La première bataille des Aubiers se déroule le 13 avril 1793 lors de la guerre de Vendée. Elle s'achève par la victoire des Vendéens, qui prennent le bourg des Aubiers aux forces républicaines.
En mars 1793, la guerre de Vendée éclate à la suite d'une révolte contre la levée en masse. En quelques jours, le nord de la Vendée, le sud de la Loire-Inférieure et le sud-ouest du Maine-et-Loire tombent aux mains des insurgés. Dans le département des Deux-Sèvres, les patriotes sont en alerte, en particulier dans le bocage bressuirais, théâtre d'une première insurrection en août 1792. Mais la région, marquée par une lourde répression, demeure relativement calme jusqu'au début du mois d'avril. Seule la petite ville de Châtillon-sur-Sèvre est prise par les insurgés le 15 mars.
Les forces républicaines chargées de contenir l'insurrection dans le nord des Deux-Sèvres sont placées sous le commandement du général Pierre Quétineau. Celui-ci établit son quartier général dans la petite ville de Bressuire, d'où il effectue plusieurs expéditions dans les communes environnantes. Le 24 mars, il reprend sur Châtillon avec 2 000 hommes et délivre plusieurs prisonniers, mais il ne conserve pas la ville et se retire sur Bressuire le lendemain. Quelques jours plus tard, avec 1 000 hommes, il surprend 2 000 insurgés à Saint-Mesmin, qui laissent 17 ou 20 tués. Il se porte ensuite à La Châtaigneraie pour assister le général Chalbos.
Le 11 avril, Quétineau bivouaque au village de La Favrière, au sud des bourgs de Nueil et des Aubiers. Le 12, il s'empare de ces deux bourgs, puis il livre un combat de trois heures sur la route des Échaubrognes. Quétineau revendique la mort de « 60 brigands », pour seulement trois républicains tués. Il fait également 17 prisonniers qui sont envoyés à Bressuire.
Cependant, les troupes républicaines sont affaiblies par des désertions en masse. Dans son mémoire, Quétineau affirme avoir eu « des journées de 400 ou 500 déserteurs » et indique qu'il ne dispose plus que de 2 000 hommes à la mi-avril, contre 4 000 un moins plus tôt. Dans la nuit du 12 au 13 avril, des habitants des Aubiers mettent également le feu à plusieurs maisons servant de cantonnement aux soldats républicains.
Insurrection dans la région de Châtillon
Le 2 avril 1793, Henri de La Rochejaquelein, un jeune noble domicilié au château de la Durbelière, dans la commune de Saint-Aubin-de-Baubigné, décide de rejoindre l'insurrection contre la levée en masse, étant lui-même concerné par le décret qui s'applique à tous les célibataires âgés de 18 à 40 ans. Il tente dans un premier temps de convaincre ses métayers de rejoindre le soulèvement, mais sans grand succès.
Avec seulement une quarantaine d'hommes, La Rochejaquelein rejoint les insurgés angevins commandés par d'Elbée, Bonchamps et Stofflet et propose ses services. Mais les chefs des révoltés, battus dans les Mauges par les forces républicaines du général Berruyer, sont en pleine retraite sur Tiffauges, et lui répondent qu'ils considèrent le soulèvement comme voué à l'échec. La Rochejaquelein se résout alors à regagner son château de la Durbelière.
Cependant, le 12 avril, la prise des Aubiers par Quétineau, à une dizaine de kilomètres à l'est, ravive l'insurrection dans la région. Quelques paysans se rendent alors à la Durbelière et proposent à La Rochejaquelein de se mettre à leur tête, lui promettant près de 10 000 hommes au prochain rassemblement. Celui-ci accepte. Le lendemain, le tocsin retentit dans les environs de Châtillon-sur-Sèvre et plusieurs milliers de paysans se rassemblent au château de la Durbelière. À cette occasion, La Rochejaquelein prononce une harangue restée célèbre : « Si j'avance, suivez-moi ; si je recule, tuez-moi ; si je meurs, vengez-moi ! ».
Selon les mémoires de la marquise Victoire de Donnissan de La Rochejaquelein, près de 8 000 à 10 000 hommes se présentent au rassemblement, mais seuls 200 sont armés de fusils de chasse, les autres n'ayant que des bâtons, des faux ou des faucilles. Dans son mémoire justificatif, le général Quétineau affirme quant à lui avoir été attaqué par 10 000 à 12 000 insurgés. Les historiens Yves Gras, Jean Tabeur et Thérese Rouchette font cependant état de seulement 3 000 combattants.
Du côté des républicains, le général Pierre Quétineau commande 2 000 à 2 500 hommes, avec trois ou quatre canons. Dans son mémoire justificatif, rédigé en mai, Quétineau déclare ne disposer d'aucune troupe de ligne et indique que trois compagnies du 3e bataillon de volontaires des Deux-Sèvres, « braves mais non aguerris », constituent sa force principale. Sa petite armée est principalement composée de gardes nationaux de Poitiers, Parthenay, Mauzé, Saint-Jean-d'Angély, Loudun, Mirebeau et Richelieu. Selon Quétineau, ceux-ci sont « des citoyens, des pères de famille de divers endroits, des paysans des campagnes voisines, des ci-devant et des domestiques de ci-devant ».
Le 13 avril, les insurgés marchent sur Les Aubiers. Côté vendéen, le déroulement de la bataille est connu par les mémoires de la marquise Victoire de Donnissan de La Rochejaquelein et par celles d'un simple combattant, Jacques Poirier. Le général Quétineau donne peu d'informations dans son mémoire justificatif. Selon lui le combat s'engage à deux heures de l'après-midi et s'achève quatre heures plus tard.
Quétineau déploie ses troupes au Champ des Justices, à 300 mètres au sud du bourg des Aubiers, près de la route de Nueil. Il fait également placer des guetteurs dans le clocher de l'église.
Arrivés près du bourg des Aubiers, les insurgés suivent un chemin creux débouchant devant les Halles. Là, La Rochejaquelein divise sa troupe en deux groupes : il prend la tête du premier pour attaquer le Champ des Justices, tandis que l'autre doit se porter sur Nueil pour couper la retraite de l'adversaire. Dissimulés derrière les haies, les insurgés commencent alors à entourer les républicains en criant « Vive le Roi ! ». D'autres combattants, dont La Rochejaquelein avec une douzaine des meilleurs tireurs, prennent position dans des maisons et des jardins. Réputé habile tireur, La Rochejaquelein lâche 200 coups dissimulé derrière une haie, ses compagnons lui passant des fusils tout chargés.
Peinant à voir l'ennemi, Quétineau donne l'ordre à ses troupes de se replier sur le cimetière, qui dispose de hauts murs. Les canons sont également positionnés pour prendre la rue principale en enfilade. Cependant cette retraite apparente galvanise les paysans, tandis que le moral des républicains fléchit, d'autant qu'un caisson de poudre explose. Les insurgés se jettent alors soudainement sur les républicains et emportent les canons. Surpris, les hommes de Quétineau paniquent et se replient en désordre sur Bressuire. Le groupe d'insurgés positionné à Nueil se lance à leur poursuite et ne s'arrête qu'à deux lieues de la ville.
Dans son mémoire justificatif, le général Quétineau affirme que les pertes de ses troupes sont de près de 30 tués, de 52 blessés et d'un canon démonté et encloué. La marquise Victoire de Donnissan de La Rochejaquelein écrit quant à elle dans ses mémoires que les républicains ont 70 tués, un plus grand nombre de blessés, et abandonnent leurs deux canons. Les mémoires anonymes d'un administrateur militaire républicain donnent un bilan de 130 morts ou blessés et trois canons perdus. L'historien Émile Gabory évoque 70 tués et trois canons perdus du côté des républicains.
Dans son rapport au ministre, le général Berruyer rapporte également la perte de trois petits canons, en précisant cependant que les hommes de Quétineau ont eu le temps de les enclouer. Selon, l'historienne Thérese Rouchette, les républicains abandonnent un canon et deux couleuvrines, ainsi que deux barils de poudre, plusieurs caissons, 1 200 fusils et 28 voitures d'approvisionnement divers.
Du côté des Vendéens, le général Quétineau affirme que « l'ennemi eut 400 à 500 hommes de perte ». Cependant, les pertes vendéennes sont faibles selon la marquise de La Rochejaquelein. Les blessés sont placés dans trois charretées qui sont conduites à Châtillon-sur-Sèvre.