Le conflit en Casamance est un conflit interne au Sénégal, localisé dans la région de Casamance et qui constitue l'un des épisodes marquants de l'histoire du Sénégal indépendant, touchant également le pays limitrophe, la Guinée-Bissau.
À partir du début des années 1980 et jusqu'en 2005, après le cessez-le-feu, il a opposé les forces rebelles indépendantistes du Mouvement des forces démocratiques de Casamance (MFDC), dirigé par l’abbé Diamacoune Senghor et les forces armées du Gouvernement du Sénégal, causant la mort de plusieurs centaines de personnes pendant les affrontements, sans parler des nombreuses victimes de mines antipersonnel a posteriori. En 2009, des accrochages ponctuels continuent à se produire, entre armée et « rebelles », mais également entre groupes rivaux.
La Casamance, auparavant l'une des régions les plus prospères du pays, a été profondément traumatisée par ces violences. Elle travaille aujourd'hui à sa reconstruction et à la restauration de son image, notamment en tant que destination touristique.
Dès l'indépendance du Sénégal en 1960, les Casamançais — ou du moins une fraction d'entre eux — avaient rêvé de leur propre autonomie et l'ancien président Léopold Sédar Senghor leur avait laissé espérer une telle possibilité au bout de quelques années.
En effet, les habitants de cette région, souvent d'origine diola et le plus souvent animistes, se caractérisent par une identité forte et une grande détermination. Déjà ils avaient rejeté l'esclavage, tant européen qu'africain, et s'étaient rebellés contre les tentatives de mainmise de l'administration coloniale française.
En outre, l'enclave gambienne dans le territoire national leur faisait ressentir avec d'autant plus d'acuité leur position marginale. Isolés, ils se sentaient aussi négligés, ostracisés par les autres populations avec qui elles n'avaient jamais partagé de véritables liens pour la plupart et peu considérés par le pouvoir central.
Enfin, plus arrosée, plus luxuriante que les zones soumises au climat sahélien, la Casamance bénéficiait de terres fertiles, de ressources propres — notamment la riziculture —, à tel point qu'on la désignait parfois comme le « grenier » du Sénégal. En outre le tourisme s'y développait déjà avec succès. Les indépendantistes avaient également le sentiment qu’ils ne bénéficiaient pas suffisamment de la richesse de leur région et que les "nordistes" de Dakar, la capitale, tiraient l'essentiel des bénéfices des produits de la région.
Cependant l'indépendance promise tardait à se concrétiser. La résistance s'organisa alors. Le premier incident grave en 1982 mit le feu aux poudres et déclencha un conflit qui allait éprouver la région pendant une vingtaine d'années.
Le 26 décembre 1982, le Mouvement des forces démocratiques de Casamance, mouvement séparatiste organise une marche pacifique à Ziguinchor vers la Gouvernance. Les manifestants décident alors à leur arrivée de descendre le drapeau sénégalais hissé chez le gouverneur sénégalais en Casamance pour le remplacer par leur drapeau. L’État du Sénégal considérant l'acte comme séditieux ordonne aux forces de l'ordre d'intervenir. La marche fut alors réprimée dans le sang et les forces de l'ordre procédèrent à plusieurs arrestations, dont celle du dirigeant indépendantiste, l'abbé Diamacoune Senghor. C'est ainsi que le MFDC décida de rejoindre le maquis avec un armement rustique constitué de coupe-coupe et de fusils de chasse parfois de fabrication artisanale.
Entre 1982 et 1990, l’État du Sénégal va procéder à une chasse aux rebelles et l'armée sénégalaise procéda à plusieurs exactions contre les membres supposés du mouvement. Les regroupements de foule à caractère culturel ont parfois été interdits et diabolisés comme des rites de passage de la rébellion. Ce qui va exacerber la crise qui est nettement liée à l'identité.
En juillet et en août 1990, des affrontements sérieux ont lieu entre l'armée et les séparatistes.
Le 31 mai 1991, un accord de cessez-le-feu intervient entre le gouvernement sénégalais et les séparatistes du Mouvement des forces démocratiques de Casamance.
En 1995, de nouveaux troubles éclatent.
Le 6 avril 1995, quatre touristes français disparaissent en Casamance et chaque partie rejette la responsabilité sur l'autre.
En octobre 1995, l'armée lance une offensive en Basse-Casamance.
Le 8 janvier 1996 s'ouvrent les premiers pourparlers de paix entre les indépendantistes et des représentants de la Commission nationale pour la paix.
Le 26 décembre 1999, lors des négociations de paix de Banjul, un autre accord de cessez-le-feu est signé entre le gouvernement sénégalais et le MFDC.
Le 30 novembre 2000, une première rencontre entre le gouvernement et le MFDC est programmée pour le 16 décembre à Ziguinchor.