cour, signa un document qui allait être connu sous le nom de Covenant du roi ou de Confession négative. Basé sur la Confession de foi de 1560, il dénonce sans concession le pape et les doctrines de l'Église catholique. Ce document, qui n'eut qu'un impact limité à l'époque, ne révéla son importance que bien plus tard, lorsqu'il fut incorporé en entier dans le premier véritable covenant national de 1638.
La Réforme écossaise de 1560 avait soulevé autant de problèmes qu'elle en avait résolu. L'autorité du pape avait bien pu disparaître, le statut et la structure exacts de la nouvelle église restèrent pendant bien longtemps indéterminés. Dans les années 1580, deux partis distincts étaient apparus, l'un favorisant le presbytérianisme, l'autre l'épiscopalisme. De façon générale, et faute de meilleurs termes, le premier peut être décrit comme le 'parti de l'Église', ayant à sa tête Andrew Melville, et l'autre le 'parti de la cour', dirigé par le roi lui-même. Pour Melville, les évêques ne possédaient aucune autorité en matière d'Écritures, alors que, pour Jacques, ils étaient des agents essentiels du pouvoir royal. Avant l'Union des Couronnes de 1603, il y eut des occasions où l'un des partis prévalait au détriment de l'autre, dans ce qui avait toutes les apparences d'une lutte politique acharnée. Mais, finalement, ce fut Jacques qui l'emporta sur Melville et ses alliés. Au début du XVIIe siècle, Jacques était parvenu à introduire des évêques aussi bien au Parlement qu'au niveau diocésain. Son triomphe fut complet lorsque Melville fut banni à vie d'Écosse.
Il faut souligner que cette lutte avait peu à voir, si tant est qu'il y eût une relation, avec les formes particulières de culte de l'Église d'Écosse, qui demeurait calviniste autant sous ses dehors presbytériens qu'épiscopaliens. En revanche, elle était, à tous les points de vue, différente de la Haute Église anglicane, qui était de plus en plus préférée dans l'Église d'Angleterre post-élisabéthaine. Ce fut lorsque le roi tenta de pousser les Écossais dans cette très dangereuse direction que les problèmes apparurent.
Jacques aurait pu réussir à créer une couronne britannique unifiée, si son ambition de créer un État britannique uni n'avait échoué dès les premières étapes à cause de l'intransigeance des deux Parlements nationaux. Mais à défaut d'État britannique, il aurait pu y avoir au moins une Église britannique, car c'était là, dans le domaine religieux, que la prérogative royale était la moins restreinte. Comment un tel modèle devait être défini ? Pour Jacques, la réponse fut immédiate et évidente. En Angleterre, la Réforme anglaise avait été un processus, dirigé par l'État, demeuré partiel, ce qui avait permis la continuation de nombreuses pratiques catholiques anciennes. L'église anglaise était avant tout le miroir de la majesté de la couronne. Les évêques anglais pouvaient parfois être des clients difficiles, mais jamais aussi gênants que Melville et ses associés, dont les prêches étaient de temps à autre pas simplement mal avisés mais subversifs. Leurs vêtements sacerdotaux et de cérémonie étaient bien plus décents que la tenue ordinaire écossaise. Seule visite qu'il effectua après l'Union des Couronnes, Jacques se rendit brièvement en Écosse en 1617, comme s'il procédait à une sorte d'expédition missionnaire, amenant avec lui William Laud, alors doyen de Gloucester, pour montrer aux Écossais combien pouvait être splendide le spectacle de la religion. Il venait également dans le nord pour une tâche connexe supplémentaire : introduire un certain nombre d'innovations, qui allaient au-delà de simples questions d'administration de l'Église, et dont la couronne s'était jusque-là occupé.
Allant contre les vœux mêmes de John Spottiswoode, archevêque de St. Andrews, qui expliquait que le moment n'était pas venu pour des innovations, Jacques pressa l'Église écossaise réticente d'adopter cinq nouvelles cérémonies : le baptême privé, la communion privée pour les malades, l'agenouillement pendant la communion, l'observance lors des principales fêtes religieuses, et la confirmation des enfants. L'assemblée générale de l'Église, qui se tint à St Andrews, accueillit ces innovations avec si peu d'enthousiasme, que le roi exhorta de façon explicite les membres de l'Église à réfléchir de nouveau, et convoqua une nouvelle assemblée à Perth en 1618. Cette fois, il obtint ce qu'il voulait mais de mauvaise grâce. Les « Cinq Articles de Perth », ainsi qu'ils furent appelés, furent ratifiés par le Parlement en 1621, mais seulement après beaucoup de pressions. Il n'était pas encore vrai de dire que l'avis de la monarchie n'était partagé par personne, mais pour la première fois depuis de nombreuses années, la situation était bien proche de cette dangereuse position.
Jacques possédait une particularité qui le sauvait : si la théorie l'enivrait, la pratique le dessoûlait. Quand il apprit l'ampleur de l'opposition aux Cinq Articles, particulièrement l'agenouillement à la communion, il ne tenta pas de s'assurer que ces articles fussent uniformément appliqués, tout en refusant de revenir sur ses décisions. En d'autres termes, la manière de pratiquer devint une affaire de choix personnel. De tous les points de vue, la situation était loin d'être satisfaisante, et, lorsque Jacques mourut le 27 mars 1625, la plume ne gouverna plus l'Écosse aussi facilement qu'avant.