Charles IX de Suède (en suédois : Karl IX av Sverige) est un prince de la dynastie Vasa né le 4 octobre 1550 à Stockholm et mort le 30 octobre 1611 à Nyköping. Dernier fils de Gustave Ier, il est roi de Suède de 1604 à sa mort, après avoir assuré la régence du royaume dès 1599.
Étant le quatrième fils de Gustave Ier Vasa (qui avait rendu le trône héréditaire) et de Marguerite Lejonhufvud, il n'avait quasiment aucune chance d'accéder au trône ; pourtant, les événements font qu'il y parvient. Éric, son frère aîné, qui a succédé à Gustave, ayant soulevé la nation contre lui, Jean et Charles, ses frères, lèvent des troupes et le font déposer.
Les deux frères partagent le pouvoir ; mais Jean est nommé roi, et fait retourner Charles au rang de vassal, duc de Södermanland, Närke et de Värmland.
Jean III de Suède meurt le 17 novembre 1592. Sigismond de Suède, fils de Jean et de Catherine Jagellon, devait succéder à son père ; mais il est en Pologne, ayant été choisi, en 1584, pour régner sur les Polonais ; et, qui plus est, de religion catholique.
En 1592, Sigismond devient roi de Suède, mais Charles rassemble le Riksdag, et se fait confier le gouvernement.
Pour réduire à néant les ambitions et les droits de son neveu, Charles fait décréter en 1595 que le luthéranisme est la seule religion tolérée en Suède. Il réunit un Riksdag qui le proclame régent, et cette situation perdure avec différentes péripéties jusqu'en 1598 où les deux adversaires résolurent de régler le conflit par les armes. En 1598, Sigismond est battu à la bataille de Stångebro (en), et capitule.
En 1600, Charles organise un massacre à Linköping qui coûte la vie aux principaux membres du Conseil du royaume favorables à la monarchie constitutionnelle et partisans de Sigismond.
En 1604, les États, assemblés à Norrköping, donnent la couronne de Suède à Charles, duc de Södermanland, qui devient Charles IX. Ce dernier lance une expédition en Pologne, envahissant la Livonie, mais sans succès.
Jacob De La Gardie, général suédois originaire de France, est plus heureux contre les Russes, occupant même un moment Moscou.
En 1611, Christian IV de Danemark, alarmé par l'ambition affichée de Charles IX, déclare la guerre à la Suède et prend plusieurs places fortes dans le pays.
Charles meurt peu après, le 30 octobre 1611, laissant en héritage à son fils Gustave II (qu'il a eu de Christine de Holstein), âgé de seize ans, une guerre contre le Danemark, la Pologne, et la Russie. Il est inhumé dans la cathédrale de Strängnäs avec ses deux épouses.
En 1579, Charles épouse la princesse Marie de Palatinat-Wittelsbach (1561 – 1589), fille de l'électeur palatin Louis VI et d'Élisabeth de Hesse. Six enfants sont nés de cette union, donc cinq morts en bas âge :
Marguerite-Élisabeth (24 septembre 1580 – 26 août 1585) ;
Élisabeth-Sabine (12 mars 1582 – 6 juillet 1585) ;
Louis (17 mars 1583 – 26 mai 1583) ;
Catherine Vasa (1584 – 1638), épouse en 1615 le comte palatin Jean-Casimir du Palatinat-Deux-Ponts :
leur fils Charles X Gustave devient roi de Suède en 1654 à l'abdication de sa cousine germaine la reine Christine, et épouse Edwige-Éléonore de Holstein-Gottorp : ils sont les parents de Charles XI, les grands-parents paternels de Charles XII et de la reine Ulrique (dont le mari est le roi et landgrave Frédéric de Hesse-Cassel ; fin de cette branche sur le trône de Suède en 1751), et les arrière-arrière-grands-parents du tsar Pierre III (d'où la suite des empereurs de Russie) ;
leur fille Christine-Madeleine de Deux-Ponts-Cleebourg assure par sa postérité Holstein-Gottorp la succession suédoise à partir de 1751 et jusqu'en 1818, avec son arrière-petit-fils Adolphe-Frédéric ;