La Chouannerie est une guerre civile qui opposa républicains et royalistes dans l'ouest de la France, en Bretagne, dans le Maine, l'Anjou et la Normandie, lors de la Révolution française. Elle est étroitement liée à la guerre de Vendée qui se déroula sur la rive gauche de la Loire, au sud, tandis que la Chouannerie se déroula au nord, l'ensemble de ces deux conflits étant parfois connu sous le nom de « guerres de l'Ouest ».
Une première tentative d'insurrection fut menée dès 1791 par l'Association bretonne en vue de défendre la monarchie et de rétablir les lois et coutumes particulières de la Bretagne supprimées en 1789. Mais le soulèvement d'une partie importante de la population de l'Ouest et son basculement dans la contre-révolution est dû principalement à la constitution civile du clergé et à la levée des 300 000 hommes par la Convention.
Les premiers affrontements éclatèrent en 1792 évoluant en jacquerie paysanne, puis en guérilla et enfin en batailles rangées avant de se terminer par la victoire des Républicains en 1800. D'autres soulèvements paysans moins importants et plus brefs eurent lieu dans d'autres départements, notamment dans l'Aveyron et la Lozère, et furent également qualifiés de Chouannerie. Une petite chouannerie éclatera à nouveau en 1815 durant les Cent-Jours et un ultime soulèvement se déroulera lors de l'insurrection légitimiste de 1832.
En 1791, l'Ouest, avec la Vendée et la Bretagne, constitue une zone de résistance à la constitution civile du clergé et au serment, avec un clergé très largement réfractaire. Autant que les motivations religieuses, cette résistance trouve aussi son origine dans la sociologie et les mentalités collectives des populations, dont les solidarités traditionnelles sont mises à mal par la Révolution.
La suppression des gabelles, le 1er décembre 1790, réduit à la misère plus de 2 000 familles qui ne vivaient que du commerce frauduleux du sel. Ces contrebandiers se rangèrent alors naturellement parmi les ennemis de La République.
La constitution civile du clergé est un déclencheur. Le 3 janvier 1792, Desfontaines, officier de gendarmerie écrit à son oncle :
« J'arrive de Saint-Ouën où j'ai été ving-deux jours avec douze gendarmes pour rétablir le curé constitutionnel, qui avait été chassé par les habitants. Les prêtres font bien du mal. Je désirerais revoir rétablir l'ordre… La plus grande tranquillité règne dans la ville, mais les campagnes ne sont pas de même. Les malintentionnés y font allumer le feu du fanatisme. »
Déjà, la conscription du 15 août 1792 pose un problème : la Révolution française ayant besoin de soldats, elle ordonne qu'un tirage au sort de combattants soit organisé par les autorités communales. On se souviendra de discours d'opposition de Jean Cottereau et Michel Morière à Saint-Ouën-des-Toits. Plus discrets furent les vrais affidés de la Coalition bretonne qui refusèrent purement et simplement de se rendre dans leur chef-lieu de canton pour y tirer au sort. L'opération fut une déconvenue pour les autorités républicaines.
L'insurrection du printemps 1793, dans l'ensemble de l'Ouest (en Bretagne comme en Vendée), s'explique, de son côté, par le rejet du tirage par les populations, d'autant plus que les notables patriotes en sont exonérés ou peuvent acheter un remplaçant. Ce rejet, on le retrouve dans l'ensemble du pays.
Au-delà de la question religieuse, de la suppression de la gabelle et de l'hostilité aux levées militaires, les bouleversements et les remises en cause imposés aux communautés villageoises expliquent ces tensions, autant que les rapports entre les paysans et les élites, nobiliaire et bourgeoise, ou l'opposition plus ou moins grande, mais déjà ancienne à la fin du XVIIIe siècle, entre villes et campagnes. Déjà décelable au temps de la Ligue, la découpe entre les zones favorables aux Blancs (royalistes) et aux Bleus (républicains) reste encore d'actualité dans la carte électorale jusqu'à la fin du XXe siècle.
Devant la simultanéité des soulèvements et la similitude des comportements dans l'Ouest, les contemporains ont cru y voir la preuve d'un complot, qu'ils rapprochaient de la tentative du marquis de la Rouërie avec l'Association bretonne. Toutefois, ce synchronisme peut s'expliquer par la décision de la Convention d'imposer un calendrier précipité des opérations de levée d'hommes.
En Bretagne, les premiers mouvements de protestation envers la Révolution française naissent au moment de la nuit du 4 août 1789 qui supprime, entre autres, les parlements provinciaux et notamment en Bretagne le traité d'Union de la Bretagne à la France et les lois particulières de la Bretagne, assimilées à des privilèges.
En 1791, le marquis de La Rouërie, qui s'est distingué lors de la guerre d'indépendance américaine, crée, avec l'aval du comte d'Artois, une organisation clandestine, l'Association bretonne, qui rassemble par diocèse avec comme principaux objectifs la défense de la monarchie contre la progression du républicanisme, la conservation des propriétés et le rétablissement des lois et coutumes particulières de la Bretagne. Son but est de gagner les garnisons, régiments, maréchaussées et gardes nationales dans les principales villes de Bretagne.
De nombreux futurs chefs chouans adhèrent à l'Association bretonne, parmi lesquels le comte Louis de Rosmorduc, Vincent de Tinténiac, Amateur-Jérôme Le Bras des Forges de Boishardy, Aimé Picquet du Boisguy, Sébastien de La Haye de Silz, Antoine-Philippe de La Trémoïlle, prince de Talmont et Pierre Guillemot. Malgré la volonté de La Rouërie de traiter nobles et roturiers à égalité, la majorité des associés étaient issus de la noblesse.
Toutefois, les rassemblements de nobles au château de La Rouërie et le manque de discrétion d'agents recruteurs alertent les autorités. Le 31 mai 1792, le directoire du département d'Ille-et-Vilaine envoie un détachement de dragons fouiller le château et les abords, puis, le 6 juillet, lance contre le marquis et ses complices un mandat d'arrêt. Mais La Rouërie échappe aux recherches et se réfugie à Launay-Villiers. L'Association dispose alors de 10 000 soldats et fixe la prise d'arme générale pour le 10 octobre, date prévue de la prise de Châlons-en-Champagne par les armées de la coalition. Mais la victoire des Révolutionnaires le 20 septembre à la bataille de Valmy ruine le plan de l'Association. Deux jours après la monarchie est renversée et la République proclamée.
Le 2 septembre 1792, Valentin Chevetel dit Latouche se rend à Paris, où il dénonce le complot à Danton. Recherché par les autorités, La Rouërie est contraint d'entrer en clandestinité. Malade, il meurt au château de La Guyomarais, à Saint-Denoual, le 30 janvier 1793. Lalligand-Morillon fait arrêter 27 conjurés, mais la liste de membres de l'Association est brûlée par Thérèse de Moëlien. Les 27 prisonniers sont jugés à Paris et 12 d'entre eux, dont Thérèse de Moëlien, sont condamnés à mort et guillotinés le 18 juin 1793. Dans son rapport du 4 octobre 1793 devant la Convention, Basire attribue à cette conjuration le soulèvement de l'Ouest en mars 1793. En fait, l'Association bretonne ne s'appuyait nullement sur les paysans, mais comptait sur le ralliement des garnisons des villes et des gardes nationales. Pour cette raison, La Rouërie ne peut être considéré comme l'inventeur de la Chouannerie, même s'il en est le précurseur partiel.
Dès 1791, 80 % du clergé breton refuse de prêter le serment à la constitution civile du clergé. Le refus massif de la constitution civile du clergé amène les paysans à soutenir les prêtres face au durcissement de la politique religieuse. Le 5 février 1791, les paysans de la région d'Auray remettent aux autorités du district une pétition. D'après le district, ceux-ci demandent « Que tous leurs prêtres ne soient point inquiétés pour le serment. Ils veulent les garder et les protéger ; ils veulent continuer à payer la dîme et que la levée et répartition s'en fassent par la paroisse ». Le 13 février, les paysans de la région de Vannes convergent sur la ville pour défendre l'évêque contre les patriotes de Lorient, qui veulent lui imposer la cocarde tricolore.